考慮到索馬裏海盜問題的政治背景相對單純，可以設想，如果要建立審判索馬裏海盜嫌犯的混合法庭，可能會更多地參考東帝汶特別分庭的模式。
關於特別法庭的地點，多數設在相關國家的本國。如科索沃法庭設在科索沃，塞拉利昂特別法庭設在塞拉利昂，東帝汶特別分庭設在東帝汶，紅色高棉特別法庭設在柬埔寨，波黑戰爭罪行專門分庭設在波黑。但也有例外，《黎巴嫩特別法庭章程》規定特別法庭應在黎巴嫩設立一個辦事處，但法庭本身應設在黎巴嫩境外。根據這一規定，聯合國秘書長於2007年7月23日致函荷蘭總理，請荷蘭政府考慮成為特別法庭東道國。關於這一選擇的理由，該函表示，“荷蘭是若幹國際法院和法庭的東道國，累積了寶貴的經驗和知識。”2007年8月14日，荷蘭總理複函表示：“荷蘭政府願意成為特別法庭東道國。”見聯合國官方網站。另外，塞拉利昂政府與聯合國之間的《協定》第10條規定，“特別法庭為有效行使其職能，可在其認為必要時，於所在地以外的其他地方開庭”。根據這一規定，塞拉利昂特別法庭在荷蘭海牙設立了一個特別分庭，專門用來審判利比裏亞前總統泰勒（詳見下文）。這些經驗無疑可供索馬裏參考，即如果成立審判索馬裏海盜混合法庭，可以考慮將法庭地點安排在索馬裏以外國家，待索馬裏政局穩定後，也可考慮遷往索馬裏。
既然國際社會在設立“混合法庭”領域上已經積累了相當多的經驗，並且有多種模式可以參照，那麼，為什麼就審判索馬裏海盜嫌犯設立此類法庭一事遲遲沒有實質性進展呢？其中原因之一很可能就是費用問題。
在上述6個混合法庭的運作中，往往由其他國家承擔主要的費用。例如，對於柬埔寨紅色高棉特別法庭，由柬埔寨政府負責提供特別法庭各機構的工作場所，並支付法庭內所有由柬埔寨政府任命的工作人員的薪酬。而聯合國支付所有“國際法官”和“國際職員”的薪酬、辯護律師的報酬、證人的旅費、特別法庭的安保費用等。再如，黎巴嫩問題特別法庭經費的51%由各國捐款支付，49%由黎巴嫩政府支付。柬埔寨問題特別法庭最初4年的開支中由國際社會支付的部分總計為10040萬美元，2010—2011年（兩年範圍）由國際社會支付的部分總計達到了9230萬美元。黎巴嫩特別法庭最初的年度開支為5140萬美元。2009年為5534萬美元。塞拉利昂特別法庭由國際社會支付的開支亦不低，從最初的年度開支1940萬美元，上漲到2008年的3612萬美元。各法庭的經費支出，見各法庭的官方網站。與前南斯拉夫國際刑事法庭和盧旺達國際刑事法庭不同，這些混合法庭的經費，不由聯合國各會員國按比例分攤，而是來自各國的自願捐款。從聯合國提供的資料看，願意為這些混合法庭捐款的隻是少數國家，由於捐款的不足或不及時，多次導致這些法庭經費出現困難。聯合國秘書長2010年7月26日向安理會提交的報告：《用以推動起訴和監禁索馬裏沿海海盜和海上武裝搶劫行為責任人的可能方案，特別是可用於以下方麵的方案：建立可能有國際單位的國內特別分庭、一個區域法庭或一個國際法庭以及相應的監禁安排，同時考慮到索馬裏沿海海盜問題聯絡小組的工作、建立國際法庭和混合法庭的現行做法以及取得和維持實質性成果所需要的時間和資源》。
為審判索馬裏海盜設立國際法庭或混合法庭經費上的困難，可能會引發這樣一個疑問：海盜給國際社會帶來了巨額經濟損失，為什麼不將預期的經濟損失化作支持國際法庭或混合法庭的經費呢？
