因為章太炎在社會上有很高的名望，各地的軍閥都想拉攏他，替他們張目。這些拉攏的舉動，使章太炎有一個時期自以為還能有所作為，就躊躇滿誌地與這些野心家們周旋起來。
東南的軍閥孫傳芳恢複古禮，推舉反對新文化的章太炎為禮製會會長。章太炎“當仁不讓”，有滋有味地做起來。這些舉動受到一些弟子的批評。魯迅說他原是拉車前進的好身手，腿肚大，臂膊也粗。現在雖然仍在拉，卻是拉車屁股向後。
周作人更是不客氣，模仿章老師多年前跟俞樾老先生決裂時的樣子，寫了一篇《謝本師》，表示自己不再是章門弟子了。
章太炎竭力反對白話文。事實上，他早年也提倡過白話文。
章太炎手書扇麵
章太炎晚年，一反早期反對孔孟之道的觀點，在報刊上公開撰文，說以前批孔是偏激之言，現在十分後悔，“前聲已放，駟不及舌”。他號召青年們尊孔讀經，稱讀經“有千利無一弊”。
他的學生中，有的不讚成新文化，如黃侃，有的卻是新文化的提倡者，如錢玄同、魯迅、周作人。
黃侃在北京大學當教授，與胡適同事，經常唇槍舌劍地爭論。有一次他見到胡適，調侃說，胡適提倡白話文不是真心，要是真心的話，就不該叫胡適，而應該用白話叫作“往哪裏去？”
胡適的《中國哲學史大綱》，使用了新式標點符號，出版後送給章太炎一本，恭恭敬敬地寫上“太炎先生指謬 胡適敬贈”。章太炎收到書一看，自己的名字旁邊畫了一條黑線，大怒道：“胡適是什麼東西！竟敢在我姓名上胡抹亂畫！”但往下看，見胡適名字旁也有一條黑線，才略略釋然，說是互相抵消了。
章太炎在軍閥割據的中國周遊了一段後，心灰意懶，加之身體不好，就閉門不出，讀書自娛。政界的一切邀請，他都謝絕。唯是講學的請求，打動了他的心，這是他的本業。
南京政府派人送來一萬元錢，說是給他治病。他本來對蔣介石的政府沒有好感，不想要這錢。後來想個辦法，“取諸政府，還諸大眾”，用這筆錢開辦“章氏國學講習會”，出版《製言》雜誌。
講習會的學生來自全國20多個省、市，約有百來人，年齡最大的73歲，最小的18歲。章太炎任主講，弟子朱希祖等為講師。講學的章太炎常常達到忘我的狀態。他講課十分認真，一次寫黑板時，誤以手裏的紙煙為粉筆，寫完以後，坐下來講，又拿起粉筆當紙煙，放在嘴裏狂吸。引得學生們哄堂大笑。
章太炎在日常生活中健忘，甚至連自己的家庭住址都記不住。在上海時，有一次他坐上人力車，對車夫說“回家”，卻說不清家在哪裏，結果滿大街轉了幾個時辰，由家裏派出許多人才找到他。但學問上的細節，他卻記得很清楚。而且在大是大非問題上，章太炎不糊塗。晚年講學時，中國國運衰微，國內戰爭不斷，日本帝國主義已經侵占了東三省，狼子野心，昭然若揭。章太炎對這個侵略狂早有認識，在日本時，日本人請他寫字，他總是抄錄《孟子》裏“逢蒙學射於羿而殺羿”一段，警告他們不要忘了自己老師的恩德。這時，他對國民政府的不抵抗政策非常不滿，經常提出批評，並指名道姓斥責蔣介石，說他“愛國家不如愛自身，愛自身人格尤不如愛自身之性命”。他還聯合其他一些社會知名人士，發表宣言，要求政府對日宣戰。因為他在國民中聲望很高，又是民國的元老，政府也得讓他三分。
當十九路軍抗擊侵略上海的日軍，取得勝利的消息傳來，章太炎感到振奮，立即寫下《書十九路軍禦日本事》，高度讚揚將士們的愛國熱情和頑強戰鬥精神。因為十九路軍將士多是廣東人，所以，這次戰鬥陣亡的將士後來遷葬到廣州黃花崗烈士墓附近。章太炎寫了《十九路軍死難將士公墓表》，認為黃花崗七十二烈士是為締造民國而犧牲，十九路軍將士為保衛國家捐軀，二者的不朽功勳正可以互相映照。
當國難臨頭，章太炎還拖著病軀，到北平見撤出東三省的張學良，要求他守土抗戰。當北平學生為抗戰請願遭軍警逮捕、毆打時，他致電軍事當局，要求保護學生。上海的學生乘火車到南京請願，路過蘇州時，他派自己的學生帶著麵包水果，到車站慰問。他留給家人的遺囑隻有兩句：“設有異族入主中夏，世世子孫毋食其官祿。”
進入1936年，章太炎的身體已很虛弱，有時氣喘發作，飯也不能吃，他還要去上課。夫人勸他休息，他說：“飯可不食，書仍要講。”6月初的一天，他在院內散步時，突然昏倒，從此臥床不起，十天後辭世，享年67歲。
1936年，章太炎公祭安葬後，在京弟子合影