“其實，我們這裏經常有人參觀。”弗萊克斯納急忙說。
“那就更不該去占用你們寶貴的時間了。”
有一天，洛克菲勒父子出去辦事，來到研究所的附近。小洛克菲勒看看父親的臉色，小心翼翼地說：“爸爸，您還從來沒來過這裏，我們一起乘出租車去看看吧！”
洛克菲勒答應了，但很勉強。轎車終於停在研究所的大門口。洛克菲勒伸著頭從車窗裏往外看，卻不肯下車。
“爸爸，我們還是進去吧！”兒子在催促著。
“不，我看看外麵就夠了。”
禁不住兒子的一再勸說，父親走進了研究所的大門，一位工作人員帶著他們走馬看花似的匆匆參觀了一遍。臨走時，他禮貌地對向導說：“謝謝! ”從此再沒來過。
其實，他不願進研究所還有一個原因，他不想讓弗萊克斯納摸透他的底細，即是不是要增加捐款啊，什麼時候再捐贈啊！他喜歡給自己蒙上一層神秘的麵紗。
蓋茨經常向洛克菲勒報告研究所的每一項重要工作，每一項誘人的探索。蓋茨說得天花亂墜，洛克菲勒聽得如醉如癡。有一回，一向麵色冷峻的他竟然流下喜悅的淚水。
洛克菲勒對弗萊克斯納說：“請你向同事們轉達我的話：不要怕做不好，不要急於出成果。要把眼光放遠些，這是個長遠的計劃。我相信總有一天，你們會成功的。”
弗萊克斯納為他的通情達理和做事的氣魄深深地感動。由於經費充足，又無壓力，研究所取得了重大的成績。
1904年和1905年之交的冬季，流行性腦結膜炎像幽靈一樣在紐約一帶遊蕩，有3000多人被奪去了生命。心急如焚的弗萊克斯納，在馬的身上培養一種試驗血清，然後在猴子身上進行了試驗，他終於獲得了很大的成功。
1908年1月，一位德國醫生給洛克菲勒打來電話：“尊敬的先生，我給一名腦結膜炎患者注射了這種血清，天哪，不到4個小時，病人體溫就恢複了正常，沒有出現反複。看來病人很有希望康複。感謝研究所研製的這種藥物。”
於是研究所大量製造這種血清，不僅治療了許多美國患有這種疾病的孩子，還把血清運往世界各地，使全世界的孩子大受其益。這項科研成果引人注目，並受到廣泛宣傳，是洛克菲勒研究所的第一個重要項目。
新聞媒體還把弗萊克斯納奉為奇跡的創造者，此時的洛克菲勒興奮得眼裏充滿了淚水。
在奇跡麵前，應弗萊克斯納的請求，為研究所建立了一所小型的附屬醫院。看到醫院的設計藍圖，洛克菲勒對管具體事務的兒子說：“我們可不能亂花一分錢啊！”
醫院設有60個病床及9個病床的隔離房。他們隻收那些正在研究中的病例的病人，免費為他們治療。
1910年，附屬醫院開業了，對5種重點研究疾病的患者實行免費治療。
後來研究所又增設了動物病理學部門和植物病蟲害部門。至20世紀50年代，該研究所在紐約的大樓共有11座。
在伊斯特河陡岸上這座科學的殿堂裏，弗萊克斯納組建了一支優秀的科學家隊伍，他為每一位專家建立一片領地，他們不斷創造著奇跡。
野口英世博士在研究黃熱病預防疫苗、寄生蟲病、狂犬病及梅毒方麵取得了驕人的成績，獲得了很大的聲譽；亞曆克西斯·卡雷爾博士首創血管縫合技術，為器官移植奠定了基礎，獲得1912年諾貝爾醫學獎；勞斯醫生發現了引起某些癌症的病毒；還有幾個醫生合作研究小兒麻痹症和肺炎等病症，都先後取得了諾貝爾獎。
在那個年代，研究所的科學家們成績卓著，他們共獲得了12項諾貝爾獎，比其他任何一個研究所獲得的榮譽都多。此外，洛克菲勒研究所還擁有全世界最先進的設備。
醫學研究所的不平凡的業績為洛克菲勒贏得了讚譽，他感到十分欣慰。小洛克菲勒對他說：“您建立的基金會沒有一個像研究所這樣深得人心，聽不到一丁點兒批評。我們的錢投入到這裏，可以造福世上的每一個人。”