索馬裏海盜的猖獗活動，確實給國際社會造成了巨大的直接和間接損失。但是，如果仔細分析一下，這些損失不一定會導致對國際法庭或混合法庭經費的支持。
乍一看來，在海盜襲擊事件中，船東的經濟損失是最大的。但細分析起來，就會發現船東的損失並不像贖金所顯示的那麼大。因為航運隻是一個巨大的經濟體係中的一個環節，船東的損失會以種種方式轉嫁到這個經濟體係的其他參與者身上。具體而言，船東支付的贖金及其他損失通常可以從保險公司那裏獲得賠付。保險公司向船東支付的賠付可以通過提高保險費分攤到所有經由索馬裏鄰近海域的船舶。保險費的提高會導致船東運營成本的增加，對此，有兩個途徑加以彌補，一是由於一些船舶繞行好望角，對整個航運界來說，就增加了對運力的需求，也就是增加了對商船的需求，導致商船本身市場價格的提高。船東持有的商船的價格提高了，可以在一定程度上彌補運營成本的提高。二是船東提高運費，將新增的成本轉嫁到貨主身上。貨主自然會將這筆額外的費用轉嫁到消費者身上。對於消費者來說，經由貨主轉嫁來的成本攤薄之後，對整體物價的影響往往微不足道，不足引起關注。至少截止到目前，還沒有一個政府將本國的通貨膨脹（反映了一國物價的整體上漲情況）在任何程度上歸罪於索馬裏海盜勒索的贖金。從這個意義上講，“贖金”隻是新聞中的“賣點”，而沒有切切實實地成為一個全球經濟問題。在這種情況下，各國和相關企業為打擊索馬裏海盜承擔費用的積極性不可高估。
在這一背景下，為懲治索馬裏海盜而籌措資金絕非易事。聯合國秘書長索馬裏沿海海盜行為所涉法律問題特別顧問傑克·蘭在安理會第6473次上表示：“3年內在邦特蘭和索馬裏蘭建立這些新的司法和懲處能力所需資金……可能將耗資2500萬美元。”索馬裏代表在緊接著的發言中表示：“每當（聯合國）秘書長提出一項報告時，不幸的是，資金均無從落實。”見會議逐字記錄。
除了經費問題外，為審判索馬裏海盜嫌犯成立國際法庭或混合法庭還有一些其他困難，其中包括刑事案件調查機製方麵的難題。
在目前的國際法庭和混合法庭中，前南斯拉夫國際刑事法庭和盧旺達國際刑事法庭是通過安理會決議設立的。這些安理會決議對聯合國所有會員都有法律約束力。根據這些決議，聯合國各會員國都有法律義務來配合這兩個國際刑事法庭的刑事調查工作。例如，盧旺達國際刑事法庭《規約》第28條規定：各國應與法庭合作調查嫌犯，為此，應“遵從”法庭提出的下列協助請求和命令：查人和找人、錄取供詞和提供證據、送達文件、逮捕或拘留以及將被告交出或移交給盧旺達問題國際法庭。對於《規約》的這一規定，聯合國安理會在決定成立這一法庭的第955號決議中規定：“各國有義務遵從審判分庭按照《規約》第28條發出的援助要求或命令。”
而在混合法庭中，雖然有的也涉及安理會決議，但其法律基礎通常是聯合國與有關國家的協議。例如，安理會關於設立塞拉利昂特別法庭的第1315號決議隻是要求聯合國“秘書長與塞拉利昂政府談判達成一項協議”。這項協議的各項規定，包括有關刑事調查方麵的規定，對塞拉利昂政府自然是有法律約束力的。例如，《協定》第17條規定，塞拉利昂“政府應當在程序的所有階段與特別法庭的所有機構合作。特別是，它應當協助檢察官接觸調查所需的地點、人員和文件”，並且，應按法庭的請示和命令，查人和找人、送達文件、逮捕或拘留以及將被告交出或移交給特別法庭。不過，這些協議對於其他國家沒有法律約束力。
