平息將工會並入企業政治部的風波
事情到此並未結束。1963年底、1964年初又發生將企業基層工會並入企業政治部，成為政治部下屬的一個部門的風波。這件事的起因要從1960年12月21日，中共中央轉發中央軍委擴大會議《關於加強軍隊思想政治工作的決定》說起。中央在轉發這個文件時指出：決議的基本精神適用於黨政機關企事業單位。1961年9月16日，中央發出《國營工業企業工作條例》（即《工業70條》）規定：“企業中的政治部，是企業黨委的工作機關，負責企業中黨的思想建設和組織建設工作。它受黨委的委托，領導工會、共青團的工作。”但是，《工業70條》並沒有明確規定企業必須設立政治部。
1963年12月9日，冶金工業部部長王鶴壽給毛澤東的一份報告中說，今年我們在企業裏抓了學習解放軍的政治工作，這不僅使我們找到了做好企業思想政治工作的範例，而且解決了許多過去長期沒有解決的問題。毛澤東把這份報告批給薄一波，說：“別的工業部是否也抓起了思想政治工作，請你查告我。看來學解放軍，並且調一些解放軍好幹部到工業部門工作，是一個好辦法。”12月15日、19日，薄一波兩次給毛澤東寫信，表示學習解放軍，調一批解放軍的好幹部到工業部門工作，的確是加強工業企業政治工作的好辦法。提出工業、交通各部，都要學習解放軍的政治工作經驗，用毛澤東思想、革命精神把全體職工重新武裝起來。所有工業部門都要依照解放軍的辦法，從部到企業建立起政治工作係統。與此同時，12月14日，毛澤東看到中辦秘書室編印的內部刊物《群眾反映》上刊載了一位縣委宣傳幹部來信，建議農村生產隊都應像解放軍連隊那樣配備一個政治委員後，批示：“在城市工業、商業、居民方麵也仿軍隊辦法從上到下設政治部、政治處和指導員。”12月16日，毛澤東又把薄一波12月15日給他的信批給了林彪，並說“我已收到冶金部學解放軍的詳細報告，他們主張從上到下設政治部、處和指導員。看來不這樣做是不行的，是不能振起整個工業部門（還有商業部門、還有農業部門）成百萬成千萬的幹部和工人的革命精神的。”還說：“這個問題我考慮了幾年了，現在因為工業部門主動提出學解放軍，並有石油部的偉大成績可以說服人，這就到了普遍實行的時候了”。在這種形勢下，全國大中型企業一般都建立了政治部。
1964年3月11日，楊尚昆聽取全總黨組的工作彙報，全總的同誌反映，在企業建立政治部的過程中，有些企業將工會並入政治部，成為政治部下屬的一個部門，或者索性取消工會的名稱，把工會改為政治部下的群眾工作部，隻管職工生活福利工作。恰巧，5天後就要開幕的全國工業交通第一次政治工作會議，準備討論工交部門從上到下建立政治部的有關問題。楊尚昆就讓全總寫出書麵材料，把這份材料批給了全國工交政治工作會議主持人穀牧。穀牧在會上明確要求各地、各部門立即采取措施糾正這一錯誤做法。提出關於工會的領導體製在中央沒有作出新的決定之前，仍按原來的規定執行，不要輕易改變。企業的政治部，應當在企業黨委的領導下，協助工會做好工作，更好地發揮工會的作用。
取消縣工會，將工會工作納入城市人民公社，將工會並入企業政治部，盡管形式不同，但實際上都是“工會消亡論”的表現。
為犯“右傾機會主義”錯誤的幹部平反
1958年1月，毛澤東在南寧會議上嚴厲指責反冒進，說反冒進是1956年一段時間帶方向性的動搖和錯誤。很多中央領導同誌包括周恩來、劉少奇、陳雲都被迫作了自我批評。隨著“左”的指導思想急劇升溫和領導人被迫檢討，在幹部中的反右傾鬥爭也在不斷升溫。1958年5月，全國總工會主席賴若愚、書記處書記董昕；6月，共青團中央書記項南；全國婦聯書記處書記曹冠群以及工、青、婦的一批幹部都被指責犯了右傾機會主義錯誤，受到批判。