即使各國都不接受上述第二種解釋，在懲治索馬裏海盜一事上仍有一個法律上的“灰色”地帶。因為“或引渡或起訴”原則的適用有一個前提，就是嫌犯出現在某一締約國領土內。在常規情況下，我們可以設想，一國海軍或海上執法人員在公海上抓獲海盜後，會將他們押回本國港口處理。這時海盜就會出現在一個締約國領土上。然而，在抓獲索馬裏海盜後，許多國家的海軍選擇將他們當場釋放，也就是在公海上任他們自行駕船離去。換言之，這些索馬裏海盜根本沒有機會踏上任何締約國的“領土”，這樣，也就沒有機會適用上述三項公約中的“或引渡或起訴”原則。在上述大班號案件中，當這些被捕的海盜嫌犯還沒有抵達荷蘭時，荷蘭就要求德國先承諾引渡這些海盜嫌犯。荷方甚至向德方表示，如果德國無意引渡這些嫌犯，荷蘭海軍就將釋放他們（注意是荷蘭“海軍”而不是荷蘭“警方”，表明荷、德兩國外交談判時，嫌犯仍在荷蘭軍艦上）。
關於嫌犯是否身處某國領土這一問題，也許有人會提出這樣一種說法：懸掛一國國旗的船舶，特別是軍艦，是這個國家在海上的浮動領土。這種說法並不罕見，在一定程度上也反映了政治和法律的實際情況。根據國際法，在公海上，船旗國對本國船舶，特別是本國軍艦，有一種類似領土屬地管轄權的專屬管轄權。但是，從根本上講，“船舶是一國的浮動領土”隻是一種形象的、比喻的說法，不是嚴格的法律表述。公海上的船舶畢竟隻是船舶，與一國的領土有著本質的區別。比如，沒有一個國家會輕易放棄其一寸領土，而許多國家都不在意其公民或法人所擁有的商船懸掛外國國旗（即方便旗），其中較為常見的情況是懸掛巴拿馬或者利比裏亞等國的國旗。另外，如果說在公海行駛的船舶確實是浮動領土，那麼，一國船舶離境駛入公海，就可視為該國多出了一塊領土；相反，船舶自公海返回母港，該國就少了一塊領土。這顯然是不合邏輯的。關於這一問題最直接的解答來自相關的國際公約本身。如上所述，關於締約國“應當”行使管轄權的情形，《反對劫持人質國際公約》規定，包括“發生在該國領土內”或“在該國登記的船隻”上。也就是“船隻”和“領土”是並列的，相互獨立的，而不是將“在該國登記的船隻”視同“該國領土”。後來製定的《製止危及海上航行安全非法行為公約》和《打擊跨國有組織犯罪公約》也依同一方式處理這一問題。
從上述分析可見，在相關國際公約織成的“天網”中，確實存在著一些“漏洞”。這些“漏洞”並不明顯，但卻使如此眾多的索馬裏海盜嫌犯得以逍遙法外。
除了缺乏“政治意願和協調”外，一些國家的媒體還談到了對在本國審判索馬裏海盜嫌犯的其他顧慮。例如，針對美國在紐約審判參與2009年4月劫持瑪爾斯克·阿拉巴馬號貨輪美籍船長的索馬裏海盜阿布杜瓦利·阿布杜卡迪爾·穆塞一事，美國《時代》周刊刊登了一篇題為“為什麼不應在紐約審判索馬裏海盜”的文章，認為，在紐約審判穆塞不會解決索馬裏的海盜問題，反而會使穆塞在索馬裏人眼中成為“烈士”，導致暴力升級，影響美國在東非的國家安全利益。他的同夥可能會在今後的劫持事件中以美國釋放穆塞為交換條件。另外，一些審判實務（如語言等）方麵的考慮，也可能使許多國家在起訴索馬裏海盜時考慮再三。例如，在解救三湖珠寶號過程中被韓國海軍生擒的5名索馬裏海盜乘坐阿聯酋專機於2011年1月30日抵達韓國金海機場空軍基地，在下飛機後立即被逮捕，並移送至釜山地方法院。根據韓國法律，如果這些海盜罪名成立，那麼他們最高將麵臨終身監禁。而此前，韓國國防部長官金寬鎮1月26日在韓國國防會館舉行的“亞丁灣黎明作戰結果說明會”上說，這些海盜都是文盲，目前韓國沒有會說索馬裏語的人員，因此目前無法對海盜進行審問。
實際上，這5名海盜被捕後先是關押在參與營救行動的一艘韓國海軍驅逐艦上。曾有一名沒有公開姓名的高級官員告訴韓國聯合通訊社記者：“起初，我們就如何處置這些海盜與多個索馬裏鄰國協商。除非不能在這些國家審理，否則我們不會把他們帶回國並提出起訴。”“現在看來，把抓獲的海盜轉交給第三國審理並不容易，因為一些鄰國以缺乏司法能力、花費過高為由，不願接手。”按這名官員的說法，肯尼亞、也門、阿曼等索馬裏鄰國可以在本國法庭起訴落網海盜。不過，韓國先前未就處置海盜事宜與這些國家達成協定。由此看來，隻是無法把海盜移交給第三國處置的情況下，韓國政府才決定把這5名海盜押解回國起訴。
