秦始皇把天下的幾乎所有大權都牢牢控製在自己一個人手裏，實行專製獨裁，事無大小都要親自決斷（當然，他因此政務也非常繁忙，絕對是日理萬機）。中央的三公九卿、地方的郡縣長官等，一切重要官職都由他任免，一概不得世襲，大家都唯他是從；沿襲商鞅變法，廢除世卿世祿製，實行“以功授官”。三公九卿、郡縣製，在中國千百年來都幾乎少有變化，曆代王朝都基本上沿襲了這種行政組織體係。中央朝廷的三公九卿包括近現代社會首相級官員3位——宰相或丞相（皇帝助手，一人之下，千萬人之上，行使全局行政權，文官之首，相當於今天的總理）、太尉（形使軍事統領權，武官之首，相當於今天的軍委主席、部隊總司令）、禦史大夫（行使官僚監察權，皇帝秘書，類似於副丞相，相當於今天的中央紀檢委書記、全國人大委員長之類）；部長級官員9位——奉常（相當於今天的祭祀及教育部長，以後王朝改稱太常、太常卿）、廷尉（相當於今天的司法部長、最高人民法院院長，以後王朝改稱廷尉卿或大理卿）、宗正（相當於後來的皇族事務部長，以後王朝改稱大宗正院或宗人府）、衛尉（相當於今天的國防部長、皇宮警衛長，以後王朝改稱執金吾或衛尉卿）、太仆（相當於今天的交通部長，以後王朝改稱太仆卿）、少府（相當於今天的財政經濟部長，以後王朝改稱少府卿）、典客（相當於今天的外交部長，主管少數民族，以後王朝改稱大鴻盧、鴻盧卿）、治粟內史（相當於今天的農業糧食部長，以後王朝改稱大農令、大司農、司農卿）、郎中令（相當於後來的宮廷事務部長，以後王朝改稱光祿勳、光祿卿、大內總管）。前221年秦朝初立時，丞相是王綰，禦史大夫是馮劫，而始皇帝最寵幸的李斯當時還隻是廷尉。
政治（行政）、軍事、監察（特務），互不統攝，三權分立，就保證了權力的製衡，避免了各種矛盾。所有官員都是在為皇帝做私事，也同時是在為國家做公事，基本上家國不分。這是秦政府的組織精神與體係核心。
秦朝的郡縣製度，係采納李斯建議，完全遵照商鞅當年在秦國變法的那一套做法，即廢除過去的藩王與諸侯分封製，把整個帝國劃為41個郡（最初隻有36郡，後來經過邊地征服、領土拓展，又增加了幾個），直屬中央政府，由皇帝親自統轄和任免；郡下再設縣，縣下又分鄉，一鄉轄十亭，各郡縣也采取類似中央的三權分立做法。郡縣製度是秦始皇最洋洋得意、也確實要大大先進於昔日周朝的做法，層層統權、層層分權，有利於鞏固統一，後來也被曆朝曆代沿用兩千餘年而大體不變，奠定了一種封建行政區劃的權威性規範。
這41個郡是：內史郡（首都鹹陽）、上郡（今陝西延安——以下均為今之地名）、漢中郡（陝西南鄭）、北地郡（甘肅慶陽）、隴西郡（甘肅臨洮）、河東郡（山西安邑）、上黨郡（山西長治）、太原郡（山西太原）、雁門郡（山西右玉）、九原郡（內蒙古包頭南）、雲中郡（內蒙古托克托）、漁陽郡（北京密雲）、遼東郡（遼寧遼陽）、遼西郡（河北平泉）、右北平郡（河北盧龍）、代郡（河北蔚縣）、上穀郡（河北懷來）、巨鹿郡（河北平鄉）、邯鄲郡（河北邯鄲）、三川郡（河南洛陽）、穎川郡（河南禹縣）、南陽郡（河南南陽）、東郡（河南濮陽）、齊郡（山東臨淄）、薛郡（山東滕縣）、琅邪郡（山東諸城）、蜀郡（四川成都）、巴郡（重慶）、南郡（湖北江陵）、長沙郡（湖南長沙）、黔中郡（湖南沅陵）、鞍郡（安徽宿縣）、九江郡（安徽壽縣）、碭郡（安徽碭山）、泗水郡（江蘇沛縣）、會稽郡（江蘇吳縣）、鄣郡（浙江長興）、閩中郡（福建福州）、南海郡（廣東廣州）、桂林（廣西桂林）、象郡（越南河內）。
第三節大秦政治管理的出色（3）：我的遊戲我坐莊
經過春秋戰國數百年長期分裂、政治獨立，秦朝下轄的原各封地和各王國，恰如羅馬帝國崩裂後的整個歐洲那樣，每個地方都成了一個經濟和文化的社會單元，差別迥異，各不相同。韓國和燕國的升鬥各不一樣，齊國和楚國的字大不相同，趙國和魏國的裏程也差別很遠。這就很不利於中央管理，也不利於各國交流。為更好地實現天下“一盤棋”，秦朝采取了“車同軌，書同文字”。帝國的領導人，上自皇上嬴政，下至包括李斯在內的高級官員，都精力充沛，幹勁十足，且具有活潑的想象力和無窮的創造力。他們在不到10年的時間裏，所做的工作幾乎比此後兩千多年大多數帝王所做的總和還要多！
由於各國都采用自己的製度，五花八門，各有千秋。就拿交通來說，各地車輛的規格便不一樣，因此車道也有寬有窄。如今國家統一，車輛行走在不同的道上就很不方便。窄車走在寬道上倒是綽綽有餘，卻也有些浪費；寬車走窄道就更沒辦法了。秦王朝於是規定，所有車輛上兩個輪子之間距離一律是6尺，使車輪軌道相同，這樣全國的車輛就能互通往來了。這便是“車同軌”。