1868年 一歲
農曆十一月三十日（1869年1月12日），章太炎生於浙江杭州府餘杭縣東鄉倉前鎮。初名學乘，後改名炳麟，字枚叔，號太炎。父章濬，曾任縣學訓導，並在詁經精舍擔任監院多年，好經術。有子女四人，太炎排行第三。
1873年 六歲
入私塾就讀。
1876年 九歲
外祖父朱有虔自海鹽來，對章太炎進行係統的文字音韻學教育。
1880年 十三歲
朱有虔歸海鹽。在父章濬指導下讀書。
研讀許慎《說文解字》。
1883年 十六歲
參加縣試，癲癇病突然發作，退考。從此放棄科舉，廣泛涉獵經史子集。
1884年 十七歲
初讀四史、《文選》《說文解字》。
1885年 十八歲
初讀唐人《九經義疏》。向伯兄章篯求教，讀段玉裁《說文解字注》、顧炎武《音學五書》、郝懿行《爾雅義疏》、王引之《經義述聞》等，打下初步漢學基礎。
1890年 二十三歲
父章濬去世，遵父遺訓，入詁經精舍。時詁經精舍由經學大師俞樾主持，授學者有高學治、譚獻等。
1891年 二十四歲
康有為《新學偽經考》刊行。本年“始分別古今文之說”。
1892年 二十五歲
納妾王氏。
1893年 二十六歲
女叕生。本年前後撰寫《膏蘭室劄記》及《孝經本夏法說》、《賓柴說》、《子思孟軻五行說》等。
1894年 二十七歲
結識夏曾佑。夏主張《公羊》《齊詩》說，與章多有辯論。夏好佛學，勸章氏購覽佛典。
中日甲午戰爭爆發。
撰《獨居記》。
1895年 二十八歲
母親朱太夫人去世。
四月十七日，中日簽訂《馬關條約》。五月二日，康有為“公車上書”。十一月，寄會費銀十六元，加入康有為在滬設立的上海強學會。
1896年 二十九歲
撰成《春秋左傳讀》（初名《春秋左傳雜記》）五卷及《駁箴膏肓評》《砭後證》，駁難清代常州今文學家劉逢祿《左傳》不傳《春秋》之說。
1897年 三十歲
一月，離開詁經精舍赴滬，任職時務報館。讀譚嗣同《仁學》，“怪其雜糅”，不相許。
四月，因不滿康有為倡言建立孔教並自稱“教主”，遭康氏門徒圍攻毆打，憤而離滬返杭。與宋恕、陳虯等創辦“興浙會”，為《實學報》和《譯書公會報》撰稿。
本年發表《論亞洲宜自為唇齒》《論學會大有益於黃人亟宜保護》（刊於《時務報》）；《變法箴言》《平等難》《讀管子書後》《東方盛衰論》（刊於《經世報》）；《後聖》《儒道》《儒兵》《儒法》《儒墨》《儒俠》《異術》《重設海軍議》（刊於《實學報》）；《譯書公會敘》、《論民數聚增》（刊於《譯書公會報》）等。
1898年 三十一歲
一月，上書李鴻章，未有結果。三月，受張之洞邀，赴武昌籌辦《正學報》，不到一月即離去。七月，在滬任《昌言報》主筆。發表《商鞅》《弭兵難》《書漢以來革政之獄》等。戊戌政變後，為躲避政府迫害，於十二月攜家避難台灣。
1899年 三十二歲
春，與康有為、梁啟超等書信往來，在梁啟超主編的《清議報》上發表詩文多篇。六月，應梁啟超及留日學生之邀，東渡日東，與孫中山相識。不久離日回國。夏秋間，輯訂並出版《訄書》初刻本，收入文章五十篇，由梁啟超題名，木刻刊行。冬，在滬任《亞東時報》主筆。
本年發表《答學究》《客帝論》《分鎮》《儒術真論》和《今古文辨義》等。
1900年 三十三歲
義和團運動興起。六月，八國聯軍進軍津、京，清廷決定宣戰。
七月，參加唐才常發起的中國議會。剪掉辮發以表示與清政府決裂。唐才常自立軍失敗後，思想發生較大轉變，撰《客帝匡謬》《分鎮匡謬》，並開始修訂《訄書》。
1901年 三十四歲
往蘇州東吳大學任教，宣揚民族民主革命，引起江蘇巡撫恩銘的注意。
發表《正仇滿論》，批判梁啟超《積弱溯源論》；撰《征信論》批判康有為借今文經學以治史。
1902年 三十五歲
二月，為避恩銘等人追捕，東渡日本，暫寓橫濱《新民叢報》社，與梁啟超、孫中山相會。四月，與秦力山等發起舉行“支那亡國二百四十二年紀念會”。七月，由日本返回故鄉杭州，刪定《訄書》。
本年翻譯出版日本岸本能武太的《社會學》，發表《文學說例》，與梁啟超通信談修改《中國通史》。
1903年 三十六歲
三月，在上海愛國學社任教，結識鄒容、章士釗等。四月，為鄒容寫成《革命軍》撰序，發表於五月十五日《蘇報》。撰《駁康有為論革命書》，與改良派論戰。
六月三十日，清政府與帝國主義勾結，製造“《蘇報》案”，章太炎被捕入獄。次日，鄒容自投入獄。
1904年 三十七歲
章太炎被判刑三年，鄒容被判刑兩年。在獄中開始研讀佛經。
五月，《訄書》重印本在日本出版。冬，光複會成立，蔡元培為會長。
1905年 三十八歲
在獄中繼續研讀佛經，讀《瑜伽師地論》等。
二月，《國粹學報》在上海創刊。鄧實主編，撰稿人有章太炎、劉師培等。
四月三日，鄒容死於獄中。
八月二十日，中國同盟會於日本東京成立，孫中山被推舉為總理。
1906年 三十九歲
六月二十九日，章太炎出獄，孫中山自東京派人來迎，遂東渡日本，加入同盟會，主編《民報》。在東京留學生歡迎會上發表演說，認為當前最緊要的：“第一，是用宗教發起信心，增進國民的道德；第二，是用國粹激動種姓，增進愛國的熱腸。”
十月，成立國學講習會，作《論諸子學》等講演。
清政府下令預備立憲。梁啟超在《新民叢報》鼓吹立憲，反對暴力革命。章太炎在《民報》撰文予以批駁。