在索馬裏海盜問題上，如果成立一個混合法庭，在刑事調查方麵將會麵臨重重困難，因為，這樣的法庭往往需要通過聯合國和索馬裏政府簽訂協定的方式建立。根據這類協定，隻有索馬裏政府才有義務在刑事案件的調查方麵向法庭提供協助。在索馬裏目前的混亂政局下，由索馬裏政府來提供刑事案件偵查方麵的協助是不現實的。即使通過安理會決議成立一個國際法庭，由聯合國各會員國按安理會決議承擔向法庭提供刑事司法協助的“法律義務”，在實踐中能否付諸實施依然是一個問題。因為，參照上述盧旺達國際刑事法庭《規約》第28條提到的“查人和找人、錄取供詞和提供證據、送達文件、逮捕或拘留以及將被告交出或移交盧旺達問題國際法庭”來看，針對索馬裏海盜的大量相關工作，仍然需要由索馬裏政府協助，在索馬裏境內完成。如上所述，這在現階段是不切實際的。
即使國際社會有政治意願，打算建立國際法庭或混合法庭並使之開始實際運作，這往往也相當耗費時日。前南斯拉夫國際刑事法庭和前盧旺達國際刑事法庭的組建和啟動相對較快。安理會要求聯合國秘書長在60日之內起草完成這兩個法庭的《規約》，秘書長如期完成了（實際上主要是聯合國秘書處法律事務廳的業績）。並且，在1年之內，這兩個法庭就開始實際運作了。而上述幾個混合法庭，由於需要由聯合國與有關國家政府談判達成協議，因此，花費的時間相對較長。例如，自安理會提出要求到聯合國與塞拉利昂政府就塞拉利昂特別法庭達成協議，花費了兩年時間。而紅色高棉問題特別法庭的談判，從聯合國大會提出要求到聯合國與柬埔寨政府達成協議，花費了6年時間。而為使這一法庭開始運作，又花費了3年多時間。各法庭設立經過詳情參見各法庭官方網站。
由於設立國際法庭和混合法庭可能麵臨上述困難，許多國家認為在索馬裏本身或索馬裏鄰國的司法體係中審判索馬裏海盜是一個較為理想的選項。例如，在上述安理會第6374次會議上，墨西哥代表表示支持加強索馬裏的法律體係來起訴和羈押海盜，認為這不僅有利於加強索馬裏本身的法治，而且經濟代價也較少。烏幹達代表認為，國際社會的努力應用於強化現有的法律機製，特別是強化索馬裏自身的能力。英國代表認為，最佳方案應是進一步加強該地區有關國家的能力，重要的是在國家一級（暗示不是國際一級）提起訴訟。法國代表表示，（國際社會的）共同目標是創造條件使得索馬裏能夠審判和監禁海盜。作為短期目標，法國期待本地區的有關國家能夠像肯尼亞和塞舌爾一樣簽訂移交海盜協定。作為中期目標，要創造條件在境外設立索馬裏法庭。丹麥代表表示，丹麥作為應對索馬裏海盜的國際聯絡小組法律工作組的牽頭國家，工作組傾向於由本地區一個或數個國家的現行法庭專門承擔起訴海盜的工作，同時由其他國家和國際組織提供經濟和人員支持。尼日利亞代表認為，作為長期目標，在境外設立索馬裏法庭是理想的方案，作為短期目標，應鼓勵坦桑尼亞、毛裏求斯和馬爾代夫承擔起訴的工作，並期待其他國家跟進。韓國代表認為，從中長期考慮，加強索馬裏司法體係的建設尤為重要。見會議逐字記錄。在安理會第6473次會議上，聯合國秘書長索馬裏沿海海盜行為所涉法律問題特別顧問傑克·蘭也建議在索馬裏境內的邦特蘭和索馬裏蘭成立兩個專門的司法機構，適用索馬裏法律。見會議逐字記錄。