後來，走私海商與窩主之間由於分贓不均，雙方大打出手。明政府決定趁機剿滅。1548年，浙江巡撫兼管福建海防軍務的朱紈下令搗毀最大的走私活動基地——雙嶼港。從這時起，走私海商與明政府之間的矛盾，由若明若暗上升到尖銳對抗的程度，海上走私轉化為武裝走私（即嘉靖後期的“倭寇之變”）。
提起“抗倭”，人們自然會想起明朝的抗倭名將戚繼光，他率領的“戚家軍”轉戰沿海各地，打得倭寇聞風喪膽、大敗而歸。這裏所說的倭寇實際上主要是指明朝前期的倭寇，他們主要是日本破產封建主、武士、浪人，對我國沿海各地進行襲擾和劫掠。而嘉靖年間所說的倭寇，實際上是由中國走私海商為主體，與少數日本海盜相勾結組合起來的海上武裝集團。這些人不像明朝前期是由日本官方派出的海盜，基本上與日本政府無關。
這些走私海商清一色日本倭人的打扮：剃光前顱頭發，梳成倭人的發式，穿上倭人的衣服，打著倭人旗號。之所以如此“喬裝打扮”，原因十分簡單：明朝的文武官員非常懼怕日本海盜，“畏倭如虎”。這些“倭寇海盜”縱橫往來，若入無人之境。沿海守軍官兵聞風喪膽、一觸即潰。不過，在平民百姓麵前則變了一副嘴臉，或強奪民財，或殺民冒功。
在這批中國“倭寇海盜”中，絕大多數是屬於深受封建社會剝削壓迫的貧民漁戶。他們以海為田，把航海視為出路，如果不下海就斷了生計。在這種情況下，他們鋌而走險，與海盜相勾結，是不難理解的。還有一些“倭寇海盜”則出身於航海商人和出身於貧民的武裝走私集團首領。前者都是擁有雄厚資財的海商，聚眾結夥，有較強的武裝力量，因而走私的規模一般都很大，常常數百艘海船，時分時合，官軍對其也奈何不得。後者大多數是破產的農民和漁民，先前在海上走私謀生，不斷遭受到官府的圍剿搜捕，被逼成為海盜。福建漳州詔安的吳平，從小在地主家當奴隸，因不堪主子的虐待，奮起反抗，後來逃亡海上成為一個遠近有名的大盜。他的同夥曾一本原是一個偷墳盜墓者，自追隨吳平後聲勢越鬧越大，人數最多時發展到萬餘人，擁有船隻200餘艘，是一支名副其實的海上武裝走私集團。
1564年，明朝將領俞大猷派人招降吳平，很快吳平又拉竿反叛，俞大猷急忙命令部將湯克寬、李超出擊，結果連連敗北，明廷一怒之下把俞大猷革職罷官。但在1566年的一次海戰中，吳平船隊事先沒有接到情報，疏忽大意了，在萬橋山澳遭到明水軍的夾擊，大批船隻被燒毀，吳平本人也不知去向。
吳平戰敗後，曾一本等人繼續進行武裝反抗，經常活動在海豐惠陽之間，被當地官府和封建地主視為心腹大患。
軟硬兼施曆來就是封建統治者慣用的兩手。在久戰不克的情況下，廣東總兵湯克寬出麵招撫曾一本。曾一本及部屬1200人假裝接受招撫，被改編成官軍，駐紮在廣東潮陽。時間僅隔一年（即1568年），曾一本因不滿明軍參將繆印的專橫跋扈，再度反叛，殺了繆印，大敗官軍。明朝廷接戰報慌了神，隻得重新起用俞大猷，令他前去進剿。俞大猷還沒有布置停當，曾一本就率領60艘大艦浩浩蕩蕩殺來。俞大猷倉促應戰，一時間火箭飛矢鋪天蓋地而來，明軍船隊沒來得及動手，就已毀燒過半……從此，曾一本船隊更加縱橫馳騁，往來於福建、廣東沿海之間，根本不把明朝官軍放在眼裏。
為了撲滅這股越來越強的海上武裝勢力，明朝廷特地調動廣東、廣西及福建的官兵，由兵部侍郎劉燾親自督戰，合兵追剿。1569年的一次戰鬥中，曾一本船隊被明朝的大隊人馬團團圍住，曾一本毫無懼色，親自操炮轟擊官軍船舶。忽然，炮膛炸裂，曾一本胳膊被炸斷，腳也受了重傷，最後不幸被官軍抓獲，整個船隊被打散。
曾一本被俘後寧死不降、大罵不絕，最後被官府殺害。曾一本死後，他的部屬繼續堅持鬥爭。林鳳率領一幫人馬又與明政府周旋，戰鬥近十年之久。
明政府實施的海禁，是一種逆潮流而動的愚蠢和落伍的行為，嘉靖年間為最嚴酷的時期。明世宗朱厚熄所推行的政策，使得中國航海事業失去了自宋元以來持續鼎盛的大好勢頭，並逐步在世界航海領域中，成為可悲的落伍者。
正是這個朱厚熄在即位之初，還是頗有一番作為的：力除弊政，奮發圖強，殺了奸臣江彬、錢寧，釋放了內苑的珍禽異獸，減免了各種苛捐雜稅，整個國家出現了一派欣欣向榮的景象。然而，好景不長，即位後第二年，世宗皇帝就迷於道教，逐漸不理朝政，導致奸臣嚴嵩專權，內亂不已，軍變不斷，國防鬆弛，外患益烈。對於航海業，特別是民間航海業推行嚴格禁止或限製的政策，竭力推行閉關鎖國的落後政策，一次又一次錯過了曆史發展的大好時機。致使傳統的中國木帆船航海業，在迅猛崛起的世界資本主義殖民航海浪潮麵前顯得那麼蒼白無力，開始走上由盛轉衰的下坡路，並最終不可避免地陷入落後挨打的悲慘境地。