本年發表《俱分進化論》《建立宗教論》《人無我論》《無神論》《革命之道德》《箴新黨論》《衡三老》《悲先戴》《哀後戴》《傷吳學》（刊於《民報》）《與人論樸學報書》《古今音損益說》（刊於《國粹學報》）。出版《國學講習會略說》（收入《論語言文字之學》《論文學》《論諸子學》三篇）等。
1907年 四十歲
二月，康有為將保皇黨改為國民憲政會。四月，章太炎與張繼、劉師培等在日本東京成立亞洲和親會，主張“反對帝國主義而自保其邦族”。九月，梁啟超、蔣智由在東京籌組政聞社，推動立憲，章太炎撰文批駁。繼續主持《民報》筆政，因《民報》經費問題與孫中山發生矛盾。
本年在《民報》發表《社會通詮商兌》《討滿洲檄》《中華民國解》《五無論》《定複仇之是非》《國家論》《官製索隱》。《春秋左傳讀敘錄》在《國粹學報》刊完。撰《新方言》，並開始在《國粹學報》連載。另撰《古音娘日二紐歸泥說》《古雙聲說》《國粹學報祝辭》《與劉師培書六》《某君與人論國粹學書一、二》等，均刊於次年出版的《國粹學報》。
1908年 四十一歲
光緒、慈禧死去，溥儀即位。
從四月開始，為留學生開設講座，講授《說文》《莊子》《楚辭》《爾雅》等。七月，又為朱希祖、錢玄同、龔未生、周樹人、周作人等單獨開設一班，另行講授。
劉師培、何震夫婦受清政府指使，於五月二十四日上海《神州日報》刊登《炳麟啟事》，誣蔑陷害章太炎，章太炎登文予以否認。
十月十九日（9月25日），《民報》因宣傳革命被封禁。
本年發表《大乘佛教緣起說》《辨大乘起信論之真偽》《龍樹菩薩生滅年月考》《排滿平議》《駁神我憲政說》《駁中國用萬國新語說》《四惑論》《五朝法律索隱》等。
1909年 四十二歲
因《民報》複刊和籌款等事與孫中山發生衝突。撰《偽民報檢舉狀》，指斥汪精衛等複刊之《民報》為非法，並對孫中山進行攻擊。
本年發表《原儒》《原名》《莊子解詁》等。出版《小學答問》《新方言》。
1910年 四十三歲
一月，黃興在《日華新報》發表《章炳麟背叛革命黨人之鐵證》，指斥章太炎為清政府特務、革命黨之叛徒。
二月，章太炎、陶成章等在東京重組光複會，章太炎任正會長，陶成章任副會長。創辦《教育今語雜誌》作為機關報，與同盟會正式分裂。
夏，黃侃創辦《學林》雜誌，刊登章太炎《文始》《封建考》《五朝學》《信史》《思鄉願》《秦政記》《秦獻記》《醫術平議》等。
本年撰定《文始》《齊物論釋》。編定《國故論衡》上卷小學十篇，中卷文學七篇，下卷諸子學九篇。在《國粹學報》發表《駁皮錫瑞三書》，批駁皮錫瑞所撰《王製箋》《經學曆史》《春秋講義》三書。
1911年 四十四歲
繼續在東京講學。
十月十日，武昌起義。消息傳到東京，章氏中斷講學。
十一月三日，上海發動起義，次日“光複”。
十一月十五日，章太炎回到上海。在上海國民自治會演說，主張“宜先認武昌為中央政府”。當黃興就擴大同盟會問題相詢時，章太炎答以“革命軍興，革命黨消”。
檳榔嶼《光華日報》連續刊載章氏政論《誅政黨》。
1912年 四十五歲
一月一日，孫中山在南京就任臨時大總統。
一月三日，中華民國聯合會在上海宣告成立，章太炎、程德全被選為正副會長。章太炎發表演說：“本會性質，對於政府立於監督補助地位。”認為“中國本因舊之國，非新辟之國，其良法美俗，應保存者存留之，不能事事更張也”。
一月十四日，陶成章在上海被蔣介石刺殺，章太炎與孫中山隔閡進一步加深。
孫中山函聘章太炎為樞密顧問。二月七日，章太炎應邀赴南京。支持袁世凱建都北京的主張，旋即返滬。
三月一日，中華民國聯合會改名統一黨，選章太炎、程德全、張謇、熊希齡、宋教仁為理事，後又與民社等合並為共和黨。
袁世凱就任中華民國總統。冬，被任命為東三省籌邊使。
1913年 四十六歲
在長春設籌邊使署。
三月二十日，宋教仁在上海車站被刺。
四月十七日，章太炎從長春趕回上海，受到孫中山的歡迎。又前往武昌見黎元洪，“以為聯合之圖。”五月上旬，通電袁世凱，要求罷黜四凶：梁士詒、趙秉鈞、陳宦、段芝貴。下旬，由武漢返回北京。袁世凱授予二級勳章一枚。六月，由京至滬，在哈同花院與湯國黎舉行婚禮，蔡元培為主婚人。
六月十九日，袁世凱通令各省尊孔祀孔，並成立孔教會。章太炎發表《駁建立孔教議》，反對定孔教為國教。
七月，二次革命爆發，不久失敗。八月，冒險返京，被袁世凱幽禁。
1914年 四十七歲
被幽禁於北京龍泉寺。手定《章氏叢書》，並將《訄書》定名為《檢論》，從分卷到內容，都有很大變動。
1915年 四十八歲
仍被幽禁。
四月，《太炎最近文錄》出版，錢須彌編，收錄章氏辛亥以來電文演說。章太炎對此書深為不滿。
五月，《國故論衡》增訂完畢。《檢論》定稿，共分九卷，正文六十篇，附錄七篇，大半為新寫或據《訄書》舊稿重新寫定。
七月，上海右文社出版《章氏叢書》，鉛字排印，兩函二十四冊，包括《春秋左傳讀敘錄》一卷、《劉子政左氏說》一卷、《文始》九卷、《新方言》十一卷附《嶺外三州語》一卷，《小學答問一卷》、《說文部首韻語》一卷、《莊子解詁》一卷、《管子餘義》一卷、《齊物論釋》一卷、《國故論衡》三卷、《太炎文錄初編》文錄二卷別錄三卷。
冬，章太炎口述，吳承仕筆述整理成《菿漢微言》。自述“平生學術，始則轉俗成真，終乃回真向俗”。
十二月，袁世凱稱帝，申令明年為“洪憲元年”。孫中山發表《討袁檄文》。
1916年 四十九歲
袁世凱去世。
六月，恢複自由。七月抵上海，受到熱烈歡迎。九月出國赴南洋考察。十二月回國。