在此基礎上，許毅以外債問題為切入點，研究了近代中國原始積累的特殊形式和資本主義生產方式發生發展的特殊過程。他發現，外債是中國資本原始積累的一種特殊形式，也是形成中國特殊國情的重要原因之一。他聯係清代洋務運動和外債的關係，著手研究中國資本主義生產關係和生產方式形成的原因。他從曆史研究的因果關係入手，通過清代、北洋、民國、新中國四個不同曆史時期的發展對比，說明了中國最終走上社會主義道路的客觀必然性，也說明了由中國共產黨來領導中華民族實現偉大複興的不可動搖性。同時，他還用曆史這麵鏡子告誡人們在喜逢盛世的同時，要戒驕戒躁、戒貪戒腐，利用相對和平的大環境謀求發展，謀求和諧社會的創建。在他的直接領導和努力下，總計約180萬字的《從百年屈辱到民族複興》四卷本係列叢書，曆經六年的緊張編寫目前已全部出版發行，現在他正組織力量緊張地進行該套叢書的修訂再版工作。
許毅教授在潛心研究外債史的過程中，撰寫了大量的高水準的學術論文，如《康乾盛世到嘉道中落的曆史反思》、《清代前期對外貿易政策及海禁的性質》、《中國第一筆外債形成的經過》、《近代中國的外國投資》、《論中國共產黨“一邊倒”的外交政策》等一係列立論高、視野廣的開創性論文。其中，1988年發表的《論“兩聲炮響”與我國資本主義生產方式和社會主義生產方式形成的關係》一文，在中國近現代史領域具有特別重大的影響。
大視野：聚政治眼光、戰略眼光、經濟眼光和發展眼光於一體
依我看來，許毅之所以成為集大成者，成為大理論家、大學問家，其中的奧妙很多，但大視野是其最重要因素之一。這種大視野，體現在他的研究上，即具有非常敏銳而深邃的政治眼光、戰略眼光、經濟眼光和發展眼光。
從政治眼光而言，許毅在理論研究工作中，始終堅持“老祖宗不能丟”，堅持馬克思主義的立場、觀點和方法。譬如，在基本經濟製度上，他始終堅持和完善公有製為主體，多種所有製經濟共同發展的原則立場。他認為，在基本經濟製度中，首先必須肯定“為主體”，這是由社會主義國家的性質，即社會主義經濟製度的基礎所決定的。其次，又必須肯定“發展多種所有製經濟”，這是由我國社會主義初級階段的國情，特別是中國現階段社會生產力水平的多層次性所決定的。再次，對於上述兩者的關係，為主體的公有製經濟是前提，是居支配地位和起主導作用的；而後者則是公有製實現形式的需要，是可以而且應該用來為社會主義服務的。比如，股份製企業中由國家或集體控股，就具有明顯的公有性，是社會主義公有製經濟起到“支配著其他一切生產的地位和影響”的具體形式，是“普照的光”作用的落實。還有，他強調指出，經濟成分多樣化與生產方式一元論是對立統一的矛盾關係，是由生產力發展水平的不平衡性決定的。但公有製實現形式以及所有製成分多樣化，並不等於一個社會的經濟基礎可以多元化，即不可以讓不同性質的所有製經濟共同主導社會。否則，否定公有製經濟的主體地位和主體作用，就等於否定了社會主義國家的性質，否定了社會主義經濟的基礎。
從戰略眼光而言，許毅在理論研究中始終堅持從根本上、全局上、趨勢上把握研究的方向、重點和要害問題。譬如，粉碎“四人幫”之後，針對當時黨內對經濟規律認識不足，經濟工作中“左”的思想沒有得到根本糾正，積累和消費關係尚未調整好，國家財政有較大赤字，許多企業的生產方向尚未擺正，管理基礎十分薄弱的客觀實際，1979年3月，許毅在山東煙台召開的中國財政學會、中國會計學會籌備會與科研、教學研討會上提出應當把“調整”放在第一位，體製改革必須服從調整，有利於調控的觀點。具體的途徑是調整好積累與消費、工業結構的比例關係以及長期被扭曲的價格體係，尤其是工農業產品的比價關係。會後，許毅向財政部黨組和國家領導人遞交了以“調整”為主題的報告，係統全麵地論述了對國民經濟重大比例關係進行調整的重要性和迫切性。他的觀點和報告對1980年12月中央工作會議上提出“調整、改革、整頓、提高”的八字方針起到了一定作用。又如，對社會主義市場經濟中的價值規律，許毅始終堅持“主觀”能動論，即體現人的因素，特別是認識和駕馭宏觀調節的能力，同時深刻揭示了所有製與產權的區別與聯係。他指出，對於關係國民經濟命脈的企業，必須牢固堅持社會主義全民所有製，但其實現形式是可以加以靈活實現的，在改造過程中可以參考列寧提出的國家資本主義組織形式。在生產資料的配置中，國家應當能動地充當組織者的角色，一方麵發揮價值規律的自發調節作用，另一方麵通過製定有關宏觀產業政策來調節資源配置的供需平衡，從而減少生產的盲目性，使需要與滿足需要的手段一起得到發展。
