北宋初年，以講論經籍為主的私人書院日漸增多。宋代最著名的有四大書院：江西廬山的白鹿洞書院、湖南長沙的嶽麓書院、河南商丘的應天府（睢陽）書院、河南登封的嵩陽書院，此外還有湖南衡陽的石鼓書院、福建的紫陽書院、浙江的象山書院等。到仁宗末年，北宋前期較有影響的書院全部消失。熙寧四年（公元1071年）朝廷直接向州學派出教授，以削弱書院和縣學；七年將有教授的州中書院並入州學。
南宋初年，隨著理學的發展，張栻、朱熹、呂祖謙、陸九淵等學者開始陸續修複書院，並成為學派活動基地及講學的場所。理宗（公元1224～1264年）即位後，將理學定為正統學說，書院教育成為朱熹等理學大師的遺產被官府繼承。景定元年（公元1260年）起，正式通過科舉考試或從太學畢業的官員才能成為每個州的書院山長，朝廷借此控製書院。
書院大多是自籌經費，建造校舍。教學采取自學、共同講習和教師指導相結合的形式進行，以自學為主。它的特點就是為了教育、培養人的學問和德性，而不是為了應試獲取功名。
元至元二十八年（公元1291年），世祖忽必烈首次下令廣設書院。民間有自願出錢出糧讚助建學的，也立為書院。後多次頒布法令保護書院和廟學，並將書院等視為官學，書院山長也定為學官，是書院官學化的開始。元代將書院和理學推廣到北方地區，縮短了南北文化的差距。並創建書院296所，加上修複唐宋舊院，總數達到408所，遍及各路、州、府。但受官方控製甚嚴，沒有書院爭鳴辯論的講學特色。
明初時，宋、元留存的書院多被改建為地方學校和社學。成化、弘治年間以後，書院逐漸興複。嘉靖十六年（公元1537年），明世宗以書院倡邪學下令毀天下私創書院；十七年，以書院耗費財物、影響官學教育再次禁毀書院。到嘉靖末年，內閣首輔徐階提倡書院講學，書院得以恢複。萬曆七年（公元1579年）張居正掌權，在統一思想的名義下，下令禁毀全國書院。張居正去世後，書院又開始盛行。天啟五年（公元1625年），魏忠賢下令拆毀天下書院，造成“東林書院事件”。崇禎帝即位後，書院陸續恢複。期間書院總數接近2000所，包括新創建的1699所，出現了陳獻章、王守仁（陽明）等學派。
明朝的書院分為兩類：一種重授課、考試的考課式書院，為習舉業而設，同於官學；另一種是教學與研究相結合，各學派在此互相講會、問難、論辯的講會式書院，有1200多所。後者自由講學，抨擊時弊，成為思想輿論和政治活動場所，多為統治者所禁毀。其中最著名的是江蘇無錫東林書院。明朝統治階級曾先後4次毀禁之，然而書院有著頑強的生命力，多次毀而不絕。在嚴酷的政治壓迫下，書院師生寧死不屈。東林書院的對聯寫道：“風聲雨聲讀書聲，聲聲入耳；家事國事天下事，事事關心。”
清代書院達2000餘所，但統治者抑製私人書院發展，官學化達到了極點，大部分書院與官學無異。順治九年（公元1652年）明令禁止私創書院。雍正十一年（公元1733年），各省城設置書院，後各府、州、縣相繼創建書院。乾隆年間官立書院劇增，絕大多數書院成為以考課為中心的科舉預備學校。
清代書院分為三類：其一為義理與經世之學；其二以考科舉為主，主要學習八股文製藝；其三以樸學精神倡導學術研究。
光緒二十七年（公元1901年）詔令各省書院改為大學堂，各府、廳、直隸州書院改為中學堂，各州縣書院改為小學堂。至此書院退出了曆史舞台
5、公元1127年：陳東事件
宋高宗
相國李綱
陳東（公元1086～1127年），字少陽，今江蘇丹陽人。“早有俊聲，倜儻負氣”。宋徽宗崇寧二年（公元1003年）始，先後入丹陽縣學、潤州儒學堂讀書。政和三年（公元1113年）以貢入太學。
政和年間，朝廷大作雅樂，曾命太學生學習彈奏，擇日試於廷殿，並遷官給賞。陳東力辭，曰：“豈有此事，萬一有之，吾可以僥幸進身耶？”陳東剛直無私，不戚戚於貧賤，令眾學子大為驚歎。
北宋末年，朝廷宰執蔡京、王黼、朱勔及宦官李彥、童貫、梁師成等植黨營私，柄權禍國，妄起邊釁。宣和七年（公元1125年）十二月，金軍攻宋，蔡京等堅主和議，激起中原百姓的強烈反抗。廿三日，欽宗即位。4天後，陳東率在學諸生數百人，奔登聞檢院向欽宗上書，首論蔡京、王黼等誤國奸狀，曰：“蔡京壞亂於前，梁師成陰政於內，李彥結怨於西北，朱勔結怨於東南，王黼、童貫又從而結怨於金敵，遂使天下之勢危如絲發。此六賊者，異名而同罪，伏願陛下乾剛決斷，擒此六賊，肆諸市朝，傳首四方，以謝天下！”
靖康元年（公元1126年）正月初，金軍圍汴京（今河南開封），太上皇徽宗以赴亳州（今屬安徽）太清宮燒香為名，連夜逃出汴京，蔡京、童貫等亦隨徽宗出逃。初六，陳東再次上書，請追回並誅殺六賊，以正刑典。三十日，陳東又上書，以為朱勔等人罪大謫輕，曰蔡京、童貫等六賊“盤根錯節，牢不可解”，理當嚴懲，以平民憤。欽宗為不違天下公議，分別將蔡京、王黼等六賊及蔡京子攸、翛賜死、誅殺。