蔣介石率軍北伐，節節勝利。章太炎卻發表《討蔣介石》全國通電：“蔣中正為赤俄之順民，奉赤俄之政策，叛國反常。”吊詭的是，1927年蔣介石在上海清除共產黨的同時，國民黨上海當局開列了一個通緝“著名學閥”的名單，名單上有數十人，章太炎高居首位。章太炎被迫逃亡，雖無生命危險，但老家餘杭倉前鎮的財產被沒收拍賣。
蔣介石政府廢棄了民國成立以來一直使用的五色國旗，改為青天白日旗。章太炎氣憤至極，在給友人的信中說，“今之拔去五色旗，宣言以黨治國者，皆背叛民國之賊也！”他自號“中華民國遺民”。
1928年11月，章太炎在一次演講中稱孫中山的三民主義是“聯外主義、黨治主義、民不聊生主義”，認為袁世凱還隻是一個人想做皇帝，而孫中山們則是一個黨要做皇帝，此種“叛國”行為，應該人人共擊之。“今日中國之民不堪命，禍首實屬孫中山……革命尚未成功，國民尚須努力，應共奮起。”
為此，他又一次被國民政府通緝。
章太炎擅長寫對聯。在簡短的對仗工整的句子裏表達豐富的深意，是衡量一個人學問高低的試金石。章太炎一生好聯很多，略舉兩個，前者用典生僻，後者因為用典傷人。
章太炎與梁啟超友善時，常在一起商討學問。有一次，章太炎想為難一下梁啟超，出個上聯道“今古三更生：中壘、北江、南海”，讓梁啟超對下聯。中國曆史上有三個人名號“更生”，一個是漢朝的劉向，本名更生，官至中壘校尉；一個是清代的洪亮吉，世稱北江先生，他曾經被發配充軍，生還以後自號更生；另外一個就是梁啟超的老師康有為，世稱南海先生，變法失敗後流亡國外，改名更生。梁啟超想了半天，對不上來。確實，找出三個同名的人並不容易。他問章太炎下聯是什麼，不成想，章太炎自己也對不出。直到很多年後，才有人對出來，道是：“世間一長物：孔兄、墨哥、佛郎。”這三樣聽起來像是對人的稱呼，實乃貨幣名稱，孔兄當然是本國的孔方兄，墨哥是墨西哥銀元，曾在中國流通，佛郎今譯法郎。上聯的“中、北、南”，都是方位，下聯的“孔、墨、佛”，均為教派，堪稱絕對。
弟子黃侃50歲壽辰時，章太炎送給他一副對聯：“韋編三絕今知命，黃絹初裁好著書。”黃侃一生勤苦讀書，為學十分嚴謹，遵循古人遺訓，不讀通天下書，決不妄下判斷，年輕時曾立下誌願：五十歲以後開始著書立說。章太炎多次催促他將心得寫出來，他都以這個誌願婉辭。這一年滿五十歲，知天命了，可以著書了。章太炎的對聯就是這個意思。然而，黃侃接到這個聯語後，心裏咯噔一下，覺得是不祥之兆。因為下聯中的“黃絹”，是有顏色的絲，正好組成一個“絕”字，再與上聯的命字連起來讀，就成了“命絕”。
真是一語成讖，不多久，黃侃就去世了。