從經濟眼光而言，許毅在財政理論研究中，始終堅持政治是經濟的集中表現，經濟是財政的基礎決定，以及財政反作用即能動製約經濟的辯證關係。在20世紀80年代初，許毅與陳寶森同誌一起，在有關院校同誌的協助下，編寫了《財政學》。這本書把積累和消費這對基本矛盾作為主線，專門探索了財政分配與社會經濟結構的關係，為財政學建立起了一個不同於收、支、平、管傳統研究體係的別具一格的社會主義財政學體係。我國確立了社會主義市場經濟體製之後，許毅又提出了廣義財政學的概念，以馬克思提出的三大基金、六項扣除為原理，形成了熔直接分配與間接分配於一爐的社會主義過渡時期的財政學框架。
在我國加入WTO的過程中，許毅敏感地認識到我國在改革開放中運用資產階級法權的重要性，提出了必須運用資本對小生產進行革命性的改造，要以資本為紐帶，促進我國工業經濟的快速發展，改造我國廣大農村大量存在的小生產方式，從而形成了社會主義製度下對資本運用的理論；根據市場經濟發展中出現的新情況、新問題，在公財政和私財政的比較中，科學地吸收了西方公共財政中的應用理論，提出了社會主義經濟建設新形勢下財政工作完整的框架體係。
針對社會主義初級階段的現實任務，許毅認為必須從改造小生產，實現生產的社會化和現代化這個最低綱領做起。因此，他把當時的研究工作重心放在了“社會主義初級階段轉型期的財經理論研究”這個課題上。他以這個大課題為出發點，正在對社會主義初級階段轉型的實質、中國社會主義的特色所在和中國國情的由來、21世紀中國的國際經貿、外交、軍事發展戰略這些宏觀問題進行深入的探索，並對中國社會主義初級階段的建設資金調度使用、企業管理、財政績效評價、醫療衛生文化事業等具體問題進行著分項研究。
從發展眼光而言，許毅在財政經濟理論研究中，始終著眼於發展，置財政研究於經濟、政治、文化、社會發展的全局之中。當前，許毅研究工作的一個重點是解決三農問題和打破城鄉二元結構問題。通過對西北、東北、山東、河南、兩湖、兩廣等地農村經濟的實地考察調研，一向關注農村經濟發展、關心農民群眾疾苦的許毅通過不同渠道，從中西部和民族地區經濟大開發的角度係統闡述了自己的觀點。他一貫認為，要徹底解決三農問題，隻在一些具體的農業政策方麵修修補補是沒有出路的，要使農民致富必須對現有的落後農業生產方式進行徹底的改造。通過土地的轉承包，通過發展農村龍頭企業，發展農業生產的集中經營來解決問題。龍頭企業在按照市場經濟要求進行運作的同時必須強調其服務職能，強調以農為本。要從生產工具的集約化、生產數量的規模化入手，提高農業生產的技術水平和裝備質量，實現農業生產的機械化、電氣化、信息化。農業產業化的過程是農業的生產、銷售、加工環節走向高度分工的過程，也是農業走向市場化的過程，因此它的發展要以市場需要為導向，以經濟效益為中心，以企業化生產為龍頭，以基地為依托，采取區域化布局、專業化生產、企業化管理、社會化服務、產供銷、貿工農一體化經營的社會化大生產的組織形式和生產經營方式，其最根本的特征是農業生產的市場化、集約化和社會化，這正是解決我國三農問題的根本途徑。
大思路：熔全局性、理論性、實踐性於一爐
許毅在理論研究中的大思路，是眾所周知的。他的這種大思路，是與其革命家的立場、全局性的襟懷相聯係的。當然，也是源於對“老祖宗”基本原理的忠誠，對中國國情的深刻理解，對發展趨勢的正確把握。
作為一位馬克思主義財經理論家，許毅高度重視方法論的科學性，他本人的研究工作是一個隨時間和認識的發展而不斷深入的過程，業已形成了“從曆史和現實的實際出發總結理論，將理論應用於現實，再達到更高的理論高度”這樣一個循環往複的良性循環。他一貫強調，無論是政策的製定實施，還是實地的調查研究，都要本著實事求是的態度。尤其重要的是，無論什麼時候，都要堅持馬克思主義的立場、觀點、方法不變，而對於馬克思主義的運用，則要根據時間、地點和條件的不同而進行靈活的調整，也就是說無論理論研究還是實際工作，都必須既堅持與馬克思主義經典理論一脈相承，又要做到與時俱進。一切研究都要從我國當前仍處於社會主義初級階段這個現實出發，否則理論研究和政策製定都會脫離實際，出現偏差。總之，高度重視理論研究方法的科學性，正確處理惟實、堅持與創新發展的關係，熔全局性、理論性、實踐性於一爐，才能立於不敗之地，並使理論真正成為指導實踐的行動指南。