但麵對蒙古大兵入境的現實，群臣又難以提出對策。這時，高麗西北麵元帥趙衝和兵馬使金就礪則認為：“國之利害正在今日，若違彼意，後悔何及？”趙衝即發米千石，命中軍判官金良鏡率一千精兵護送到蒙古軍中，同時，趙衝與金就礪各率本部人馬助攻江東城。
1219年，蒙古、東真和高麗合兵攻陷江東城，契丹首領喊舍自縊死，其餘官兵眷屬五萬餘眾皆降。蒙古元帥哈真將少量契丹遺眾分配給高麗，其餘則遣送回遼東仍歸耶律留哥轄製。蒙古軍隊降服契丹之後，便與趙衝、金就礪按約盟誓：
“兩國永為兄弟，萬世子孫無忘今日。”其後便開始撤軍。高麗朝廷見蒙古軍隊如約行事，高麗立即派尹公就、崔逸為使送上兩國結和的牒文，由哈真轉呈成吉思汗。而以蒲裏帶完等十人組成的第一個蒙古使團，亦奉成吉思汗詔令前去見高麗王。
由於蒲裏帶完等人戎裝披掛去見高麗王，並表現出十分的傲慢，這使高麗群臣對所謂的“兄弟”關係有了清楚的認識。因此，蒙古軍隊撤走後，高麗朝廷即派出諜者偵察蒙古的動向。同時派人分巡北界邊域，檢閱兵器，積儲軍資，加強了邊界的防禦，以備蒙古複來。
正當高麗準備抵抗蒙古軍隊再次入侵的時候，蒙古卻因西域殺死蒙古使者而發動了大規模的西征。成吉思汗把征服華北和繼續對金作戰的重任交給了國王木華黎，他自己則親率大軍出征西域。當時，蒙古對高麗的政策，就是要求稱臣納貢。正如成吉思汗對高麗的諭令所示：“爾等如輸納賦役於我，才能守住此疆彼土。”成吉思汗出征西域後，馬上就有蒙古、東真的小部隊屯鎮高麗邊城外，督納歲貢。其後，蒙古使臣分別奉皇太弟鐵木哥斡赤斤、國王木華黎、東征元帥哈真和紮剌等人的書信，不斷入使高麗索取貢物。其入使之頻繁，索要量之龐大，是十分罕見的。僅鐵木哥斡赤斤本人，一次就索要水獺皮一萬領，細綢三千匹，細紂兩千匹，棉花一萬斤，以及龍團墨、顏料、漆料、桐油等雜物若幹。蒙古這種日甚一日的追逼貢賦，使高麗朝廷應接不暇，更難於如數支付。在這種情況下，接替崔忠獻在朝中權臣地位的崔怡，主張對接踵而至的蒙古使臣予以回絕，並利用手中的兵權，發南道州郡精勇、保勝軍，在宜州、和州、鐵關等要害之處築城，防備蒙古的入侵，高麗朝廷中主戰的氣氛日漸濃厚。
當時成吉思汗西征已四年之久，仍無回師之意，經略華北的木華黎雖已基本上完成了對金的戰略進攻，但他亦於1223年三月去世。這使蒙古對遼東地區的控製，出現了放鬆的趨勢。蒲鮮萬奴的東真國，則趁此機會開始脫離蒙古陣營的活動。1223年五月，東真國的使臣第一次單獨入使高麗，並受到高麗的接待。次年正月，東真國又遣使赴高麗送上兩道牒文。其一曰：“蒙古成吉思汗師老絕域，不知所存，訛赤斤貪暴不仁，已絕舊好。”其二曰：“本國於青州，貴國於定州各置榷場，依前買賣。”這就是說，東真國已經和蒙古斷絕了關係，同時要求高麗恢複原金王朝的邊境貿易。東真國的這一舉動，表明了蒲鮮萬奴企圖背靠高麗，西拒蒙古，獨霸遼東的目的。對高麗來說，從蒙古陣營中分化出東真，這對抵禦蒙古的入侵無疑是十分有利的。當然，高麗雖然開始與東真直接交往，但還不敢公開對抗蒙古，對蒙古使臣仍按過去的禮儀接待。
東真國既然與蒙古絕好，也就下定決心要單獨控製高麗，從而得到高麗的資助。因此，它必須徹底中斷蒙古與高麗的關係。1225年正月，多次出使高麗的蒙古使臣著古與等人，在從高麗返回蒙古的途中被截殺。這無疑是東真有意製造的事件。
蒙古使臣被殺一事，的確引起高麗朝廷的驚慌，深恐蒙古會興兵來侵。然而，這種不安，很快隨著蒙古方麵的無聲無息而消除了。當時，蒙古雖然派出使臣前往高麗調查這一事件，但又被東真人假扮高麗軍隊射阻於途。蒙古雖由此認定高麗背約反叛，但卻一時無力征討。成吉思汗繼西征之後，又踏上了征西夏的道路，並在這場戰爭中去世。從蒙古使臣被殺以後，蒙古與高麗之間七年未通音信。
高麗與蒙古的關係中斷後，由於沒有受到蒙古的報複，反而增強了抗禦外來侵略的信念。東真本想通過嫁禍於高麗的手段使高麗屈從，但高麗卻對東真采取了強硬態度。東真的計謀落空，隻好動用武力威脅高麗，而高麗則出兵抗禦，毫不讓步。雙方打打停停，戰事不斷。
1231年八月，窩闊台命令元帥撒禮塔出兵高麗，以報高麗殺使背約之仇。當時，高麗對蒙古大規模的征討，是缺乏精神準備的，特別是往年東真人時常假扮蒙古軍隊擄掠邊城、威嚇高麗，高麗邊城軍民對“假蒙古兵”已司空見慣，不以為然。所以對蒙古軍隊的進攻，仍像對待東真“假蒙古兵”一樣全力抵抗，按照當時蒙古征服戰爭的習慣，攻城不降則要屠城。蒙古軍隊最初攻擊的幾個城池，都因守城軍民的頑強抵抗而未能免於屠城。其後，蒙古軍隊了解高麗軍民的抵抗中還包含“假蒙古兵”這一因素後，便令降俘的高麗將領向其他被攻擊的城池呼喊：“真蒙古兵來矣，可速出降。”盡管如此，高麗很多城池仍堅守不降。其中最突出者，是龜州城。蒙古軍隊在攻擊該城時，用盡了各種攻城辦法，但都遭到龜州守城軍民的有力反抗。直到高麗朝廷被迫投降後，龜州仍在堅守。龜州的頑強抵抗不僅反映了高麗軍民在抗擊外來侵略方麵所表現出的堅定信念和無畏勇氣，同時也使蒙古軍隊大為震動。待龜州奉高麗王旨出降後，一位年逾七十，身經百戰的蒙古將領，看著龜州殘破的城壘感歎說：“吾結發從軍，曆觀天下城池攻戰之狀，未嚐見被攻如此而終不降者。”