麵對“海盜未受懲處即被釋放”的情況，聯合國安理會一方麵“重申1988年《製止危及海上航行安全非法行為公約》”中各締約國承擔的“確立管轄權”等項義務，安理會第1851號決議。“敦促”這項公約的各締約國“全麵履行該公約規定的各項義務……以成功起訴涉嫌在索馬裏沿海實施海盜和海上武裝搶劫行為的人”（第1846號決議）；另一方麵“呼籲所有國家，特別是船旗國、港口國和沿岸國、海盜和武裝搶劫行為受害者和實施者的國籍國以及國際法和國內立法規定擁有相關管轄權的國家……確定管轄範圍並調查和起訴索馬裏沿海海盜和武裝搶劫行為的責任人”。安理會第1846號決議。
“重申”《製止危及海上航行安全非法行為公約》，並“敦促”締約國履行公約項下的義務，這並沒有在公約的基礎上增添新的內容，因此，指望這一“重申”和“敦促”就會改變上述公約條款本身的不足和實施中的困境，是不切實際的。
上述兩項安理會決議都談到了“港口國和沿岸國”這一提法。在一些國家的國內文件中也有類似的提法。例如，在與安理會通過上述第1846號決議的同時，美國國家安全委員會在《應對非洲之角的海盜：夥伴和行動計劃》這份文件中，列入了應對索馬裏海盜3項行動，其中第3項表示“要確保實施海盜行為的人將為他們的行為承擔責任”，要達成這一目標的手段就是由船旗國、受害人國籍國和沿岸國對海盜提起訴訟。美國還進一步認為，根據《製止危及海上航行安全非法行為公約》第3、7、8和10條，船長可以將嫌犯移交給沿岸國，沿岸國有義務接收並羈押嫌犯，隨後應起訴嫌犯或者將嫌犯引渡給第三國。
公約第8條中確有“船長”可以將嫌犯“移交給任何其他締約國當局”，其他締約國“應接受移交並按第7條規定進行處理”的規定。不過，這裏的“船長”應指商船“船長”，而不是軍艦船長。外國軍艦向沿岸國的移交嫌犯需要兩國政府之間事先舉行外交磋商。沒有兩國政府事先的協議，外國軍艦能否進入沿岸國港口都是一個問題，更不用說自作主張向沿岸國政府移交嫌犯了。
單純從法律上抽象地看，安理會決議中的“港口國和沿岸國”和美國國安會文件中的“沿岸國”這些提法都是難以理解的。因為，除了少數內陸國以外，世界上絕大多數國家都是“沿岸國”，而“沿岸國”都有港口，因此，也都是“港口國”，所以，如果說“港口國和沿岸國”有義務接收並審判嫌犯，那麼，實際上就是指世界上絕大多數國家都這項義務。這幾乎是重複了國際法上現有的對海盜的普遍管轄權，並無多少實際意義。
從應對索馬裏海盜的實際情況看，在上述安理會決議中提到的“船旗國”、“海盜和武裝搶劫行為受害者”和“實施者的國籍國”以外，起訴和審判索馬裏海盜嫌犯的主要是肯尼亞和塞舌爾。由此可以推知，無論是“港口國”還是“沿岸國”，都不是泛指世界上所有的“沿岸國”和“港口國”，而是僅指鄰近索馬裏的“沿岸國”和“港口國”。美國代表在安理會通過第1851號決議時也曾表示：“它們（指索馬裏的鄰國）距離海盜行為發生地較近，使得他們成為（對索馬裏海盜嫌犯）提出起訴的顯而易見的選擇。”見會議逐字記錄。
從法律上講，“距離海盜行為發生地較近”並不構成“提出起訴的顯而易見的選擇”，不過，從實際效用角度講，這不失為一種選擇。肯尼亞和塞舌爾也確實承擔了起訴相當數量的索馬裏海盜嫌犯的工作。但是，僅有肯尼亞和塞舌爾的努力是不夠的。美國代表在安理會通過第1851號決議時承認：“它們（指索馬裏的鄰近國家）有可能缺乏這樣做的必要司法和執法能力。”能力不足從一個側麵解釋了在肯尼亞和塞舌爾承擔了部分索馬裏海盜嫌犯的審判工作後，仍有如此眾多的索馬裏海盜嫌犯未加審判即獲釋放。見會議逐字記錄。
另外，在實踐中還出現過其他性質的移交。例如，據日本《讀賣新聞》報道，一艘由日本三井公司運營巴拿馬籍油輪於2011年3月5日在阿拉伯海被索馬裏海盜劫持。美軍在收到求救信號後前往救援，逮捕了4名海盜，船上24名菲律賓等外國船員順利獲救。日本政府7日表示，美軍要求將被捕的4名海盜移送至日本。4人將從阿曼的港口由日本海上自衛隊的護衛艦運至吉布提，然後由海上保安廳的飛機轉移至日本。這將是日本首次接收被捕海盜進行看押。在這起劫持事件及後續處理中，日本不是被劫船隻或船隻的國籍國，隻是被劫船隻運營商的所屬國。單純從國際法上看，日本與這起劫持事件之間的關聯較弱。而日本同意接收並處理這批海盜，恐怕與美、日之間的特殊關係有關，而難以視為在國際上形成了一個由運營商所屬國對索馬裏海盜行使司法管轄權的新模式。
無疑，國際社會在索馬裏海盜嫌犯的司法管轄問題上還需要做出更多的探索。