何進的部曲將吳匡，張璋聞何進被殺，率軍欲入宮，宮門已閉。司隸校尉袁紹與大將軍何進府掾王匡率軍破宮門而入，中黃門持兵守閣，相持至晚，虎賁中郎將袁術防火燒南宮九龍門及東西宮，迫張讓等人出宮。張讓等人出宮後向何太後說：“大將軍反，燒宮，攻尚書閣。接著張讓等劫持太後，皇帝及陳留王劉協，以及內宮官屬，從複道入北宮。尚書盧植持戟於閣道床下，怒斥段珪等人，珪懼，放太後。袁紹與其叔父袁紹隗矯詔召樊陵，許相，將其斬首。袁紹知車騎將軍何苗不與其兄何進一心，又疑苗與中官暗結，乃號令軍中說：“殺大將軍者實為何苗，吏士能為將軍報仇？”吏士們素感何進恩，皆泣，誓為大將軍報仇。吳匡和董旻（董卓弟）率軍攻何苗，斬之，棄屍於苑中。袁紹關閉北宮門，勒兵捕宦者，無論老少盡殺之，或有無須而誤死者，捕者至須出則免，死者兩千餘人。袁紹進兵除宮，或從上端門屋頂入，以攻禁內，張讓，段珪劫少帝和陳留王，一行數十人急出穀門（洛陽城北牆中間之大門），奔往小平津（今河南河西鞏義西北），公卿百官出平樂觀，尚書盧植持戈追張讓，救帝。王允急派河南中部掾閔貢隨盧植救駕。植，貢追至河邊，殺數人，釋帝與陳留王，護衛天子左右。天子饑渴，閔貢宰羊進之，厲聲責罵張讓等人：“君以閹官隸，刀鋸之殘，越從洿泥，扶持日月，賣弄國恩，階賤為貴，劫迫帝王，蕩覆王室，假息漏刻，遊魂河津。自亡新以來，奸臣賊子未有如君者。今不速死，吾射殺汝。”讓等惶怖無措，叉手再拜，向天子辭別說：“臣等死，陛下自愛。”遂投河而死。至此，宦官已被鏟除幹淨，盧植，閔貢護衛少帝，陳留王一行借螢火光亮夜行數裏，遇農民牛車，才得以乘車而返。
董卓見洛陽火起，引兵急進，未明到城西，駐軍城外。騎都尉鮑信知董卓性強難製，恐為禍亂，勸袁紹說：“董卓擁製強兵，將有異誌，今不早圖，必為所製。及其新至疲勞，襲之可擒也。”勸袁紹乘機擊殺董卓。袁紹兵少，懼怕董卓，又不能詔令京師及附近郡兵擊董卓，不敢出擊。鮑信大為失望，天明之後便引兵還鄉，以避禍他方。
少帝一行行至北邙山，百官公卿來迎，董卓軍駐城西不能進宮，至天亮，聞帝行至北邙山，遂率軍來迎。董卓與百官同行，共迎少帝於北邙山，百官懼董卓兵強，奉董卓於前。少帝見董卓突然帶兵前來，又剛遭宮變驚嚇，認為是來殺己，恐怖涕泣，不能言語。群臣忙進言少帝說：“帶兵之人是受故大將軍何進召，領兵進洛陽，護衛皇室，誅殺宦官的新任並州刺史，前將軍董卓，皇上不必驚慌。”董卓帶劍橫入，至少帝前問：“群公諸臣，人為國家大臣，不能匡正王室，致使國家動蕩，何卻兵之有？”少帝懼怕，不敢言，董卓與陳留王言，王陳說禍亂之事，對答從容，卓心喜陳留王，認為陳留王賢於少帝。
