浙江大學新任校長楊衛2006年8月9日在接受中新社記者采訪時表示，香港高校的發展與內地高校的發展是完全不同的。中國改革開放初期，港校水平的確高於內地大學。十幾年前，這些學校每年發表的論文數有一千多篇，而北大清華隻有兩三百篇。但這幾年，北大清華每年的論文發表數已遠遠高於港大。其他數據如辦學經費等，內地同類高校也有比較快的增長。而香港的師資成本很大，辦學經費大多數用在了聘請教師身上，所以高校資源比較起來沒有太大的區別。
楊衛還說，這幾年，港校的許多主幹老師都與內地有著千絲萬縷的關係，他們一直在推動港校在內地的發展，也是因為看中了內地的教育市場可以給香港提供更多的資金和人才，但港校內地招生並不會衝擊到中國高校主體的發展，即還無法撼動北大清華等內地名校的地位及其基本辦學思路。
“二流說”也讓前些日子表現高調的香港高校突然“變調”。前天，之前十分活躍的香港科技大學內地招生負責人朱力徑表示，因為前段時間港校內地招生太熱，“對政府和內地高校造成一定困擾”，因此不再接受媒體采訪。不過他仍表示，所謂北大清華“二流說”的說法“完全錯誤”，不僅北大清華，南京大學、浙江大學、中國科技大學等高校的部分學科“都非常突出”。
2006年7月來滬參加“第三屆中外大學校長論壇”的香港大學校長徐立之、香港中文大學校長劉遵義也表示，兩校無意挑戰北大、清華的地位。香港科技大學校長朱經武稱讚北大和清華等學府有逾百年曆史，是香港高校所不及的。
“北大、清華永遠是中國最好的大學”，“我們不會趕上北大、清華的。”香港理工大學校長潘宗光說：“今年香港在內地隻招1300多名學生。我相信，內地的好學生肯定不止這些。”
“港大和北大清華一樣，都是一流的大學。”香港大學中國事務總監黃依倩日前接受《北京晨報》記者采訪（2006年7月12日）時說，就像中餐和西餐的區別一樣，不同的學校特點並不一樣。“我們來，不是來搶北大清華的學生，隻是招適合港大的學生。”
黃依倩甚至表示，自己“很羨慕清華北大”，因為清華北大是許多內地學子從小夢寐以求的大學。在她看來，港校內地招生的熱度是“炒”出來的，因為招生名額少，以前內地考生不太了解，考生“突然”發現一些可以匹敵北大清華的學校，肯定感到新奇。
⊙內地高校的確存在不少問題
據《中國青年報》2006年上半年的社會調查統計顯示，在內地高校競爭力下降的原因中，列第一位的是“應試教育，不能學以致用”（相反有50．9％的人看重香港知名大學所具有的學術氛圍），而“關門辦學、應試教育”讓學生高分低能，難以適應社會，造成就業困難和發展乏力。同時，學術氛圍與科學精神在內地高校的缺失，被61．7％的人認為是它們競爭力下降的原因。
“我相信在香港，學生能受到貨真價實的教育。”北京理工大學楊東平教授說，“內地的大學，整體上還處在前現代狀態。”在他看來，內地和香港的教育模式“完全不同，就像水與火，越來越多的人會明白其中的區別”。一個簡單的例子是，內地大學生上互聯網要付額外的費用；而在香港，這是校方提供的基本服務之一。
複旦大學副校長蔡達峰指出，相比海外高校，內地高等教育在軟硬件、文化、體製等方麵均存在不足。教育全球化，有可能導致內地人才流失。隨著教育全球化影響加深，學生的本土意識將難免受到衝擊。
上海交通大學副校長印傑分析說，通過港校升溫，我們應該反思內地高校現行單一的人才選拔、人才培養模式，與其害怕搶奪優質生源，不如多練內功，使自身水平在競爭中上升，否則整體水平不提高，關起門來保護自己，沒有出路。
