重修工程涉及陵寢的方方麵麵。大殿、配殿、方城、明樓、寶城一律拆除重修；朝房、班房、神廚、並亭、省牲亭、宮門、碑亭，揭瓦大修；焚帛爐、五供、各處海坦磚、月台，及地宮內金券、門洞券、石門、隧道券、罩門券、石棺床等部分修補。整個重建工程從光緒二十一年開始，曆時13年方徹底完工，比起初修建時間還長得多。這次修建所花費的銀兩，史書沒有明確的記載，目前僅見《大出黃冊》記載，重修工程的前四年就累計撥銀達到150萬兩。而此時，中日《馬關條約》剛簽訂不久，各帝國主義列強正展開對中國的新一輪瓜分。自然災害也頻頻發生，大半個中國被波及，無數農民流離失所，賣兒鬻女。內外壓力之下，中華民族已經到了生死存亡的邊緣。但慈禧對此卻毫不在意，隻關心自己陵寢的修建進展。極致奢華居清寢之冠
經過重修的慈禧陵全麵超越了以前所有清代帝後陵寢，其奢華程度超乎想象。所有殿堂不僅都建得高大敞亮、氣勢恢弘，而而所選用的木材都是極其珍稀的黃花梨木。黃花梨木又名降香黃檀木，它原產於我國海南省，木性極為穩定，不管寒暑都不變形、不開裂、不彎曲，有良好的韌性。而它的木色金黃、溫潤，心材顏色較深，呈紅褐色或深褐色，有類似犀角的質感。此外，黃花梨木的紋理清晰，如行雲流水，非常美麗。其貴重程度僅次於紫檀木。明清時期的名貴家具曾經廣泛使用黃花梨木，雖然黃花梨木產地遠、產量少、價格昂貴，但是大家仍對其趨之若騖，這種瘋狂的追捧使得在清代中期黃花梨木就基本絕跡，千金難求，家具隻好開始使用紅木替代。而修建慈禧陵時，卻使用了大量的黃花梨木來做梁柱和大構件，其奢華可見一斑。
清代皇家喜歡以龍為飾，紫禁城大殿裏麵居中間位置的柱子上就可見金龍環繞的裝飾。而在慈禧陵的三座寢殿中，每一根柱子上都有金龍纏繞，比紫禁城內更加華麗輝煌。金龍尾部在上，頭部在下，與常見的金龍姿態正好相反，龍身最粗的地方可以達到35厘米，據在此當過差的老太監回憶，每當殿門開啟，氣流會帶動龍須搖擺，滿堂的金龍好似就要騰空而起。文獻記載為了裝飾這些金龍，一共消耗黃金達到4592兩1錢4分3毫。金碧輝煌在慈禧陵中成為真實的寫照。
而慈禧陵寢中最獨特的地方是陵中各處的龍鳳雕刻。龍鳳雕刻在其他陵寢中並不鮮見，但唯獨慈禧陵的龍風雕刻采用鳳在上、龍在下，鳳在前、龍在後的布局模式。隆恩殿前的丹陛石刻，俗稱“鳳壓龍”，飛鳳翱翔於上，遊龍則在鳳下潛遊，石刻多處采用透雕技法將重要部位鏤空，整幅畫麵層次豐富，活靈活現。此外，各處護欄柱首上也都刻有飛鳳，而旁邊則刻有遊龍守護。如此的布局存在著深層次“鳳壓龍”丹陛石的政治含義，封建統治時期，龍作為最高統治者的象征，有不可侵犯的神聖地位，鳳隻是龍的附庸，但在慈禧陵中卻是獨特的“鳳壓龍”，表示了她對國家大權的實際掌控。引來匪兵盜掘
據說慈禧去世之前，有人就曾以墓內放置珍寶會引奸人盜掘勸說慈禧要薄葬，當時她也感到很有道理。但是最終慈禧還是沒有能夠改掉在世時貪婪成性的習性，為自己準備下無數的珍奇異寶來隨葬。
據《清孝欽後陵寢史料》記載慈禧棺內的隨葬品有：
正珠、東珠、紅碧、綠玉、珊瑚壽字、珊瑚喜字、珊瑚雕螭虎、龍眼菩提朝珠。正珠、紅碧、綠玉、珊瑚圓壽字。大正珠、正珠、東珠、紅碧、紫碧、綠玉蓮子、珊瑚等手串；念珠、綠玉兜兜練、正珠掛鈕、金鑲正珠、金鑲各色真石珠、金鑲珠石、金鑲各色真石、白鑽石葫蘆、金鑲紅碧珠、金鑲藤、鍍金點翠穿珠珊瑚龍頭、白玉鑲各色真石福壽、綠玉等鐲。正珠、東珠、金鑲正珠龍頭等軟鐲。綠玉、茶晶、白玉皮、瑪瑞等煙壺。洋金鑲白鑽石、洋金鑲珠口帶別針等小表。洋金鑲白鑽石寶桃式大蚌珠、白玉魚蚌珠、白玉羚羊等別子。白玉透雕活環葫蘆、綠玉透雕活環、珊瑚魚等佩。漢玉珞、漢玉仙人、漢玉等洗。白玉貓、黃玉杵、漢玉針、漢玉羚羊、雕綠玉搬指。藍寶石、紅碧瑯、紫寶石、子母綠、茄珠、大小正珠、綠玉、蚌珠、綠玉鑲紅碧等抱頭蓮。珊瑚、綠玉金鑲紅白鑽石等蝙蝠，金鑲紅白鑽石蜻蜒。金鑲白鑽蜂、紅碧、綠玉穿珠菊花。金鑲各色珠石萬代福壽。金鑲鑽石等冠口。金翠珠玉等佛手簪。紅碧、綠玉、珊瑚、紅藍寶石、紅白鑽石、子母綠等鎦。黃寶石、鑽石、紅碧、白鑽石、大正珠等帽花。