董卓先前受何進召，帶兵入朝之前就曾上書說：“中常侍張讓等人竊幸承寵，濁亂海內。臣聞揚湯止沸，莫若釜底抽薪，潰癰雖疼，勝於內食。昔趙鞅興晉陽之甲，以逐君側之惡人，今臣輒鳴鍾鼓如洛陽，請收張讓，以清穢。”護送少帝回宮之後又上前質問少帝：“陛下令常侍，小黃門作亂乃爾，以取鍋敗，為負不小耶！”少帝與何太後經前一段宮變早已嚇得魂不附體，不敢言語。特別是何太後親眼見到其母舞陽君死於亂軍之中，又知董卓殘暴，更是不敢聲張，有所舉動，全憑董卓安排。董卓獨攬朝政，自封為司空。由於董卓長期帶兵，又曾擔任過羽林郎，朝中將士，禁軍有不少舊勳故將，何進，何苗已死，其弟董旻引何進部曲吳匡等人盡拜董卓門下，受其統領指揮。時袁紹為司隸校尉，武猛都尉，並州丁原率猛將呂布入洛陽誅殺宦官有功，任執金吾，董卓兵少，隻有三千親兵涼州步騎“飛熊軍”，袁紹自視清高，看不起下層豪強董卓，丁原等人，隻是表麵順從“忠君”的司空董卓。富於心計的董卓想要拉攏丁原，知丁原兵強，不會屈從於他，遂下功夫拉攏丁原的猛將呂布。呂布為五原九原人（今山西絳縣北）人，五原郡屬並州，董卓在擔任並州刺史時就與之相識，又多次在並州作戰，與呂布互引以為知己，呂布與董卓都膂力過人，又勇猛善射，自然惺惺相惜。董卓誘呂布殺丁原，因呂布勇猛，深受丁原信任，對其不加防備，不久便被呂布殺害。兵士見丁原被殺，呂布投靠董卓，也隻能屈從董卓以保全性命。董卓自知兵少，怕眾臣眾將不能折服於他，每隔四五日便在夜裏悄悄帶兵出城，在附近設營，天明又大旗樹立，戰鼓陣陣，威風進城。城內兵將混雜，互不相識，眾官員及百姓更是無從知曉真相，都驚慌不已，以為董卓西涼兵馬源源不斷，已陸續進入洛陽城，紛紛歸附，不敢造次。不多日，西涼兵便由董卓的女婿牛輔，謀士賈翊以及其他將領帶領，入駐洛陽。有西涼兵將協助，董卓實力大增，便想獨攬朝政，而何太後幸免於難，勢必繼續臨朝，這自然又會約束董卓的權力，是董卓所不能允許的。董卓的目的是逼迫何太後放棄臨朝，但僅僅如此，並不能完全消除隱患。因為接替太後權利的少帝，是何太後所生，得以登基又賴何氏之力，何太後歸政後，仍可通過少帝影響朝政，董卓依然達不到操縱皇權的目的。更嚴重的是，如果董卓殺掉太後，必然與少帝結仇，後果不堪設想，於是便有廢黜少帝之意。而陳留王劉協，其母王美人已死，又是董太後所養，於是便風馬牛不相及地認為立陳留王，必將親近於他，又有擁立之功，足以掌握朝政。
董卓有廢立之意之後，又想拉攏袁紹，先與袁紹謀，對袁紹說：“天下之主亦得賢明，每念靈帝，令人憤恨。董侯（劉協）似可，可當立之。”袁紹說：“今上富於春秋，未有不善宣於天下。若公違禮任情，廢嫡立庶，恐眾議未安。”卓看袁紹不從，按劍叱曰：“豎子敢然，天下之事，豈不在我？我欲為之，誰敢不從？”紹又跪對曰：“此國之大事，請出太傅議之。”董卓說：“劉氏種不足複遺。”袁紹大怒，對董卓說：“天下健者，豈惟董公？”橫刀而出，懸印綬於上樂門，出奔冀州避難。其弟，後將軍袁術亦出奔南陽避難。
