光武帝對待今古文經之爭的態度是：“采求闕文，補綴漏逸”，“博存眾家”。這是有曆史原因的。關於今古文經之爭，是從西漢末劉歆校書後開始的。此前，整個西漢為今文經所壟斷。王莽篡權後，為“托古改製”的現實需要，推崇古文經，占主導地位。但他對今文經仍兼收並容，因為二者都能為其複古活動服務。不過，複古的需要並不是古文經本身的問題，而在於王莽對經文的恣意曲解。古文經剛問世不久，鮮為人知，更使得他可隨心所欲地加以玩弄。而光武帝對經學涉獵很廣，“博觀異家，各有所采”。立國之初，他即下令設今文經博士14人。與西漢比較，《易》增京氏，《書》仍歐陽、大小夏侯，《詩》仍齊、魯、韓，《禮》有大小戴，《春秋》則廢穀粱而立公羊嚴顏二氏。但是，他想“扶進微學”，又“情存博聞”，故“異端競進”，一度在朝廷立古文經博士。建武三年（公元27），尚書令韓歆上書，要求為費氏《易》、左氏《春秋》立博士。建武四年（公元28）正月，光武帝親自在雲台召集群臣會議討論此事。古文經學家陳元和今文經學家範升進行了激烈辯論。結果，光武帝“卒立《左氏》學，太常選博士四人”，其中陳元為第一名。考慮到陳元在爭論中首當其衝，為避免過分刺激今文經學家，光武帝決定不用陳元，而用第二名李封為博士。盡管如此，由於今文經學勢力很大，決定一公布，“議論諾嘩，自公卿以下，數廷爭之”。正好李封病死，光武帝重違眾議，“因不複樸”，對治今文經的多數朝廷權貴作了妥協。但實際上，他對治古文經的人仍多所任用。杜林尤愛古文《尚書》，官至太司空，他所推薦的範逡、趙秉、牛邯等“皆被擢用”。鄭興是古文經大家劉歆的得意門徒，光武帝拜他為太中大夫，對其建議“多所采納”。寇恂也愛好古文經，在汝南太守任內聘請治《左氏春秋》者“親受學焉”。大概光武帝感到今文《五經》章句煩多，中元元年（公元56）下詔書“議欲減省”，這說明他也看到今文經有弊病。
光武帝采取兼收並蓄的態度，“欲使諸儒共正經義”，這一政策對後代產生頗大影響。漢章帝時曾在白虎觀大會諸儒，討論《五經》同異，連月乃罷。章帝尤喜愛古文經，下詔讓高才生受《古文尚書》、《毛詩》、《穀梁》、《左氏春秋》等，“雖不立學官，然皆擢高第為講郎，給事近署”。這顯然有利於提高古文經地位。還有一件事值得提出，即光武帝對經籍圖書的搜集。據載他遷都洛陽時，經籍秘書裝載二千多輛車，“自此以後，參倍於前”。僅從保護和收集文化典籍來說，其作用亦不應埋沒。鑒於六經荒廢，他還下令“起太學博士舍，內外講堂”，諸生橫巷，為海內所集。這也有利於經籍的整理和傳播。
光武帝上述種種做法，是想在思想文化領域樹起一麵大旗，為自己的統治服務。他提倡經學的效果非常顯著。範曄曾說：“跡衰敝之所由致，而能曆年所，斯豈非學之效乎？故先師垂典文，褒勵學者之功，篤矣切矣！”總之，它起到了“勵人心而壽國脈”的作用。
