實事求是清查“兩案”遺留問題
清查同林彪、“四人幫”反革命集團有牽連的人和事，是另一種性質的曆史遺留問題。粉碎“四人幫”後，廣東的清查工作雖然花費了很大精力，也是有成績的，但在十一屆三中全會徹底否定“文化大革命”以前，難以取得完全勝利。省委認為，要克服鬆勁情緒，善始善終地把清查工作搞徹底。
省委對清查工作抓得比較緊，但對“兩案”的定性、處理比較慢。這有兩方麵原因，一是省委工作確實太忙；二是認為慢處理比快處理要穩妥些，匆忙定性、處理，可能有一些案子到後來還要返工。當時，有一些同誌批評省委缺乏勇氣，處理問題不果斷。楊尚昆雖然認為這種批評有一定道理，但也主張不能憑感情，不能重複過去“四人幫”整老幹部“殘酷鬥爭、無情打擊”的做法，要恢複正確開展黨內鬥爭的優良傳統。省委堅決執行中央關於“兩案”問題定性處理原則的精神，對廣東“兩案”的具體情況進行了具體分析，不完全套條文、摳文字，而是用每個案子的材料實事求是地去對照中央的政策原則，該是什麼性質就定什麼性質。同時，還要考慮到兩個方麵：一要考慮群眾影響，某個案子處理下來，群眾同意不同意，是不是擁護；二要考慮本人的態度，是不是認識錯誤，是不是有悔改表現。要做犯錯誤同誌的思想轉化工作，這也有兩個方麵，一是教育他本人，確有悔改表現；二是確有悔改表現才能得到群眾諒解。在處理廣東幾起較大案件中，省委內部是有爭論的，但是省委始終堅持實事求是，處理的案子經受了曆史考驗。所以這項工作拖得時間比較長，到1980年下半年才基本結束。
調動幹部積極性注重培養地方幹部
實現黨的工作重點轉移，集中精力探索、開辟一條改革開放新路，必須團結廣大幹部，首先是基層幹部，解除他們身上的精神枷鎖，調動起他們最大的積極性。1979年2月7日，楊尚昆在佛山地委擴大會議上講話時強調，要認真貫徹十一屆三中全會精神，保護基層幹部，把農業生產搞上去。他說：“基層幹部，包括縣委的同誌在內，應該講是最辛苦的。我在中央工作的時候就是這樣認識的。‘上麵千條線，下麵一根針’，所有的事情都要通過縣、公社、大隊、生產隊。他們確實是風裏來雨裏去，大多數同誌是想把工作搞好，把生產搞上去的。當然，有錯誤應當批評，但對公社以下的基層幹部應該以講道理為主，以表揚鼓勵為主，同情他們的疾苦，了解他們的困難，保護和發揮他們的積極性。當然，也有少數不好的，違法亂紀、貪汙腐化，但這隻是極少數。隻要不是反革命，又不是刑事犯，對他們都應該懲前毖後，治病救人，多做思想工作，少處分，更不要動輒開除黨籍、撤職。總之，我們要關心幹部的疾苦，基層幹部有很大功勞。‘文化大革命’最亂的幾年，他們還在工作嘛。過去許多政策是中央定的，省委定的，出了毛病責任在中央，在省委。下邊的同誌辛辛苦苦地工作，是沒有責任的，運動一來，什麼問題都扣到他們頭上，是不公平的。這個問題我們的縣委要認真討論，要保護基層幹部的積極性，隻要他們在勤勤懇懇地工作，就要多體諒，多鼓勵。過去批評不當的，縣委要主動承擔責任。當然，對個別壞人要進行嚴肅處理。對那些‘造反派’、搞幫派活動的人，有的問題很嚴重，有的是跟著人家走，這些都要分清楚，分別對待。要堅持實事求是。”
楊尚昆到廣東後，首先麵臨調整各級領導班子問題。領導班子不調整，局麵打不開，貫徹十一屆三中全會精神就是一句空話。調整、整頓領導班子，不是隻調整一兩個人，也不是幹部大換班，而是組建一個能聯係群眾，真正成為帶領本地區、本部門廣大幹部群眾建設社會主義的堅強集體。在楊尚昆兼任廣州市的職務以前，市委已經有了一個調整方案。楊尚昆到職後，由於對幹部情況缺乏了解，就提出調整領導班子的工作向後略微推遲，熟悉一下幹部情況再定。這個意見經市委常委討論一致同意。但是，很多幹部職務未定，一些工作無法落實。有人議論說，你這個第一書記來了可以推翻以前的決定，將來再來一位書記也可以推翻你的決定，那不是永遠解決不了問題嗎？對此，楊尚昆解釋說，“這不是‘長官意誌’、‘一言堂’，是經過市委討論同意的。假如明天把我調走了，後天來了一個張書記、王書記，他覺得楊某人在這裏經市委同意的部分幹部安排得不妥，要改變，提請市委討論，這也是正常的。我聲明，我到廣東來，沒有帶一個幹部，是‘光杆’來的，我的班子就是你們大家。現在市委工作的同誌就是我的班子。”1979年6月，楊尚昆在市委三屆二次常委擴大會議上宣布，調整和整頓領導班子的工作要繼續抓緊進行。在調整和整頓過程中，要以思想整頓為主，在對“文化大革命”中犯有打砸搶錯誤、整過人，現仍居領導崗位，群眾有意見的人，要分別情況進行處理，最低限度要作自我檢討，登門道歉，主動承認並自覺改正錯誤。對老幹部要作妥善安置，組織部門要做好這方麵的工作。