圈地現象被遏製後，此慘景方告暫停，雖仍有滿籍與漢籍之分，不過前者對後者的壓榨與剝削要輕得多了。在康雍乾時期，進行了戶籍改革，清朝將戶籍、保甲與門牌製度結合起來：“州縣城鄉十戶立一牌長，十牌立一甲長，十甲立一保長。戶給印牌，書其姓名丁口，出則注所往，入則稽聽來。”“如有遷徙，生故、婚嫁增減，隨時添注塗改，並告知牌、甲、裏長，於冊內注改以憑”。這也就是以門牌號來確定人的戶口遷移情況，乾隆時期還出現了專門的“印票”，類似於今天的戶口遷移證。通過具體到每家人的門牌製度，以及細密的保甲大網。
除了戶籍與保甲製度，清朝還有三個方麵的管製政策，簡直令人發指。
第一，出於民族自私目的，將整個東北視為滿族私產，不準漢人和其他民族遷入，直到光緒後期，流民亂竄，實在堵不住了，才開禁。
第二，不準結社。雖然古代時期對人民管製嚴厲，但都允許民間結社，除了清朝。清朝對數量龐大的漢人，始終心忌，生怕人們聚合在一起結社便一定會造反，因為時時提防，將這認定為地方官的一大政治任務。這種不準結社卻催生了無數地下結社，如天地會、小刀會等。再其次是與文字獄相關，文人好發牢騷，一個人悶著都能寫“反詩”，朝廷更怕文人相聚，風聞朝事，有損大清威嚴，甚至還會蠱惑人心，這便不得不禁了。
第三，沿海人民的血淚史——遷界。與台灣對峙期間，沿海居民受海禁之苦，這還不算，朝廷先後發布了三次“遷界令”，第一次遷界是順治十三年，從山東至廣東，所有沿海各處居民一律內遷五十裏，所有沿海船隻悉數燒毀，片板不許留存。第二次遷界是康熙元年，荷蘭人被鄭成功趕走，舉島歡騰，清廷卻馬上下令遷海，廣東饒平、澄海、揭陽、潮陽、惠來至廉江、合浦、欽州二十四州縣居民再內遷五十裏。而遷界時限僅有三天，必須“盡夷其地，空其人”，不想遷走的，隻能留下自己的屍體，該次遷界，被殺的、途中病死的、餓死的達數十萬。第三次遷界是兩年後，朝廷下令再次內遷三十裏，自然又是一場妻離子散、婦號孩哭的悲慘世界。在殲滅鄭明、收複台灣之前，朝廷還發動了數次遷界，不過規模沒前幾次大。
遷完之後幹什麼呢，“令下即日，挈妻負子載道路，處其居室，放火焚燒，片石不留”，采取的措施為典型的堅壁清野，不給鄭明留下任何物資，由此廣袤的東南沿海成了一個碩大的無人區。這樣還不夠，官府按朝廷指示，建立木柵、籬笆、泥牆作為屏障，以阻擋今後鄭明來侵襲，又防止清朝這邊的子民偷偷出海。這些屏障越修越寬，越修越高，兵卒不夠用，便大量征發民夫，建築所用的錢還得老百姓出。
三次遷界，涉及沿海幾十個州縣，被遷士民數百萬，拋荒田地共近千萬畝有餘，傷亡人數達數十萬。“新朝防海不防邊，威令雷行刻不延……驚看村前一旗立，迫於王令催徙急。攜妻負子出門行，曠野相對啜其泣。孰無墳墓孰無居，故土一旦成丘圩。此身播遷不自保，安望他鄉複聚廬”。有人悲憤地以鬼哭之詩留下當年的仁君之舉百姓之苦。
當時有少數西方傳教士、學者也在中國，當聽聞或親眼目睹這如此陣勢浩大的遷界，無不震驚，他們驚訝清朝竟然有如此強大的動員力，這在任何其他國家都不可能完成的。
待久了也就習慣了，後來他們發現，中國的朝廷沒有辦不到的事，即使是難度再大；但有很多事，中國的朝廷永遠也辦不到，即使再簡單不過。