常用劑量為400毫克/日，為2～4次口服，從月經開始服用，一般在1個月左右症狀即有所減輕。如無效，可加至600～800毫克/日，取得效果後再逐漸減至400毫克/日。療程一般為6個月，90%～100%均取得閉經的效果。
達那唑對盆腔腹膜的內異症療效較好，對大於1厘米直徑卵巢異位腫塊療效較差。
（2）內美通（Nemestran）：即3烯高諾酮（R2323），為19去甲睾酮衍生物，具有較高抗孕激素活性及中度抗雌激素作用，抑製FSH及LH分泌、使體內雌激素水平下降，異位內膜萎縮、吸收。
（3）促性腺激素釋放激素激動藥（GnRHa）：為人工合成的10肽類化合物，作用與天然的GnRH相似，但對GnRH受體親和力強，對肽酶分解的穩定性好，半衰期長，效價約是GnRH的100倍。作用機製主要是通過抑製垂體促性腺激素的分泌，導致卵巢分泌的性激素減少，造成體內低雌激素狀態，出現暫時性絕經，起到藥物暫時去勢的作用而達到治療目的。故此法又稱“藥物性垂體切除”，或“藥物性卵巢切除”。目前我國常用的GnRHa類藥物有：
①亮丙瑞林（抑那通，leuprorelin）3.7毫克，月經第1日皮下注射一針後，每隔28日注射1次，共3～6次。
②戈舍瑞林（諾雷德，goserelin）3.6毫克，用法同前。
③曲普瑞林（達菲林，tryptorelin）3.75毫克，肌內注射，用法同前。一般用藥後3～6周血清雌激素水平達到去勢範圍內並出現閉經，可使痛經緩解。其主要不良反應為血管運動綜合征和骨質疏鬆，前者主要表現為潮熱、陰道幹燥、頭痛等。停藥後大部分症狀可在短期內消失，並恢複排卵，但骨質丟失需要1年，甚至更長時間才能恢複。因此，應用GnRHa 3個月應給予反向添加治療，即妊馬雌酮0.625毫克加甲羥孕酮2毫克，每日1次。
（4）三苯氧胺（TMX）：為雙苯乙烯衍生物。劑量為10毫克，每日2次，月經第5天開始，20日為1個療程。
（5）合成孕激素：可用炔異諾酮、炔諾酮或甲羥孕酮（安宮黃體酮）等作周期性治療，使異位內膜退化。從月經周期第6天開始至第25天，每日口服上述一種藥物5～10毫克。療程視治療效果而定，此法可抑製排卵。因此，對希望生育者，可從月經周期第16天開始到第25天，每日應用炔異諾酮或炔諾酮10毫克。這樣既可控製子宮內膜異位症，又不至於影響排卵。部分病例在治療期有較重的不良反應，如惡心、嘔吐、頭痛發脹、子宮絞痛、乳房疼痛，以及由於水分瀦留及食欲改善而體重過度增加等，給予鎮靜藥、止吐藥、利尿藥及低鹽飲食可以減輕。
（6）睾酮：對本症也有一定療效。應用劑量應隨病人之耐受量而定。最好開始劑量為10毫克，每日2次，於月經周期後2周開始口服。這種劑量很少影響月經周期及發生男性化副作用。但要達到鎮痛目的常需持續服用幾個周期。此後可減低劑量再維持治療一個時期後，停藥觀察。如能妊娠，則本病即能治愈。
2.手術治療 對藥物治療有不良反應或無效者，可行手術治療，針對不同患者采用以下不同術式。
（1）保留生育功能手術：適用於年輕尚未生育的婦女。手術應保留子宮，行單側卵巢囊腫切除或卵巢巧克力囊腫剝離術，輸卵管周圍粘連分離術，盆腔內局部病灶電灼或切除，以及子宮懸吊術。術後症狀多能改善，50%～65%婦女術後有受孕可能。
（2）保留卵巢功能手術：適用於35歲以下，已無生育要求的婦女。切除全子宮及盆腔內其他病灶，但保留一側或部分卵巢以維持患者卵巢內分泌功能。
（3）根治性手術：根治性手術適用於近絕經期或雖較年輕但病變嚴重，且激素療法無明顯療效者。行全子宮雙附件及盆腔內局部病灶切除。卵巢切除後，即使殘留部分異位內膜，也可逐漸自行萎縮退化。術後視情況給予性激素治療。
（4）腹腔鏡下手術治療：腹腔鏡下手術治療是近年國外較普遍采用的新技術，分為電凝、燒灼及電切或激光切除三種。初步觀察術後妊娠率較高。
（5）其他：子宮內膜異位症患者常合並排卵功能障礙，故不論采用激素治療或保守性手術治療，皆可用尿促性素（HMG）和（或）克羅米芬促卵泡成熟排卵。
如為不育而實行保守手術治療者，可應用激素治療3～6個月以鞏固療效。但有人認為，術後1年是妊娠最易發生的時間，用達那唑或假孕治療，反而減少受孕機會而不主張用。
3.中醫藥治療 子宮內膜異位症一般證情較複雜，其病機多由氣滯血瘀，寒凝痰阻、肝腎虧損、氣血運行不暢所致。常用慎言祛瘀方（經驗方）治之（慎言祛瘀湯：三棱12克，莪術12克，柞木枝10克，丹參15克，赤芍12克，川芎10克，石見穿10克，熟地黃12克，枸杞子12克，生蒲黃10克，益母草15克，雞血藤15克，仙茅12克，紫石英10克，水煎服，每日1劑）。
預後除根治性手術外，異位症複發率較高。其複發率與病情輕重、治療方法、隨訪時間長短及統計方法有關。重症患者複發率高於輕症患者，病情越重複發越快，年複發率5%～20%，5年累計複發率為40%。用GnRHa治療後，輕症患者複發率37%，重症患者為74%。單純藥物治療後複發率高於手術治療，術後應用孕激素並不減少複發率，根治手術後雌激素替代治療不會明顯增加複發危險。
“預防”
根據目前公認的病因，注意下列幾點，可能預防子宮內膜異位症的發生。
1.慎用雙合診 避免在臨近月經期進行不必要的、重複的或過於粗暴的婦科雙合診，以免將子宮內膜擠入輸卵管，引起腹腔種植。
2.盡量避免接近經期施行婦科手術 必須進行時，術中操作要輕柔，避免用力擠壓宮體，否則有可能將內膜擠入輸卵管、腹腔。
3.及時矯正過度後屈子宮及宮頸管狹窄 這樣可使經血引流通暢，避免淤滯，引起倒流。
4.避開近經期造影等操作 嚴格掌握輸卵管通暢試驗（通氣、通液）及造影的操作規程，不可在月經剛幹淨或直接在刮宮這一周期進行，以免將內膜碎片經輸卵管壓入腹腔。
5.防止手術種植 剖宮產及剖宮取胎術中應注意防止宮腔內容溢入腹腔，在縫合子宮切口時，勿使縫線穿過子宮內膜層，縫合腹壁切口前應用生理鹽水衝洗，以防內膜種植。
由於原因是多方麵的，上述的預防意見也僅對少數情況適用，經血倒流本身是否導致子宮內膜異位症尚有爭議。