職代會運作的基本程序是體現職工代表和廣大職工意願的根本保證。
1.職代會對民主選舉和涉及職工切身利益的重大事項的表決方式。
職代會進行民主選舉和審議通過涉及職工切身利益的重大事項時，必須采用無記名投票表決方式；一般事項也可采用其他表決方式，但須獲得應到職工代表過半數讚成票通過。
2.職代會主席團成員的選舉產生程序。
在征求職工代表意見的基礎上，召開職工代表團（組）長會議，協商提出主席團成員候選人名單。主席團成員必須在職代會的預備會議上由職工代表選舉產生。
主席團成員應有一線職工、技術管理人員和企業負責人，人數可以根據企業的具體情況確定。勞模先進人物、青年職工和女職工的代表在主席團成員中應有適當名額。
3.職代會專門委員會（小組）成員的選舉產生程序。
職代會可設立若幹個專門委員會（小組）,受職代會領導，為職代會依法行使職權服務。
專門委員會（小組）應根據職代會職權內容與企業規模設立，如提案、民主評議幹部等。專門委員會（小組）的成員人選，一般由職工代表擔任，也可以推薦部分熟悉業務的非職工代表。專門委員會（小組）成員在職代會全體會議上由職工代表選舉產生。
4.召開職代會臨時會議的程序。
職代會閉會期間,遇有重大事項，經經理層、工會或三分之一以上職工代表的提議,並由企業黨委（黨組）審定同意後，可以召開職代會臨時會議。
職工代表大會的主要工作製度
職代會的主要工作製度，是職代會正常運作的基本保證，也是職代會製度建設的重要內容。
1.職代會的組織製度。
國有企業的職代會一般每屆3－5年，每年至少召開一次會議。每次會議必須有全體職工代表的三分之二以上出席，方可召開。
凡提交職代會審議、討論的各類報告、方案、規定等有關事項，在不泄露商業秘密的前提下，一般應在正式會議召開前印發給職工代表，時間不少於7天。在職代會正式會議召開前一周內，由工會負責召開職代會預備會議。在預備會議期間，要報告大會的籌備情況，提請審議通過會前與董事會、經理層溝通、協商並經黨委（黨組）討論的大會議題、議程，同時決定大會的其他有關事項；組織職工代表在選區內聽取職工群眾對企業工作報告和其他議案的意見；職工代表分組審議企業工作報告及有關專項議案；根據代表審議提出的意見、建議，對有關議案作修改，提交職代會正式會議審議。如國有企業由於所屬子（分）企業分布廣等原因，提前印發材料和召開預備會議有困難，可根據實際情況而定。
2.職代會的日常民主管理工作製度。
（1）聯席會議製度。
企業職代會的聯席會議在職代會閉會期間，由企業工會主持召開，就需要臨時解決涉及職工切身利益的重要問題，以及對職代會審議通過的方案在實施中發生的個別需要作部分修改或補充的問題進行協商處理，履行民主程序。聯席會議形成的意見、決議或決定，必須向下次職代會報告，提請確認，職代會對職權範圍內的事項具有最終審定權。聯席會議由職代會主席團成員、職工代表團（組）長、職代會專門委員會（小組）負責人、工會委員會成員、職工董事、職工監事組成。聯席會議可以根據會議內容邀請本企業其他有關人員參加。
（2）質量評估製度。
在企業黨委（黨組）領導下，每年組織開展對本企業上一年度職代會運行質量的評估工作。評估內容可以分為“職權履行”、“程序規範”、“決議執行”、“製度落實”、“組織領導”等方麵。評估采取召開職工代表座談會、開展職工代表個別訪談、組織職工代表民主測評等方式。工會可會同企業有關部門，對評估的情況進行綜合分析，研究提出改進意見，並在下一次職工代表大會上報告測評結果以及實施整改的情況。
（3）專門委員會（小組）工作製度。
職代會專門委員會（小組）在職代會召開前，開展對提請職代會審議的與本委員會（小組）專業對口的有關事項、議題、提案或方案的審議工作，並在職代會有關會議上闡述審議意見。
在職代會閉會期間，各專門委員會（小組）對屬於本委員會（小組）職責範圍內需要臨時決定的事項進行審定，並將審定事項報告下一次職代會，由大會予以確認；開展對企業有關部門執行職代會決議、決定情況的檢查監督工作；協助並監督企業有關部門處理、落實經職代會確認的職工代表提案，並將有關情況報告下一次職代會。
（4）職工代表巡視檢查製度。
在職代會閉會期間，職代會要組織部分職工代表對職代會各項決議、決定執行和提案落實的情況進行檢查和監督；也可以組織部分職工代表通過向有關部門詢問、查閱報表資料、提合理化建議等形式，對企業重大決策的執行情況、職工群眾關心的熱點問題等內容進行巡視檢查，督促相關部門對有關問題進行及時改進。