軍機處與“密折製度”又是配合使用的，密折製度在康熙晚年開始啟用，雍正時期逐漸成熟，一直到清亡。其允許四品以上的中央和地方官員，直接向皇帝遞密折，內容無所不包，什麼都可以說，由於密折管道是官員與皇帝之間的單向往來，其他人不可能知道，這純粹便是鼓勵官員們互相告密、揭底，官吏們不自覺的成了皇帝的“特務”，朝廷內外的蛛絲馬跡、風吹草動，盡在密折中。官吏們的短處全捏在皇帝手中，隻有對皇帝盡忠了。
皇帝通過軍機處與密折，大權緊握在手，實現了前代都無法實現的“乾綱獨斷”，大臣們被刻削成受權力絲線控製的木偶，唯命是從，不敢出絲毫差池，不敢有任何自我的思想。
其二，思想之控製，鉗製言論。
清朝控製思想的主要手段是文字獄，曆史書上多有介紹，這裏簡單交代一下。
入關的第一個皇帝順治帝，在位十八年，總共經手了二十起文字獄冤案，著名的有江陰人黃毓祺案，被抄家滅門戮屍，兒女發配給旗人為奴，獲罪理由是“縱使逆天成底事，倒行日暮不知還”這兩句詩。
康熙帝經手的文字獄也隻有二十多起，但規模都較大，震驚全國，如《明史》案、《南山集》案。《明史》案中，莊廷龍被剖棺戮屍，莊氏全族和為此書寫序、校對以及買書、刻字、賣書、印刷的共七十餘人被殺，還有幾百人充軍邊疆。《南山集》案中，戴名世被淩遲處死，戴氏家族凡男子十六歲以上者立斬，女子及十五歲以下男子，發給滿族功臣家作奴仆。
雍正帝期間經手了二十起文字獄，著名的有徐駿案，因其寫了“清風不識字，何必亂翻書”兩句詩，被雍正認為是誣蔑滿人沒文化，處以極刑。呂留良一案則被民間發揚成“呂四娘刺雍正”的武俠傳說。
乾隆帝搞的文字獄最多，有一百多起。翰林胡中藻一句“一把心腸論濁清”，被滅族；小吏徐述夔一句“且把壺兒擱半邊”，乾隆說他是借壺指胡，就是滿族，人雖死仍剖棺戮屍，滅其族。乾隆帝是立體化地搞文字獄，將殺人與禁書、毀書、篡改曆史結合起來，乾隆時期查繳禁書竟達三千多種，十五萬多部，總共焚毀的圖書超過七十萬部，留下來的大多是“欽定”官書，沒多大價值的東西。
乾隆後期到清朝末年，文字獄便稀稀落落了，原因主要有兩個。其一，文人們被殺怕了，就像龔自珍的詩“避席畏聞文字獄，著書都為稻粱謀”，朝廷喜歡什麼就寫什麼，不喜歡什麼就不寫什麼，哪還有自我主張、氣節？自己腦袋掉了無所謂，累及家人、宗族著實讓人可怖。其二，文人學乖了，響應朝廷的號召，鑽研八股程式，死記孔孟程朱的教誨，尋覓書中的顏如玉；或者一頭埋進故紙堆裏去，大鑽“考據學”，學者蕭一山歎息道：“有民族思想的學者，在異族的鈐製政策下，不甘心作無恥的應聲蟲，又不敢作激烈的革命黨，自由研究學問，也怕橫攖文網，那還有什麼辦法？隻好明哲保身，尚友古人，向故紙堆裏去鑽了。”
其三，自由之控製，管製百姓。
清朝初期便沿用明朝的戶籍製度，但亦保持了滿族特色，即“滿洲籍家仆資生”製度，多爾袞、福臨時一直都堅持此製。清廷劇裏經常看到“包衣人”的字眼，所謂包衣人，就是旗人的漢族奴仆，終身受其節製，不得自由。把正常人逼做包衣人，是通過圈地使得上百萬漢民“離其田園，別其墳墓”，“婦子流離，哭聲滿路”，逃跑的漢人很多，朝廷便製定了殘酷的法令，規定包衣三逃者斬，窩主處死籍沒或充軍，鄰居、甲長、鄉約分別鞭責和流徙。不正本清源，隻知強壓，把天下變成煉獄，史料記載：“國初最重逃人。逃人，旗下逃避四方者也。一丁緝獲，必牽一二十家，甚則五六十人。所獲之家固傾家而蕩產矣；其經過之處，或不過一餐，或止留一宿，必逐日追究明白，又必牽連地方四鄰。故獲解逃人，必有無數無辜者受其累。凡地方獲逃人，先解典史錄供，然後解縣。縣官視逃人如長上，不敢稍加嗬叱；惟嚴訊株連之人，夾者夾，桚者桚，監禁者監禁。逃人亦暫寄監，奉之惟恐不至。蠹吏獄卒，更導之扳害殷實有家者，於中攫取貨財。逃人高坐獄中，而破家者不知其幾矣。”