洛克菲勒不但捐款，而且在學校創辦的過程中，不辭辛勞地幫助招聘各種教學人員。但是他並不想管理這所學校，也不想借這項事業使自己揚名。
這時，越來越多的求助信，把洛克菲勒壓得喘不過氣來。於是他請來蓋茨，開門見山地說：“我的原則是在沒有仔細調查一項事業之前，我是不會隨便捐助的。但是這項調查花費了我大量的時間和精力，所以我必須有一位助手。”
“我完全同意您的看法。”蓋茨點頭說道。
洛克菲勒眼睛盯著蓋茨說：“我一直在留意您，我認為您是最佳人選。我想請您在紐約建立辦事處，幫助我做慈善工作，由您負責調查和麵談，把結果彙報給我之後，再決定怎樣做。您的意見怎樣？”
“我願意接受您的建議，我將盡力而為。”蓋茨爽快地答應了。3個月後，蓋茨在百老彙 26號附近開了一家辦事處，還召集了一批顧問，開始把老一輩的善舉轉變成現代化的慈善事業。
於是所有的求助信都直接送到蓋茨的辦公室，經過蓋茨認真調查後，他把認為有價值的信件遞交給洛克菲勒，並把資料和他的建議寫成一條條簡潔而有說服力的備忘錄，讓人一目了然。
有一次洛克菲勒請他順便看看自己的幾項新投資，通過一番仔細調查，蓋茨驚訝地發現大約有20個項目是別人設計的圈套，起因全是洛克菲勒輕信他的浸禮會教友。
當蓋茨把真相告知洛克菲勒後，大為震驚的洛克菲勒隻好請蓋茨收拾殘局。於是蓋茨一下子擔任了 13家公司的經理，他大刀闊斧地幹了起來，一邊大膽地舍棄關停，一邊留下一個木材公司，還買下一大片森林大力發展，總算彌補了洛克菲勒在騙局中遭受的損失。他本人也在其中投了資，獲取了豐厚的回報。
對於洛克菲勒來說，蓋茨是最忠誠、最有能力的合作夥伴。他曾讚揚說：“在我所認識的人中，隻有蓋茨把經商技能和從事慈善事業的天賦結合到了一起，而且達到一個前人未能達到的高度。”
1892年 10月，在蓋茨的努力運作下，芝加哥大學正式成立。校長哈伯用衝天的幹勁，蓋了數座教學樓，還在短時間內，聘請到眾多全國一流的著名學者，讓芝加哥大學一夜之間就躋身於全國著名高等學府之列。
1897年學校舉行校慶5周年活動，洛克菲勒終於被熱情執拗的哈伯校長請去了。
洛克菲勒身穿普通的禮服，頭戴絲質禮帽，邁著有節奏的腳步走上主席台，一點兒也沒有大人物的顯赫模樣，但還是一下子吸引了幾百雙眼睛的注視，人們對這位有些神秘感的傳奇人物充滿了好奇。
在台上，哈伯校長熱情洋溢地總結著學校的業績，展望著誘人的發展前景，最後麵向學校的捐助人說：“我想我們尊敬的捐助人一定已經注意到，學校多麼需要建一座寬敞漂亮的禮堂，好代替這座簡陋的帳篷。”台下響起了掌聲和笑聲。
洛克菲勒隻是微微一笑。他打破了原來的約定，站起來用沉穩的聲音發表了講話：“我要感謝校長先生，感謝今天所有來慶祝這輝煌開端的朋友們。這隻是一個開端，今後的事業將由你們來完成，我相信你們會取得成功的。”
他的話被熱烈的掌聲打斷。
“這是我一生最重要的投資，我很慶幸能和這所大學聯係在一起。仁慈的主賜給我金錢，我怎能不把它用在芝加哥大學呢？”
會後，他在眾人的簇擁中，親手埋下建築禮堂的奠基石。
第二天，洛克菲勒穿上運動裝，在學校行政人員的陪同下，騎著自行車參觀校園，一邊向路旁歡呼的學生招手致意。一群群學生唱道：“誰是好漢？誰是好漢？啦啦啦！洛克菲勒，他就是好漢，加油幹！”
洛克菲勒被深深地打動了，他的心情從來沒這樣好過，對於兩耳灌滿了“章魚”、“蟒蛇”攻擊聲的人來說，這無疑是最大的安慰了。
