婆羅浮屠聲名遠揚，不僅因為它的規模宏大，而且含義相當複雜。寺廟的每一層四周都有一條通道，由大約1460塊經過雕刻的石板建成，還有400多尊宣講佛教教義的佛像。寺廟的頂部有一座寶塔，代表最後進入涅槃境界。對於佛教信徒而言，婆羅浮屠是佛和人類互相聯係的建築。
佛塔主要結構由這個塔底和建在塔底上的5層方台組成。上部結構由3個圓台組成。其中塔底代表欲界，方壇代表色界，三個圓壇和圓頂塔代表無色界。這一分層式的建築形式本身就象征著通過修行直至終成正果的全過程。事實上，婆羅浮屠顯示著一條通往智慧的道路，它代表著佛教的宇宙觀念。還有一種說法是，塔底加上5層方台，3層圓台共10層。人們相信，這個數字代表著10個境界，積德行善最後修成正果的10個階段。
婆羅浮屠的方台上有432個佛像，在上部的同一圓心的平台上有72個佛像，這些數字不隻是一種巧合。由於階梯把每一圈佛像平分為4組，因此，佛像的總數也就是432和72之和，且除以4以後得到的每一組數字——108和18，可以被3和9整除。就是說，整個建築顯然被設想成數字3的函數，這象征著統一和3的平方——9，而9是佛教中的一個神秘數字。這一切無不顯示出古代印尼人民的偉大智慧。
婆羅浮屠的名字是和神秘的夏連特拉王朝聯係在一起的。夏連特拉王朝在公元778~864年統治著爪哇中部。而印度尼西亞的建築史最早也隻能追溯到此，因為在此之前的木結構建築由於當地的熱帶氣候早已消亡了。關於夏連特拉王朝和當時的人民，人們了解甚少。他們大概是從爪哇的農業和以村落為基礎的文化中興起，而且當時已經繼承了從印度傳播而來的印度教和佛教。不管他們的起源如何，他們的勢力在當時一定相當強大，因為夏連特拉王朝控製著爪哇的中部，並將信奉印度教的讚耶王朝驅逐到爪哇島以東地區，而且最終取代了吳哥“山嶽之帝”的位置。
婆羅浮屠近景夏連特拉王國在今天的印度尼西亞中部興建了許多佛塔，其中最有名的就要數都城日惹近郊的這座“婆羅浮屠”了。在婆羅浮屠建成1個世紀以後，佛教王朝夏連特拉的勢力開始衰弱。而被驅逐到爪哇東部的讚耶王朝仍然保持著強大的勢力。根據銘文和傳說記載，公元850年前後，雄心勃勃的夏連特拉王子巴拉普特拉想成為爪哇的最高統治者，他和讚耶國王展開了曠日持久的消耗戰，最終夏連特拉王朝戰敗並逃往鄰近的蘇門答臘島，讚耶王朝在100多年後又重新統治了爪哇。從此，島上再也沒有興建其他的佛教建築。
然而，這個神奇的建築後來也被湮沒在悄無聲息的曆史中。公元10世紀之後，印度教傳到印度尼西亞，佛教便退居次要地位了。13世紀初，伊斯蘭教逐漸統治了整個印度大陸，其後的數十年間伊斯蘭教也漂洋過海成了印度尼西亞人的主要信仰。前有印度教的侵蝕，後有伊斯蘭教的夾擊，爪哇的佛教逐漸衰落。當時的佛教僧侶和信徒們害怕“婆羅浮屠”這一曠世之寶被他人破壞，於是在城中各處貼出告示來尋求能解決這一難題的良計。然而，整整過了9天9夜，也沒有一個敢於揭榜的人。“天意啊！這是上天的意旨，我們無法違抗。”城中的人們慨歎著，卻還是忍不住要去請教大廟中最具名望的老法師。老法師架起祭壇，就著夜幕作法掐算天意，這時，遠方有一顆閃亮的流星劃過夜空，倏然墜落。睹此凶兆，他隻好無可奈何地歎口氣，搖了搖頭，持著銀白的長須飄然而逝。果然，沒過多久，就在流星墜落的方向，有一口火山突然噴發，紅熱的岩漿緩緩地流過來，流過來……終於，火山灰把這座婆羅浮屠完全掩埋。幸存的人們雖然頗感惋惜，卻仍感欣慰，因為這樣寶塔就不會遭到洗劫了。隨著印尼人主流信仰的改變和佛教的衰落，遍布13萬多島嶼的佛教建築逐漸被人荒棄，野草蔓生。
1814年，在沉寂地下400年之後，婆羅浮屠才被歐洲人從濃密的樹木下的火山泥中發現。從那時起，又經過了整整1個世紀的修繕，它才重新放射出瑰麗的佛教藝術的光輝。