涼州刺史被刺，漢陽太守戰死，董卓違詔自領涼州眾將，乘機擴充實力，不與韓遂等人爭輸贏，消極備戰以便保存實力，乘機而起。除西北之外，東北，西南，全國各地紛紛發生叛亂，太常劉焉奏請靈帝改刺史為州牧，擴大職權，以鎮壓農民軍反抗，被靈帝采納，州任之重由此開始。西涼義軍王國，韓遂等人一路東進，圍攻陳倉（今陝西寶雞）。時董卓率軍屯兵不進，靈帝急命皇甫崇為左將軍，督領前將軍董卓，各率兩萬士兵拒敵。董卓提議迅速奔赴陳倉，他說：“聰明的人不失時機，勇敢的人毫不遲疑，現在去救，陳倉城就可以保全；如果不救，城就會破滅，保全或破滅的形式就在此刻。”皇甫崇說：“百戰百勝不如不戰而屈人之兵。所以先要做出不可獲勝的樣子，用來等待可以戰勝敵人的時機。不可勝在我，而可勝在敵人，敵人防不勝防，我郡軍進攻則非常主動，想打哪裏就打哪裏，有餘的好像動於九天之上，不足的好像陷入九地之下。現在的陳倉雖然城小，但守城的工事堅固完備，不是九地之陷坑；王國軍隊雖強，但進攻的是我所不救的，就不能成為九天之上的形勢。沒有九天之上的形勢，又進攻工事完備的小城，防守不被攻破便陷入了九地之下的困境。王國現在已經陷入受害之地，陳倉可保不被攻破，一旦時機成熟，我便可全勝而歸，我為什麼要去救陳倉呢？”拒絕董卓迅速出兵解救陳倉的建議。
中平六年（189年），王國圍攻陳倉從冬到春，已有八十多天，但由於城堅守固，最後也未能攻下，部眾都疲勞不堪，隻好解圍撤退。皇甫崇趁機起兵追擊。董卓勸皇甫崇說：“兵法上說，被擊敗的敵人不要追趕，撤回去的軍隊不要逼迫。現在我們追擊王國，是逼迫撤回去的軍隊，追擊打敗的敵人。被圍困的野獸還要掙紮，蜂蠆有毒，何況這麼多人呢？”皇甫崇說：“以前我不進攻是躲避他的銳氣，現在進攻是因為已經等到敵人衰退的時候了，我們進攻的是疲敝的敵人，不是撤回去的軍隊。王國的部隊準備逃走，沒有鬥誌。用堂堂之陣，進擊潰敗之師，這不叫追擊窮寇。”說完便率軍出擊，命董卓所部殿後備戰，押運糧草。皇甫崇連戰連捷，打破王國部眾，斬殺一萬多人，董卓慚愧不已，愈加忌重皇甫崇統軍有方。
王國兵敗，韓遂等人共廢王國，脅迫前任信都縣令，涼州名士閻忠擔任首領，統領各部。閻忠憤恨病死。韓遂等人逐漸爭權奪利，繼而相互攻殺，勢力漸漸變弱。
靈帝病重，擔心董卓日後作亂，任命董卓為並州牧，讓其交出西涼兵權，讓西涼兵歸皇甫崇統領。董卓不從，複上書言：“臣既無老謀，又無壯事，天恩誤加，掌戎十年，士卒大小相狎彌久，戀臣蓄養之恩，為臣奮一旦之命。乞將之北州，效力邊陲。”不肯奉命行事。且率軍慢行，不去並州邊地，駐紮河東以待朝變。皇甫崇的侄子皇甫酈對皇甫崇說：“董卓被詔委兵，而上書自請，此逆命也；又以京師昏亂，躊躇不進，此懷奸命也，可以仗國威以討之。”皇甫崇兵將雖眾，但與董卓西涼軍旗鼓相當，無絕對勝算，韓遂等人又時時欲以東進，朝中局勢難以捉摸。便對皇甫酈說：“董卓不聽命雖然有罪，但我若專誅也是有責任的，不如正大光明地上奏，讓朝廷處理此時。”於是將此事上奏。朝廷責備董卓，從此董卓怨恨於皇甫崇等人。
皇甫崇上奏之後，朝廷對董卓雖加責備，但不久靈帝駕崩，朝內忙於爭權，無暇顧及，董卓仍駐河東，等待時機，皇甫崇領兵退守扶風郡。宮內經過一番爭鬥之後，何太皇後聯合其兄大將軍何進，車騎將軍何苗，捕殺董太皇太後弟驃騎將軍董重。董太皇太後恐懼，憂愁，暴病而亡，少帝劉辯即位為帝。何進聯合下層豪強袁紹，袁術，曹操等人誅殺黃門常侍蹇碩。蹇碩被誅，董重自殺，董太皇太後爆卒，朝廷和黨人歡悅。袁紹等人以竇武誅宦官反被宦官殺害之事，勸何進警惕五營士與中官謀害，勿出京送葬，以防內變，何進從之。但何進與竇武犯同樣的錯誤，不是以兵權一舉鏟除宦官，隻是想借太後之權誅殺宦官。遂將誅殺宦官之謀告訴太後，何太後與已故竇太後一樣缺乏政治鬥爭經驗，不忍下手，於是對何進說：“中官統領禁省，自古及今，漢家故事，不可廢也。且先帝新棄天下，我奈何楚楚與士人共事乎？”何進與竇武一樣，又不敢違背何太後旨意，亦提出先誅中官放縱不法者。