珊瑚礁雖然看上去美麗平靜，其實裏麵經常發生爭奪食物和地盤的搏鬥。有的珊瑚十分結實，可以禁得住浪濤衝擊；有的非常嬌弱，隻能生活在平靜的水域；有些比其他鄰居生長得快，會搶奪鄰居的陽光；有些會利用含毒的觸須，或向水裏施放致命化學物質的方法，來清除自己周圍領域內的對手。
大堡礁海域還是各種熱帶海洋魚類的棲息樂園，這裏有泳姿優雅的蝴蝶魚、色彩奪目的雀鯛、漂亮華麗的獅子魚、好逸惡勞的印頭魚、釋放毒液的石頭魚及可愛無比的鸚鵡魚等。透過清澈的海水，這些五彩繽紛的魚兒曆曆在目，十分迷人。
瀕臨滅絕的座頭鯨每年7-9月便會出現在珊瑚島南部，雖然這種巨鯨體長15米左右，體重在40噸以上，但它們並不可怕，是一種比較溫和的海洋哺乳動物。此外，這裏還生活著大量其他海洋生物，如海參、海星、海兔、海葵、海綿、海膽、海蜇、水母、蝦等，種類繁多，色彩紛呈。某些瀕臨滅絕的動物物種，如人魚和巨型綠龜也棲息於此，具有很高的科學研究價值。
大堡礁是海洋中的熱帶雨林。珊瑚取代雨林中的樹木，魚類和軟體動物取代了鳥獸。同雨林一樣，其中也有各種各樣的生物和生存競爭。夏季，母海龜爬到島上把蛋產在沙灘上的洞穴裏，大約8周後成千上萬的幼龜便從沙裏孵出，爭先恐後爬入海中。可惜在它們爬向大海的途中，往往會被海鳥、螃蟹和老鼠捕食，所以最後能存活下來的數量很少。礁外的深水區生活著海豚和鯨等哺乳動物，而在大堡礁的邊遠處，最凶殘的大白鯊和虎鯊則時刻等待著海豚和海龜自投羅網。
珊瑚島是無數海鳥的棲息地，成群的海鷗遮天蔽日，為大堡礁增添了無限生機。這裏聚集的鳥類有二百四十多種，如燕鷗、海鷗、鸌、軍艦鳥、鰹鳥、大海雕等。各種鳥類為珊瑚礁上植物的生長作出了重要貢獻，它們把植物的種子散布在礁上，其糞便則會使礁石上的土壤肥沃。海鷗喜歡吃龍葵屬的漿果，把其種子散布在島上，而燕鷗常在腺果藤樹上築巢，具有黏性的樹種往往附在燕鷗的翅膀上得以傳播。
由於大堡礁地勢險惡，因此周圍建有大量的航標燈塔，有些已成為著名的曆史遺址，而有的經過加固至今仍發揮著作用。這些航標燈塔在發揮導航作用的同時也成為一道觀賞的景觀。
大堡礁的生態環境平衡得異常微妙，稍有改變就會受到破壞。科學家預測，21世紀全球海洋溫度將會提高2℃～6℃，這對於對水溫異常敏感的珊瑚蟲來說，算得上是一場巨大的災難。受氣候變暖影響，珊瑚蟲會因為向它們提供營養的海藻死亡而失去斑斕的色彩，出現嚴重的白化現象，最終死去。人們還預測，等到2100年的時候，這座花費了千萬年時間築造而成的建築將從這個世界上徹底消失。從20世紀開始，由於人類開采鳥糞、大量捕魚捕鯨及大規模的海參貿易等活動，大堡礁已經傷痕累累，苦不堪言。
大堡礁是世界上最有活力和最完整的生態係統，是一片如夢如幻的伊甸園。來到這裏，猶如進入了一個完全不同於地球的五彩世界。為了使這幅大自然的美景能一直傳承延續，人類是否應該好好反思一下呢？