下午3點正，船長和二副沿著船舷爬上了甲板，奇怪的是沒有任何一個水手迎上來。接著，他們從船頭找到船尾，發現整條船上竟然空無一人。原來這條“瑪麗·西萊斯特”號帆船正在自動航行，獨自穿越浩瀚的大西洋。
這條帆船一切都良好。船體、桅杆和帆篷全部完好無缺。船上裝載的一桶桶酒依舊用繩子綁在原地。另外，船上還備有充足的食物和淡水。
在艙內，水手們所使用的貯物箱裏的衣服依然幹淨、原封未動。一些剃刀放在旁邊而且還未生鏽，船上廚房的鍋裏裝著大量吃剩的米飯，爐灶內殘留下一堆熄滅的木柴。
船長艙內的桌子已經擺上早餐的飯菜，看上去，那早餐已經吃了一半。除了一盆麥片粥外，還有一個剩下部分蛋殼的熟雞蛋，在盤子旁邊是一個開了蓋的止咳藥瓶子，叉子也一直放在桌子上。
船長室另一邊的一張更小桌子上放著一架縫紉機，機上擺著一件小孩穿的睡衣，旁邊是機油瓶、棉線和一根縫紉用的頂針。在牆的對麵是一大堆書籍，還有一把風琴放在青龍木盒裏。
大副的船艙同樣井井有條。桌上放一張報紙，報紙上麵寫著一道未完成的計算題。從表麵上看，他好像也突然被什麼事情驚呆住了。金盒子、珠寶和貨幣都一直鎖在船上的保險櫃裏，唯一不見的東西是船上精密的記時計。
船上的每件東西都絲毫未損，而且仍然放置在合適的位置上。似乎全體水手突然作出決定，從船上集體跳進大海裏去。然而，不管發生了什麼情況，這一切都不會在很久以前發生，因為那些食物還沒有腐爛，金屬製品在海洋性氣候中也尚未失去光澤而變成灰暗色。
“戴·格拉蒂亞”號船長懷疑船上發生了叛變。但是，如果確實有過一次叛亂的話，那麼水手們是如何逃脫的呢?“瑪麗”西萊斯特”號的救生艇仍然掛在它的吊杆上，那麼他們一定是搭上一條剛好經過的船隻，或者是跳上岸去了。
“戴·格拉蒂亞”號船長和二副發現了一些相同的線索。在一個船艙裏，在一個船艙裏，有一把水手用的彎刀似乎沾了血汙（雖然這被後來的官方調查所否定）。他們發現在船右舷甲板的圍欄上也有同樣的色斑，而且旁邊還有一個切口，看上去好像被刀斧砍過的痕跡。在船頭兩邊外側的船殼板上，分別被鑿出長18米、寬25厘米的一條木槽。沒有任何明顯的理由說明為什麼必須這樣做。
當船長檢查這條船的航海日誌時，發現日記的最後日期是在11月24日，這僅僅是在10天之前。當時“瑪麗·西萊斯特”號正經過亞速爾群島中聖瑪麗島的北部，那是在現在位置以西超過400海裏的地方。
假如這條船是在有記載的11月24日那天被放棄的，那麼它已經在無人掌舵的情況下漂流長達一周半之久，然而這是不可能的。
人們發現“瑪麗·西萊斯特”號時，它的舵轉向右約1／4的方位張帆迎風航行，它一直以帆船的右舷順風而行駛。而“戴·格拉蒂亞”號正好在同一方向向後麵跟著航行，但在從亞速爾群島開出後的400海裏途中，它卻不得不用左舷順風而行。
“瑪麗·西萊斯特”號似乎不可能用右舵的帆桁行駛到現在這個地方。那麼可以推測，至少在航海日誌記載的那天之後，有人還駕駛著這條船。但是，他到底是誰?為什麼要這樣做?
英國海軍部直布羅陀辦事處對此事進行了調查，然而無法找出問題的答案。他們在調查中發現：“瑪麗·西萊斯特”號曾經在美國勞埃德商船協會1871年的年鑒中注冊登記過，是紐約製造的206噸位的橫帆雙桅船。他們還發現它的一個酒桶已經損壞，除了記時計外，船上的六分儀和船貨憑證也不見了。船上原來共有10個人，包括布裏格斯船長夫婦和他們年輕的女兒以及7個水手。人們從此再也沒有見過些人。
美國和英國有關當局當時提出的解釋似乎是最有說服力的。他們以為：水手人喝醉了酒，而且殺死了船長和他們的全家，然後他們設法逃到另一條船上。但是，這一觀點不能真正成立，因為船上沒有任何搏鬥的跡象。而且，如果水手們已經逃走的話，他們中間一定有人會重新露麵。
人們提出了許多理論來進行解釋：船遭到一隻大鯊魚或其他怪物的襲擊，所以隻是造成水手們的失蹤而未損壞船本身；船員也許發現了一個新近從海裏冒出來的神秘島嶼，水手們於是上岸到島上去，然而當那島嶼再次沉入大西洋時，他們無法返回船上而淹死了；還有一種見解似乎更合乎常理，它認為，在甲板上的全體水手被一次突然的旋風或龍卷風卷起的水柱吸走了。
40年後的1913年，在倫敦《海濱》雜誌上發表的文章提出了一種更為奇怪的解釋，這篇文章是由一個名叫霍華德·林福德的中學校長撰寫的。他聲明自己的文章是基於他的一個前雇員留給他的筆記寫成的，這個雇員是一個周遊列國和受過良好教育的人，他的名字叫埃希爾·福斯迪克。這些筆記不僅說明了水手們的命運，而且還解釋了船頭稀奇古怪的木槽形成的原因。