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2007年2月27日，在人民大會堂舉行的國家科學技術獎勵大會上，作為2006年度國家最高科學技術獎的唯一得主，李振聲站在主席台上，從國家主席胡錦濤手裏接過了殷紅的獲獎證書，成為繼袁隆平之後第二個獲得國家最高科學技術獎的農學家。而僅僅在兩天之前，同事和學生剛剛為李振聲慶賀了他的76歲大壽。
國家科學技術獎勵工作辦公室主任陳傳宏宣讀了國家最高科學技術獎評審委員會的評審意見：
李振聲院士開創了小麥與偃麥草遠緣雜交育種新領域，並培育成了小偃係列品種、藍粒單體小麥和自花結實的缺體小麥係統，發現了一批磷高效和氮高效小麥種質資源，研究和揭示了其生理機製和遺傳基礎，培育出高效利用土壤氮磷營養的優質小麥，新品種小偃54被列為農業部跨越計劃，在河南、陝西等省大麵積推廣。李振聲院士提出了黃淮海中低產田改造的建議，並領導和參與中科院黃淮海地區中低產田治理項目的研究，為促進我國糧食增產發揮了重要作用。經評審，決定授予李振聲院士國家最高科學技術獎。
國家最高科學技術獎每年授予人數不超過2名，獲獎者必須在當代科技前沿取得重大突破或者在科技發展中有卓越建樹；在科技創新、科技成果轉化和高技術產業化中，創造了巨大的經濟效益或者社會效益。
根據有關規定，國家最高科學技術獎獎金數額為500萬元，其中450萬元由獲獎人自主選題，用作科研經費，50萬元為個人所得。但獲得國家最高科學技術獎的李振聲則將50萬元個人獎金全部捐給遺傳所，作為學生的“助學基金”，為學生成才助一臂之力。對此所裏非常支持，同樣也拿出50萬元，設立了“振聲獎學金”。
2009年1月16日，“振聲獎學金”首次頒獎。遺傳所女博士生王晶獲得了特等獎1萬元，博士生夏凱等6位同學獲得了優秀獎各5000元。
“李振聲是一個不看重金錢的人。”遺傳所研究員童依平介紹說。以目前李振聲的影響，想要申請一些項目經費簡直易如反掌，但他從來都對同事說：“有多大力，要多大錢”；“應該量力而行，不要浪費國家的資金”。而在“非典”期間，李振聲卻自掏腰包，捐出巨款，救助病人。
據說當年“小偃6號”獲獎時，獎金就是在整個課題組平均分配的，包括組裏的工人。
就個人生活而言，李振聲也一向是衣食簡樸，為人隨和。34年前，李振聲就住在李智兒家裏。當時李智兒去海南育種，李振聲就在李智兒的床上睡了幾個月。而現在，李振聲雖已官居高位，樸素的作風卻依舊保持不變。李振聲現在享受副部級待遇，但他從不讓家裏人使用他的公車。無論去所裏上班還是外出參加會議，李振聲多年來都是提著一個普通得不能再普通的小包，那是一個針織的粉色手袋。有一次李振聲到東北出差，由於衣著普通，竟被一名與會者當成了隨從人員，很隨意地招呼他來提行李。李振聲也不予解釋，默不作聲地幫對方提了行李。及至開會時，那人發現李振聲正在會上做報告，這才知道了李振聲的身份，羞愧得無地自容。等到回去時，李振聲故意開玩笑道：“要不要我給您提行李？”輕鬆化解了對方的尷尬。
這就是生活中的李振聲。雖然他曆任中科院原西北植物研究所所長、中科院西安分院院長、陝西省科學院院長、陝西省科協主席、中國科學院副院長、中國科學技術協會副主席等職務，曾榮獲陝西省和全國勞動模範並上過天安門廣場國慶觀禮台，經常與各種高層人物打交道，操作和關注的都是跨省級、多研究所多學科共同攻關的、涉及國家糧食安全之類的大項目，但他卻依舊更喜歡與農民打交道，與普通人打交道。
在做人方麵李振聲身體力行，而他要求學生的原則同樣是“做事先做人”。在他原來的實驗室裏，曾經掛有一幅他親筆手書的條幅：“一室之不治，焉能天下為”。李振聲要求學生先把自己的基礎工作紮紮實實地做好，然後再考慮以後更大的發展，萬萬不可眼高手低。後來這幅條幅被一名學生索要收藏了。
李振聲在大學時書法就很有名，學校的牆報總是由他來出。李振聲對書法的愛好保持至今，我在他的書房裏看到不少他親筆書寫的字跡——
惠風和暢。
踏遍青山人未老，風景這邊獨好。
走和平崛起道路，建和諧幸福家園。
自律格言——做人：嚴以律己，寬以待人；做事：大處著眼，小處著手。
而在他的論文集首頁，則是他用工整小楷書寫的座右銘、唐代詩人白居易的詩句——
千裏始足下，高山起微塵，吾道亦如此，行之貴日新。