何太後之母舞陽君與何進弟何苗，因多受宦官賄賂，數向太後為中官說好話，並讓太後勸何進勿擅殺，以免內亂。何太後聽信舞陽君等人言語，不依何進等謀。袁紹等向何進說：“宦官保存文書，傳達詔命，出去宮中，與何太後及少帝甚密，不早除，恐為宦官所害。”何進聽後良久不能回答，他雖外攬大權，而內懼何太後及眾宦官，自然猶豫不決。七月（189年）何太後又封劉協為陳留王。袁紹等人大為著急，知道久托之後必被宦官所害，急勸何進召四方猛將及豪傑引兵向京師靠攏，逼迫何太後誅殺宦官，何進依計。主簿陳琳勸何進不可依此計策，說：“董卓暴虐，必危社稷。”何進不聽，尚書盧植知董卓凶悍難製，必生後患，堅持製止何進召董卓入朝，何進依然不聽。鄭太（字公業）為何進輔政，尚書侍郎，亦勸何進說：“董卓強忍寡義，誌欲無厭。若借之朝廷，授以大事，將恣凶欲，必危朝廷。明公以親德之重，據阿衡之權，秉意獨斷，誅除有罪，誠不宜假卓以為資授也。且事留變生，殷鑒不遠。”何進不能采納，鄭太知大難將至，棄官而去，並向穎川人（今河南許昌）荀攸說：“何公未易輔也。”
何進入說太後：召前將軍董卓入駐，守洛陽西苑；詔發東郡強弓箭手西進，使東郡太守橋瑁率之駐守成皋（今榮陽）；調武猛都尉丁原駐守盟津；以點火為號，並誅宦官。何太後不允，弟何苗複勸何進，勿輕舉妄動，與宦官和好為上策。何進疑弟與宦官通謀，以誅相威脅，使弟何苗從之。時董卓率領的涼州兵屯駐河東，丁原的並州兵屯駐河內，並，涼兩支勁旅都以羌，胡，漢人所組，久居邊關，征戰無數，皆精甲快騎，戰鬥力很強。又因董卓，丁原皆為下層低級豪強（丁原出身貧寒卑微，讀書不多，但年少時就有做官的才能，後為南縣吏，當有賊盜來犯時，都身先士卒，衝擊追寇，後任武猛都尉，並州刺史），因而受到何進重用。但何進急於誅除宦官，忽視了對軍閥董卓的警惕，從而給漢庭帶來了禍端。
何進此謀已泄太後及左右，拖日已久，泄密，急以大將軍令拜從事中郎王允為河南尹，司隸校尉袁紹為洛陽方略武吏，司案查宦者。急召董卓帶兵回京誅殺宦官。何太後懼，盡罷中常侍，小黃門歸於裏舍，隻留何進親信守宮。袁紹勸何進乘此機會誅殺宦官，何進猶豫不決，袁紹見形勢緊急，下書各州郡，盡捕中官親屬案查。歸第的宦官先懼，後思反攻。中常侍張讓的從子之妻係何太後的妹妹，張讓向兒媳叩頭請求使其向其姐何太後及其兄何進求情，請求保其族人性命。何太後的妹妹認不清宦官之罪，遂與張讓一起入宮為張讓等求請。何太後之母舞陽君更是貪財好利，不斷接受宦官賄賂的老朽，遂哭訴於女兒何太後，為張讓等人求請。何太後隻認母親，妹妹之情，不知這是一場關乎自己太後，兒子皇帝，族人和國家安危的生死搏鬥，遂詔使宦者恢複職務，各行其是。張讓等複職之後，典禁宮兵積極活動，欲殺何進。此時何進探馬來報：董卓殘忍無禮，強軍難製，一路急進，已經從大陽（今山西平陸南）過河南澠池，恐不能為其所用，反要受製於董卓等西涼勁旅。何進悔悟，急召諫議大夫種邵西入董卓營，宣詔令其退兵。董卓不聽詔令，反而加緊急進，種邵依詔阻擋，險些被董卓殺了性命。
何進進退兩難，一是宦者重新掌權，恐遭其毒手；二是董卓軍強蠻橫，恐受其挾製。在此情勢之下，更加慌亂無神，沒能及時動用武力誅殺宦官，而是寄希望於其妹何太後之身，急入長樂宮勸太後立誅宦官以解除董卓等人入京誅殺宦官的借口，令其返駐河東。張讓派宦官偷聽到後，諸宦官相謂曰：“大將軍稱疾，不入朝，不送葬，今欻入省，此意何為？竇氏之事竟複起邪？”偷聽者告以何進與太後語，宦官張讓率段珪，畢嵐等數十人，持兵器從側門入，埋伏於宮中。何進從永樂宮太後處出來，張讓偽稱太後複召進，入座省闥。何進與太後警惕性不夠，不知談話已被宦者竊聽，毫無防備。張讓突然曆聲斥責何進說：“天下大亂，怎能全歸罪於中官？先帝與何皇後不和，幾次欲廢後，中官泣涕挽救，又出家產和好帝與皇後。不報恩，卻欲殺，無道也。卿說內宮汙穢，公卿以下又有誰清？”尚方監渠穆不待何進言，即斬何進於嘉德殿前。張讓，段珪矯詔任故太尉樊陵為司隸校尉，任少府許相為河南尹，尚書疑詔書有假，要見何大將軍，中黃門以何進首級示尚書。