董卓召集公卿百官，商議廢少帝，立陳留王一事。董卓乃奮首而言曰：“大者天也，其次君臣，所以為政。皇帝暗弱，不可以奉宗廟，為天下主。今欲以伊尹，霍光定策，延年按劍，有敢沮大議，皆軍法從之。”坐者震動，唯獨尚書盧植不肯屈從迎意，大怒而斥：“昔太甲既立不明，昌邑罪過千數，故有廢立之事。今上富於春秋，行無失德，非前事之也。”董卓怒，欲斬盧植，為蔡邕所阻，罷而退議。京兆尹蓋勳公然致書董卓，予以斥責說：“昔伊尹，霍光權以立功，猶可寒心，足下小醜，何以終此？賀者在門，吊者在廬，可不慎哉！”皇甫崇亦上書反對說：“人未忘主，天不佑逆，若虛造不逆之功，以速朝夕之禍，孰以委忠本朝，守其臣節。雖雲多讒，不過放廢，猶有令名，死且不朽，反常之倫，所不敢聞。”董卓怕久拖生變，對己不利，於是加緊廢立之事。九月甲戌複召群臣於崇德前殿，脅迫何太後策廢親子少帝，何太後親眼見生母舞陽君死於亂軍之中，董卓又凶殘暴虐，如不聽其言，恐怕丟了性命，自是不敢違意董卓。立詔群臣曰：“皇帝在喪，無人子之心，威儀不類人君，今廢為弘農王。”董卓扶廢掉的少帝劉辯下殿，北麵稱臣，陳留王劉協登基，稱獻帝，改昭寧為永漢，大赦天下，太後鯁涕，群臣含悲，都不敢言語。董卓又議：“何氏逼迫董太後，致使他憂憤而死，不符合媳婦侍奉婆婆的禮儀。”於是將何太後遷於永安宮中，為防生變，不久便派人用毒酒毒死何氏，然後讓漢獻帝劉協到奉常亭為何氏舉哀守喪，公卿百官不按太後治喪的禮儀穿著白衣參加葬禮，將何氏與靈帝合葬，葬在文昭陵內。
董卓知涼州兵士皆無治世之才，隻是配予各郡做校尉，都尉之職，並無重用，皆將校而已。極力拉攏士人，諸賢，自封太尉，封為郿侯，忍性矯情，擢用群士。乃任吏部尚書漢陽周珌，侍中汝南伍瓊，尚書鄭公業，長史何顒等人為官，以處士荀爽為司空。其染黨錮者陳紀，韓融之徒皆魏列卿，幽滯之士，多所顯拔。以尚書韓馥為冀州刺史，侍中劉岱為兗州刺史，陳留孔伷為豫州刺史，穎川張谘為南陽太守，借以籠絡士人，爭取士人擁護，借用士人聲望爭取民心。司空揚彪，司徒黃琬上書獻帝魏黨人首領，被殺的陳蕃，竇武等人訴冤，為諸黨人聲張正義，主張恢複竇武，陳蕃爵位。獻帝將奏章轉呈給董卓，董卓從其議，並任用陳，竇的後人入朝為官。蔡邕名高，卓數召，稱疾不就，董卓大怒，詈曰：“我力能族人，蔡邕遂偃蹇者，不旋踵矣。”又切敕州郡峯邕詣府，邕不得已而就，被拜侍中，後遷左中郎將。荀爽為人有賢名，被征為侍中，爽欲遁命，吏持之急，不得去，因複拜平原相，行至宛陵，複追為光祿勳，視事三日，進拜司空。黨人陳寔子陳紀，“亦以至德稱，兄弟孝養，閨門雍和，後進之士皆推慕其風。及遭黨錮，發奮著書數萬言，號曰《陳子》。黨錮解，四府並命，無所屈就。遭父憂，每哀至，輒嘔血絕氣，雖衰服已除，而積毀消瘠，殆將滅性。豫州刺史嘉其至行，表上尚書，圖像百城，以厲風俗，董卓至洛陽，乃使就家拜五官中郎將，不得已，到京師，遷侍中。”都尉曹操反對董卓廢少帝劉辨，誅殺太後，不願合作，遂改易姓名，逃出洛陽。