阿舒爾斯特上校命令士兵將兩隻木箱改裝到美軍專用標準化箱裏，等待裝船。按照原定計劃，12月11日有一艘“哈裏遜總統”號輪船將由上海抵達秦皇島，然後由秦皇島駛往美國。美國海軍陸戰隊軍醫福萊受上校之命，將標準化箱連他個人的行李共24箱由北京押運至秦皇島霍爾坎伯美軍兵營，福萊將要護送這批化石安全抵達美國。
天有不測風雲，意想不到的事情發生了。12月7日，珍珠港事件爆發。秦皇島霍爾坎伯軍營被日軍占領。美國海軍陸戰隊隊員全部成為俘虜。不久，這批俘虜被押送到天津戰俘營。過了十來天，美軍戰俘的行李由秦皇島轉運至天津，福萊醫生的行李大部分還在，其中包括裝載中國猿人化石的美軍專用標準化箱。
福萊醫生將他的剩餘行李，包括標準化箱在天津就地疏散了：一部分存放在瑞士商人在天津建築的倉庫裏，一部分存放在法租界巴斯德研究所，一部分存放在中國友人家裏。疏散前，福萊醫生沒有打開過標準化箱子。
戰爭結束以後，裝有中國猿人化石的標準化箱子下落不明。中國的無價之寶經美國海軍陸戰隊之手，由北京至秦皇島，由秦皇島至天津，最後在天津失蹤。
中國猿人化石究竟落在何處？
一種說法是，標準化箱在秦皇島被裝上了“哈裏遜總統”號輪船.但該船不幸在赴美途中沉沒。中國猿人化石沉入了海底。有人說，輪船沒有沉沒，而是中途為日軍所截獲，化石落入日軍之手，後來下落不明。
一種說法是，中國猿人化石根本就未出北平城，它被埋在美國駐京公使館的後院裏。一個在美國海軍陸戰隊總部門口擔任過守衛之職的衛兵回憶說，珍珠港事件爆發前夕，他看到有兩人將一箱東西偷偷地埋在院子裏，他估計有可能是中國猿人化石。當年埋寶的地方，現在造有建築物，因而無法挖掘。真假如何，尚是未知數。
一種說法是，標準化箱被福萊醫生在天津疏散後，最終落入了日本人之手。1942年8月，有兩個日本考古學家到北京協和醫院尋找中國猿人化石。得知化石被轉移的消息，日本華北駐屯軍司令部指派專人進行跟蹤搜尋，關押、拷問了許多人。兩個多月後，有消息說在天津找到了中國猿人化石。但後來又有消息說，在天津找到的東西與猿人化石無關。孰真孰假，不得而知，日軍搜索化石的行動就此中止。有關人員被釋放。從跡象看，日軍不見真寶豈能善罷甘休？
抗日戰爭勝利後，有關通訊社報道，中國猿人化石在日本東京發現，東京帝國大學已清點交盟軍總部保管，即將由盟軍總部轉交中國政府。然而中國政府日後從盟軍總部接收的物品清單中卻沒有為世人所矚目的中國猿人化石。為此，當時中國駐日本代表團顧問李濟曾多次在東京尋找化石下落，盟軍總部應中國政府之請亦動員駐日盟軍廣泛搜尋均未果。
曾進行過調查，1949年瑞士商人在天津開設的伯利洋行曾夥同北京總行進行過走私活動。走私物品不詳。
1972年，美國巨商詹納斯懸賞15萬美金，尋找化石下落，世界各地提供了300多條線索，但無一條準確。