近年來大學生就業率呈逐年走低趨勢，這一方麵固然與近十年高校不斷擴招和宏觀就業環境有關，而更深層次原因則是現在內地一些高校仍在“關門辦學、應試教育”。
據了解，在內地一些高校中，最有優越感、教學科研資源分配中最有競爭力的，往往不是那些學術和教學上的“精英”，而是那些腳踏行政和教學兩隻船的“學官”。結果，一些教授、學者為了爭得更多的教學科研資源，不得不身在“學營”心在“官”，最終造成了學術研究的荒蕪和大學精神的流失與變異。
溫州市教育局考試中心一位工作人員認為：“我們的高校課程設置不能與國際接軌，一些課程內容較陳舊，學生不感興趣還不得不疲於應付。”
一名清華大學畢業生在香港科技大學念了4年研究生後這樣感慨：“多年來，我順順當當地接受了一路功利教育的培養，可現在發現完全上當了。我能成功地通過一次次考試，卻不知道通過這樣的考試是為了什麼。有不少年年得獎學金的‘優秀學生’是這麼一個怪物：不知道自己要什麼，也不知道生活是什麼；對社會毫無接觸，二十出頭，一見女孩子就渾身不自在；會解各式各樣的方程，卻不能解決自己的困惑。”
港大內地學生薛明宇說，“北大、清華也有很多著名學者，但他們很多都不再親自帶本科生了。”
還有人說，內地高等教育的弊端之一，便是很多學生缺少創造性思維，隻知道標準答案。
⊙北大、清華精神在流失
據《財經時報》2006年7月1日報道（記者韓英傑）。“清華集中了很多人才，但學術氛圍不夠，清華現有的管理模式很像官僚體係。”清華大學美術學院教授李象群這樣向記者描述清華的現狀。
而北京大學中文係教授陳平原也坦率地表示，“100多年來一直是北大精神象征的北大人文學科，現在已經不是國內最好的了。”他們都從不同角度表示了對清華、北大可能淪為二流大學的擔憂。
1／學術氛圍就是學校精神
清華美院現在是社會對清華關注的重點。著名油畫家陳丹青辭職事件，讓這個名氣不大的美術學院“蜚聲中外”。去年，中國當代美術史標誌性人物、曾以自由藝術家身份旅居美國18年的陳丹青，因不滿清華的管理體製怒而辭職。但1年多過去了，清華似乎並沒有因此而受到觸動。
李象群告訴記者，清華模式是他和陳丹青等很多教授都很苦惱的事情。清華模式就是“表格＋開會”；各種各樣的表格和各種各樣的務虛會，很像一個官方的管理體係，而不像一個有集體學術氛圍的大學。
“1998年清華美院成立之後，引進了包括陳丹青在內的一大批在國內外享有盛譽的人才。當時有些興奮的清華黨委書記陳曦問，我們應該是全國最好的美院了吧？引進了這麼多的人才。我說，也不一定，因為更重要的是學術氛圍。”這麼多年過去，仍然沒有看到清華美院作為一個新的藝術學院的方向。
國內外很多大學都突出專家治校和學術大旗，但是在清華看不到這一點。清華現在提倡的是年輕人做管理，幹部年輕化。但沒有學術這杆大旗，人家不和你對話，這樣清華美院就被其他美術學院孤立了。
“不是沒有大旗，有的是大旗，但是不立。”清華美院集中了很多人才，包括國內國外的，有獨特研究的。但因為沒有學術的集體氛圍，所以很多人低頭做自己的事。
2／北大的人文已不再是最好
與李象群略有區別，陳平原不僅關心學術還關心大學精神的傳承。陳平原說，張愛玲曾說香港是個誇張的地方，在這個地方摔一個跤比別的地方疼。其實北大也是這樣的地方，北大的好和不好都是誇張的，北大的是和不是都是被置於放大鏡為人觀照的。
大家都願意把“五四時期”的北大作為一個標竿，但是那個時期是一個思想的突變期，所出現的觀點和理論容易帶來震動。現在我們已經進入了相對穩定期，理論方麵就很難達到以前的高度，理論研究是存在突變期和穩定期的，突變期不是你想有就有的，她和時代有關。