削弱了三公權力，就要加強尚書台。西漢武帝時尚書僅職掌文書，隨著君權發展，權力逐漸擴大，至東漢光武帝時已提升為尚書台，正式成為總理國家政務的中樞。國家的大權完全集中於宮廷，即集中於尚書台。“光武親總吏職，天下事皆上尚書，（尚書）與人主參決，乃下三府。”自此後迄於東漢末，尚書的威權與日俱增。《通典》說：“後漢，（尚書）則為優重，出納王命，敷奏萬機，蓋政令之所由宣，選舉之所由定，罪賞之所由正。斯文昌天府，眾務淵藪，內外所折衷，遠近所稟仲。”又說：“後漢，眾務悉歸尚書，三公但受成事而已。”因此，東漢時的尚書雖仍“文屬少府”，名義上為九卿之一少府的下屬機構，但實際上已從中央政府的組織中分離出來，一變而為直接隸屬皇帝的尚書台。尚書台已成為實際上的國家最高權力機構。隨著尚書權力的加強，尚書台的建置也隨之擴大，尚書的秩祿也提高了。尚書台的長官叫尚書令。應劭《漢官儀》：“尚書令，主讚奏，總典綱紀，無所不統。秩千石。故公為之。朝會不（下）陛奏事，增秩二千石。天於所服五時農賜尚書令。”尚書令之下，另設尚書仆射一人，六曹尚書各一人，秩皆為六百石，分掌各項政務；其下還有丞、郎、令史等官，所有一切政令都由尚書台直接稟陳皇帝，由皇帝裁決。但是到東漢後期，有權勢的大臣多加“錄尚書事”職銜，從而權柄再度下移，尚書台又蛻變為權臣專政的工具。
此外，為加強統治，朝廷還對開國功臣賜優厚的爵祿，但禁止他們幹政。漢光武帝一登基不久，便以優待功臣貴戚為名，賜以爵位田宅、高官厚祿，而摘除其軍政大權。
劉秀在秦和西漢的基礎上，還完善、加強了監察製度，以此實行對行政係統的有效監督。當時的監察機構主要有三：禦史台、司隸校尉和州刺史。
西漢成帝以前，禦史大夫的性質大不相同。據史籍載“司空，公一人。掌水上事。凡營城起邑、浚溝洫、修墳坊之事”，這時的司空已成了專管水土之官，而禦史大夫原作為全國最高監察長官的職權已移交禦史中丞。禦史中丞在西漢時為禦史大夫的屬官，東漢時已獨立。建武元年（公元25），宣秉“拜禦史中丞。光武特詔禦史中丞與司隸校尉、尚書令會同並專席而坐，故京師號曰‘三獨坐’”。《後漢書·百官誌》本注雲禦史中丞右禦史大夫轉為司空後，“因別留中，為禦史台率”，說明已成為中朝官，為皇帝直接控製。謝靈運《晉書》：“漢官，尚書為中台，禦史為憲台，謁者為外台，是為三台。自漢罷禦史大夫而憲台猶置，以承為台主，中丞是也。”禦史中丞之下有治書侍禦史二人，掌對法律條文的解釋；侍禦史15人，掌察舉官吏非法，接受公卿群吏奏事。《後漢書·百官誌》注引蔡質《漢儀》雲：“其二人者更直。執法省中者，皆糾察百官，督州郡。”說明禦史台及其屬吏已成為淩駕於整個官僚機器之上的監察機構。
西漢武帝時曾置司隸校尉，成帝時廢除。劉秀建立東漢政權後，恢複了該建置。建武二年，宣秉由禦史中丞“遷司隸校尉。務舉大綱，簡略苛細，百僚敬之”。說明司隸校尉地位很高。由於其與尚書令、禦史中丞同為“三獨坐”，因此亦為皇帝心腹。《後漢書·百官誌》：“司隸控尉一人，比二千石。本注曰：孝武帝初置，持節，掌察舉百官以下，及京師近郡犯法者。”同書注引蔡質《漢儀》雲：“（司隸校尉）職在典京師，外部諸郡，無所不糾。封侯、外戚、三公以下，無尊卑。”應劭《漢官儀》：“司隸校尉部河南、河內、右扶風、左馮翊、京兆、河東、弘農七郡於河南洛陽，故謂東京為司隸。”可見司隸枝尉內察京師百官，外部州郡，並領一州，權力很大，封侯、外戚、三公以下，不論尊卑，無所不糾。劉秀鑒於西漢後期貴戚、權臣得勢，威脅皇權的教訓，重用司隸校尉，以抑製貴戚、權臣，提高皇權。
西漢武帝始置刺史，漢成帝綏和元年（公元前8）曾改刺史為州牧，哀帝建平二年（公元前5）複改州牧為刺史，王莽時又複為州牧。東漢初仍沿用州牧舊稱，至建武十八年（公元42）複為刺史。東漢時，刺史的職權有所擴大。依原定六條，刺史所察主要是二千石官吏，西漢末下及墨綬令長。至東漢，刺史的督察之權又漸次下伸，已擴展至黃綬。凡是州內所有朝廷命官部在刺史督察之列。為削弱三公權力，原屬丞相、禦史二府的地方選舉劾奏之權亦轉歸刺史。《後漢書·朱浮傳》：“舊製：州牧奏二千石長吏不任位者，事皆先下三公，三公遣掾史案驗，然後黜退。（光武）帝時用明察，不複委任三府，而權歸刺舉之吏。”說明刺史權力擴大，與劉秀越過三府直接控製地方職官係統有關。刺史職權的擴大，在劉秀統治時期是皇權加強的表現。到東漢中後期，刺史又逐漸獲得地方行政權和領兵權，成為與皇權相對抗的地方割據勢力。這是劉秀所始料不及的，這隻是後話。這種影響還蔓延到隋唐兩宋。
東漢在地方還裁並了400多個縣（建武六年下詔令司隸州牧各實所部，省減吏員，縣國不足置長吏可合並者，上大司徒、大司空二府），裁撤郡都尉之職，廢除西漢時期的內郡地方兵，取消郡內每年征兵訓練時的都試，地方防務改由招募而來的職業軍隊擔任，組織軍隊屯墾，從而精簡官吏，壓縮機構，削弱軍力，有利於穩定統治，提高效率，並減輕百姓負擔。但到東漢後期，州牧刺史逐漸權重，兼有軍政財大權，地方兵力又逐漸興起。
第三節政治管理的出色（3）：一個好學的陛下
“光武中興，愛好經術，未及下車，而先訪儒雅。”可以說是《後漢書》對漢光武帝劉秀的一個客觀評價。經術即儒家經學。光武帝自幼愛好經學，當然知道它對於鞏固自己統治的重要性。但是，西漢末以來的今古文經之爭，他當然也是知曉的。如何求得經學思想上的統一，不僅是士人儒生，也是封建統治者所麵臨的重大問題。為此，光武帝即位以後，便勤勤懇懇致力於它的解決。
早在繁忙的戰爭歲月，光武帝每天就“猶以餘暇講誦經書，自河圖洛書讖記之文，無不畢覽”。天下統一後，他每日上朝，“數引公卿，郎、將講論理，夜分乃寐”。建武十七年（公元41）他還親臨太學，會集諸博士，“論難於前”，即展開經學辯論，議郎桓榮為“諸儒莫及”，光武帝當場對他大加賞賜。真是一個好學、博識的天子！