洛克菲勒向研究所捐贈了6100萬美元。後來它變成一所專業性大學，1965年改名為洛克菲勒大學。在它的教師當中，30世紀70年代就有16名諾貝爾獎金得主。
1903年，洛氏家族創辦了第二項大的慈善事業：普通教育委員會。它的宗旨是“在美國國內不分種族、性別或信仰地促進教育”。它的重點在於幫助提高落後的南方黑人和貧苦的白人的教育水平。
洛克菲勒之所以選擇南方的黑人為重點，是因為他在那些年裏捐贈過數量可觀的錢給黑人事業，尤其是南方浸禮會辦的學校和學院。1901年，小洛克菲勒在到南方考察以後，對南方的落後和黑人的境遇也深有感觸。
小洛克菲勒旅行歸來，心中便產生了一個計劃，他想用一種根本的辦法來幫助他們擺脫困境，即設立教育基金會。他向父親彙報了調查的結果，並與父親、蓋茨共同探討了實現這個龐大計劃的步驟。
不久，小洛克菲勒代表父親捐出100萬美元。一年之後，小洛克菲勒的嶽父、參議員奧爾德裏奇利用他的關係，疏通了國會，使普通教育委員會被批準成立。布屈裏克博士被任命為執行秘書，蓋茨和小洛克菲勒等發起人被任命為受托委員會成員。
普通教育委員會成立之初就成為實施壟斷原則的一個實例，它是以洛氏家族的財力支持於1901年在南方教育委員會主持下聯合起來的聯合體。
這個聯合體不僅包括美國最早的慈善事業基金範例皮博迪—斯萊特基金會，還包括塔斯基吉—漢普頓教育綜合組織，這個綜合組織已經控製著重建運動時期之後獲得自由的黑人所享受的高等教育。
斯基吉—漢普頓教育綜合組織的勢力很快就獨霸了南方，普通教育委員會又擴大其活動的主要範圍，使之遍及美國其他地區，成為美國巨大的教育組織。
在強大的基金支持下，南方各州的教育積極地向前推進。至1910年，已經用普及教育委員會的基金協助建立了1600所中學。這些新的中學為學院和大學輸送了更多的人才，也對八年製的小學教育帶來了一種新的意識。
隨著時間推移，普通教育委員會又認識到一個問題，即以農業為基礎的南方，落後的經濟把許多農村兒童拒於學校大門之外。隻有改善南方落後的經濟、提高整個物質生活水平，學校教育才能達到應有的效果。
於是委員會把它的計劃擴大到研究如何幫助貧困的農民學習科學耕作方法，提高產量和收入的範圍。委員會在整整調查了一年之後聘用農業專家西曼·克那普博士研究示範耕作，幫助委員會實現這一構想。
直至1911年，克那普博士去世，委員會對於南方農業的示範工作才漸漸減少，由農業部接管。這是普通教育委員會第一階段的成效。
第二階段著重於改進高等教育。蓋茨認為當時的高等院校分布分散，水平低下，需要大力改進，於是鼓勵洛克菲勒再拿出錢來資助這項工作。洛克菲勒同意了他的建議。
在慎重考察的基礎上，委員會向134所院校捐助了2000萬美元以上，而各院校又拋磚引玉地募集到了另外的7600萬美元。這些經費，除了資助校方的用度，還撥出一部分專門用於提高教師薪金，改善教師生活，從而間接提高教師素質。
1915年，普通教育委員會不僅資助建立了示範性質的高等醫學院，還加強了像約翰·霍普金斯大學等著名大學的醫學院。這前後，洛克菲勒捐款達到了 3300多萬美元。
普通教育委員會還對在科學與蒙昧間徘徊的落後的美國醫學教育，進行了革命性的改革。他們取締了沒有一件科學儀器和掛圖的上百所學校，其中有洛克菲勒最心愛的順勢療法學校。至1928年，委員會已拿出7800多萬美元來推廣科學的醫學教育。