1908年，蓋茨向洛克菲勒提議說：“你應該和芝加哥大學脫鉤了。因為捐贈人的最高理想應當是創立一所能夠完全獨立於他而生存的學校。假若你脫鉤了，這證明你毫無私利可圖，不打算給自己樹碑立傳。”
對於蓋茨的這個建議，洛克菲勒起初並不認可。他拒絕說：“這是不可能的，因為我無法割斷多年來與它的感情紐帶。”
直至1910年，洛克菲勒不得不承認蓋茨的建議是對的。在捐贈了1000萬美元後，他正式宣布和芝加哥大學脫離關係。可是在那之後，直至 1932年以前，他又陸陸續續資助了3500萬美元。
組建醫學研究所
1897年夏天，蓋茨在回紐約喬治湖度假時，認識了一位在醫學院求學的年輕人。通過他，蓋茨了解到了許多醫學知識和醫學界的情況，並閱讀了《醫學原理與臨床實踐》，書中講如何診斷100多種不同的疾病，但是卻很少講到如何治療這些病，而且幾乎沒有指出引起病症的細菌是什麼。
蓋茨意識到，美國的醫學水平太落後了，遠遠趕不上某些歐洲國家，在法國和德國都有著名的醫學研究所。因此，建立一個醫學研究機構以提高醫學水平是迫在眉睫的事。
回來後，蓋茨立即寫了一份極有說服力的備忘錄，向洛克菲勒正式提出建立醫學研究機構的建議。
但是當時要建立一家這樣的機構，對美國人來說實在太陌生了。對於建立研究機構，醫學界普遍懷疑：花許多錢請一些人胡思亂想，有什麼實際意義呢？
洛克菲勒也毫不例外，起初他對備忘錄表示沉默。可是他有對新鮮事物敏感的特殊細胞，蓋茨的極富煽動力的遊說終於激活了他的冒險精神。
既然這項善舉當時在美國無人問津，卻是最需要也最有前途的事業，為什麼不去試一試呢？洛克菲勒最終決定要在紐約建立一所獨立醫學研究中心，還同意用他的名字命名。
洛克菲勒對蓋茨說：“要召集才智出眾的人，把他們從瑣碎的小事中解脫出來，讓他們去異想天開。不要向他們施加壓力，也不要橫加幹涉。我們要做的是：為他們營造一個能夠發揮想象力和創造力的環境。這樣的話，奇跡也許會發生。”
洛克菲勒答應在10年中拿出20000美元的捐贈，後來又增加到100萬美元。小洛克菲勒參與了具體創辦工作，他到處奔波，後來成為第一屆受托委員會的主席。
1901年，在小洛克菲勒和7位著名醫生的共同努力下，在美國成立了第一個醫學研究機構——洛克菲勒醫學研究所。1904年，成立了新改組的醫學研究中心，在弗萊克斯納的帶領下進行醫學研究工作。
新組建的研究所確實聚集了眾多精英。首席顧問是約翰·霍普金斯醫學院院長，病理學教授威廉·韋爾奇，學生們親切地稱他為“寶貝”。他舉止笨拙，喜歡詩歌、交際和美食，曾在德國留學，正在把德國高水平的醫學引進美國。
研究所首任所長、理事會主席是韋爾奇的得意門生西蒙·弗萊克斯納。他身材瘦削，臉部輪廓和頭腦一樣清晰精確；辦事嚴謹公正，很符合洛克菲勒的要求。
有一天，一位記者采訪弗萊克斯納。在他的實驗實裏的瓶瓶罐罐中，終於逮住了像蜜蜂一樣忙碌的弗萊克斯納，他扶了扶眼鏡，鄭重地告訴記者：“我們正在執行一個影響深遠的計劃，它將覆蓋疾病起因和治療的一切領域。”
1906年，醫學研究所再度改組，從簡單的小研究所擴展成現代化的大型研究所，把研究部門與財務部門分開。由洛克菲勒、蓋茨、小洛克菲勒和墨菲等人專門成立了董事會來管理財務及行政，以便讓研究所的科學家能夠專心從事研究。
洛克菲勒從不幹涉研究所的事，很少到那裏去。弗萊克斯納很欣賞捐助人的這種做法，他曾邀請洛克菲勒到研究所看看，這位捐助人謙和地說：“我不能占用大家寶貴的時間。”