出乎蔣介石意料，戴笠竟然牽強附會、添油加醋地搬出了牛年馬月的老皇曆，他隻好又開導戴笠說：
“陳儀的問題，不是一個陳儀，他是政學係首領之一，背後有武漢的張群，江西的熊式輝。當年在南昌行營剿共的時候，他們都出過大力氣，幫過我的大忙，你千萬要體諒我的苦心，我現在就下令撤銷福建省會警察局長李進德職務，扣押對他繼續審查。你回去要好好想一想，張超之事，以後不許再提了。”
蔣介石把心裏話都掏出來了，戴笠也覺得不該再鬧下去，不再言語。事情總算是平息。
回到公館，戴笠奮筆疾書：“秉承領袖旨意，體諒領袖苦心。”這幾個大字從此成為他勉勵部屬，教育學生標榜自己的最好材料。
抗日戰爭勝利後，戴笠春風得意的歲月也到了盡頭。
1946年重慶政治協商會議期間，中共聯合民主黨派提出了反對內戰、和平建國的方案，並一致要求取消特務機構。國民黨一些元老不滿於“軍統”的飛揚跋扈，陳誠等一些軍界要人也感到“軍統”有損“黨國形象”，一些地方派係則懼怕這隻鷹犬咬人。所以紛紛向蔣介石提出特務機構過於龐大，應考慮取消或縮編。“軍統”在抗戰中，全靠投機倒把、敲詐勒索發國難財來維持，戰後失去生財之道，這筆龐大的開支很令蔣介石頭痛；更重要的是經過抗戰，蔣介石的國際影響已使他穩居統治地位，所以也感到“軍統”有縮編的必要。蔣遂令毛人鳳急電戴笠從天津返重慶，研究對策。
戴笠接電後，怒氣衝衝，拍著胸膛對其親信文強說：“我辛辛苦苦在外麵奔波勞累，一心為國為校長，想不到會有人乘機搗亂，落井下石，想端我的鍋，在這種時候還同室操戈，實在欺人太甚！請你為我擬一複電，說我正在處理平津寧滬的肅奸案件，事關重大，無人可代理，請寬限半月，再返渝麵陳一切。”
二人商議決定：為對付國民黨內的攻擊，采用以退為進的方法，出國考察，以渡難關。
在公開場合，戴笠極力為自己及軍統申辯，1946年3月10日，在北平懷仁堂舉行總理周年紀念會上，戴笠發表公開談話說：
“我們團體有×萬×千人，在工作上有共同信守的原則，效忠國家，效忠領袖，堅定革命信念，確認革命立場，達到共同目的。這便是共同綱領。我個人承領袖耳提麵命，擔當抗日的重任，我自己所負的責任不容許我馬虎，我們調查統計局的工作，是整個革命工作的重要一環，最近中央開六屆二中全會，十幾天來所表現的情況，未出我意料之外，對調查統計局的問題，看來是毀譽參半的。有人叫要打倒我們（所謂特務），我不知道什麼叫打倒，什麼叫取消，我隻怕我們的同誌不進步，官僚腐化。如果這樣，人家不打，自己也會倒的。所以我時刻所想的，是如何對得起先烈，如何保持光榮曆史，絕沒有想到別人如何打倒我。我個人無政治主張，一切唯有秉承委員長的旨意，埋頭去做，國家才有出路，個人才有前途。”
3月17日，戴笠乘航空委員會所派專機南飛重慶，途中因氣候惡劣，在南京上空失事。戴笠及其隨行13人全部摔死於江蘇省江寧縣板橋鎮戴山。
蔣介石聞訊，悲痛至極，拄著手杖，爬上南京中山靈穀寺，親自為戴笠挑選了墓地，贈以“碧血千秋”花圈，挽聯文曰：
雄才冠群英山河澄清仗汝跡；
奇禍從天降風雲變幻痛於心。
6月11日，南京國民政府發布命令，稱戴笠為軍事委員會調查統計局局長，追贈他為陸軍中將。
由此可見，蔣介石對戴笠恩寵有加，是國民黨的其他要員無法比擬的。這正好證明戴笠一生“忠於領袖”，甘願做“小人物”的辦法，是卓見成效的。
戴笠“秉承領袖旨意，體諒領袖苦心”的變調曲就是：“我是給人家抬轎子的！”讓人聽起來的似乎有滿腹心酸的感覺，但，轎子可以不去抬，抬轎者可以是別人，為什麼恰好是你呢？
戴笠一則甘為“人”下，能屈能伸；二則又摸透了蔣介石的脾氣，而後巧言諛上，投機鑽營，何愁不能權傾朝野？
勇於做上司的“貼心人”
與老板相處得怎麼樣，對於你的工作環境、事業興衰、處世前景、無疑具有重要意義。相處和諧，老板賞識你、重用你，你會工作得有興趣、有勁頭，事業興旺、前景光明；相處不好，他給你穿小鞋、設障礙，你幹得無心無緒、萎靡不振，或吃力不討好，前景黯淡。若炒了你的魷魚，你得重新尋找工作。或許你並不稀罕在他手下的這份工作，或老早就想辭職另有高就。但畢竟你是因與老板不和而被炒掉的，你不是主動辭走的，心裏也總是不會好受。而不論你走到哪裏仍然還要遇到新的老板，還得麵臨怎樣與老板打交道的問題。除非你當了皇帝，做了終身總統。