光武帝還繼承了西漢時期獨尊儒術的傳統。東漢建立後，在洛陽城門外興建太學，傳授經學，飽學之士接踵而至。設五經博士，恢複西漢時期的十四博士之學。他親曆親為，巡視太學，賞賜儒生。在他倡導下，不僅中央立太學，建武年間許多郡、縣也都興辦學校，“興庠序之教”，而民間創辦的私學也如雨後春筍般興起。無論是官學還是私學，無論是博士還是經生，都為儒學的傳播、教化的開展進行了人才準備。光武巡幸魯地時，曾遣大司空祭祀孔子，後來又封孔子後裔孔誌為褒成侯，用以表示尊孔崇儒。劉秀還大選儒生為官吏；他在建國初便注意“退功臣而進文吏”，就是選一些文化人進城，即文首所說那句話。他廣泛搜求儒生擔任國家重要官職；如《易》學者劉昆、《尚書》學者歐陽歙、《春秋》學者丁恭、《詩》《論語》學者包鹹都先後被任命為都尉、大司徒、侍中等重要官職。這充分顯示了他老人家重視教育、重視人才的治國戰略。
光武帝還徵用“誌士”，宣揚名節，強化忠君思想。新莽時期，囿於封建正統觀念，“士之蘊藉義憤甚矣。是時裂冠毀冕，相攜持而擊之者，蓋不司勝數。”人心思漢，亦是王莽失敗、劉秀成功的一個重要因素。劉秀見人心可用，特別是忠於一家一姓的觀念和行為，係皇權的堅實基礎，於是在建立東漢政權後，大力表彰氣節，激勵風尚，以強化自己的統治。對眾多棄官逃仕，不仕王莽、公孫述的士人慰藉有加，收為己用。如通儒卓茂西漢末為密令，及王莽居攝，稱病自危，杜門自絕，不仕新朝。建武之初，對這個已年過七十，“無它庸能”，但頗有影響的“段段小宰”，光武帝首先下詔訪求，授予太傅之職。建武四年（公元29）卓茂死，“車駕素服親臨送葬。”劉秀這樣做的目的，無非是為聳動視聽，收攬人心。又如宣秉，於哀、平之際，“見王氏據權專政，侵削宗室，有逆亂萌，遂隱遁深山，州郡連召，常稱疾不仕。王莽為宰衡，辟命不應。及莽篡位，又遣使者徵之，秉固稱疾病。”建武元年（公元25），劉秀即授宣秉以禦史中丞重任，次年又遷司隸枝尉。對其他不仕王莽的士人，劉秀亦優先授以高職，表揚他們忠於漢室、不仕二姓的“高風亮節”，企圖養成重名節的社會風氣，為鞏固東漢封建統治服務。如申屠剛，建武七年（公元31）拜侍禦史，後遷尚書令；郭賀建武中為尚書令，高翊建武十一年（公元35）拜大司農；郭丹建武十三年（公元37）為並州牧，遷左馮翊。由此，“群方成遂，誌士懷仁，斯固所謂舉逸民而天下歸心。”搜羅了一大批效忠劉漢王朝的知識分子，擴大了專製主義中央集權政治的階級基礎。而對心存異心的士人，劉秀則伺機予以諷勸，如《後漢書·馮勤傳》：先是三公多見罪退，帝賢勤，欲令以善自終，乃因讌見從容戒之日：“朱浮上不忠於君，下陵轢同列，竟以中傷至誇，死生吉凶未可知，豈不惜哉！人臣放逐受誅，雖複追加賞賜賻祭，不足以償不訾之身。忠臣孝子，覽照前世，以為鏡誡。能盡忠子國，事君無二，則爵賞光乎當世，功名列於不朽，可不勉哉！”這一席話名為勸勉，實則威嚇，令臣下惕怵不安。
但光武對儒家今文學派炮製的讖緯迷信推崇備至。早在東漢建立之初，光武就仿照王莽、公孫述等人利用讖書作為其承受天命的依據，指使他過去的同學強華偽造那篇叫做“赤伏符”的讖語，表示他繼承了西漢的火德，是“上當天地之心，下為元元所歸”的真命天子。東漢統一全國後，光武更是“宣布圖讖於天下”，把讖緯迷信尊為“內學”，作為其維護封建統治的思想工具。他晚年經常以圖讖決定政事，迷信思想很重，這是其局限性。