做畢業設計（論文）的工作，是一項群體性活動，因此必須實行科學、規範的管理，才能實現其優質、高效、低耗的基本目標。
一、管理的理念，內容和原則
一項組織管理工作，一般包括管理者、被管理者、管理目標和管理過程四個要素。對於做畢業設計（論文）的工作而言，這四個要素的含義是：
管理者：指校、係、教研室三級教學管理機構，負責製定並組織實施畢業設計（論文）工作的目標和管理原則。
被管理者：指被管理的對象，應包括有關的人、財、物、時間和信息。其中最主要的是人，包括學生和教師。教師既是被管理對象，又是具體的管理者。
管理目標：每個學校都應根據自身的定位和特點，製定其畢業設計（論文）的優化管理目標，把提高學生的綜合素質、實踐能力和創新能力放在首位。
管理過程：培養大學生的綜合素質和能力，達到畢業設計（論文）的教學教育目標需要一個過程，不但要有目標管理，而且要有最佳的過程管理，包括相應的宏觀管理和微觀管理。
1.管理的理念
畢業設計（論文）管理的對象是較高層次的人，因此更應“以人為本”、“以培養高層次職業人才為本”。管理的科學化、規範化，都應當以調動師生的主體性、積極性和創造性為本。
2.管理的基本原則
為體現育人的根本目標和優質、高效、低耗的基本要求，在畢業設計（論文）的組織管理上，應堅持以下五項基本原則：
(1)方向性原則：作為社會主義高等教育的最後教學環節，畢業設計（論文）要堅持為社會主義現代化事業服務、培養德才兼備專門人才的總方向，注重高職生綜合素質的全麵發展。
(2)適應性原則：重視高職生從學校走向社會的適應性培養和訓練，使他們具有服務社會的廣泛適應性。
(3)質量性原則：管理工作的質量，既體現在個體目標(每個學生高質量完成課題)上，又體現在群體目標(人才素質教養)上；既體現在選題、調研、實施、設計說明書(論文)的撰寫、答辯等各個環節的過程管理中，又體現在整體成果實現的目標管理上。
(4)反饋性原則：通過對畢業設計（論文）管理獲得的大量反饋信息，檢查、考核每屆畢業生從入學至畢業的整個教學曆程、教學教育效果、成果與失敗，促進以後的教學教育改革。
(5)效益性原則：即在保證質量的前提下注重提高教學教育效益(優質、高效、低耗)。
二、管理機構及其職能
為了確保畢業設計（論文）的宏觀管理和微觀管理的順利進行，且有機配合，可以建立校、院(係)、室三級管理體製，實現分工協作。各級管理機構，常采用兼管體製。
1.校級管理
一般由主管教學校長或副校長領導下的校教務部門承辦，主要負責宏觀管理，職能包括：
(1)貫徹落實教育部門及地方教育主管部門對畢業設計（論文）管理的指導文件(或意見)，製定適合本校的有關管理規定，明確學校的整體管理目標。
(2)將整體管理目標分解成較具體的目標，並組織協調各職能部門和院(係)分工協作實施各自目標。
(3)提供一定經費支持，並進行有效的管理。
(4)組織畢業設計（論文）評價和考核，收集整理反饋信息。
(5)組織畢業設計（論文）管理的研究。
2.院(係)級管理
由院(係)主管教學的領導負責，組織有關機構進行操作，其中管理職能包括：
(1)貫徹執行學校管理工作的規定，製定適合本院(係)的管理工作細則。
(2)組織畢業設計（論文）的選題。
(3)選配指導教師。
(4)實施過程的組織管理，上傳下達，搞好宏觀、微觀管理。
(5)組織答辯、評定成績。
(6)組織有關教學研究和管理研究。
3.教研室管理
教研室主要承擔微觀管理，其職能有：
(1)貫徹執行上級有關管理工作的規定。
(2)組織選題報院(係)，供學生選擇。
(3)組織指導教師完成指導工作。
(4)為師生提供開展畢業設計（論文）的基本服務。
(5)組織指導教師對學生的管理。