1246年七月，窩闊台的兒子貴由在與拔都的鬥爭中捷足登上了蒙古大汗的寶座。次年七月，貴由先派元帥阿母罕將兵、洪福源輔佐再次東征高麗，蒙古統治者再次發兵的目的，就是要迫使高麗王出陸，否則高麗就不會真正臣服。高麗王對蒙古加兵的意圖也很清楚，因而十分重視對海島的保衛。在抵抗了蒙古的前期進攻後，高麗王遂命北界兵馬使盧演盡遷北界諸城人民入保海島。正當高麗準備死守海島之際，貴由去世。蒙古統治階級集團內部的權力鬥爭再次拉開帷幕，而高麗卻又一次得到了休養生息的機會。在此之後的幾年間，蒙古雖不斷遣使去高麗督令出陸，但毫無成效。高麗對蒙古使臣盡力款待，百般周旋，以致有的使臣對高麗王說：“你們國家的北部已經殘破不堪，正如房屋沒有了藩籬，怎麼可以複都舊京？應當據海島自守，我可以回去上奏皇後，不要再來侵擾。”
1251年六月，拖雷之子蒙哥登上了蒙古汗位。次年十月，蒙哥命諸王也古征高麗。其後又以剌兒帶為東征元帥，以洪福源輔佐，連年不斷地用兵高麗。這場戰爭延續了近八年。蒙哥這次對高麗用兵，旨在徹底解決高麗問題。因此，高麗朝廷雖多次表示臣服，不斷施賄於蒙古將帥，盡力犒勞蒙古軍隊，但蒙古軍隊不斷攻占高麗城池，擄掠高麗人民，必欲以高麗王出陸迎降才可罷兵。這種局麵的形成，是高麗王在權臣崔怡一門挾製下，以保全朝廷及個人安危為宗旨，而置整個國家和人民的命運於不顧的必然結果。對高麗王來說，隻要朝廷尚存，就能延續高麗王氏王朝。所以，當大多數朝臣都主張高麗王出陸迎降，或“遣太子以活民命”之時，高麗王仍慮蒙古會執其親子於城下相挾，逼己出城。在崔怡父子相繼去世後，高麗朝政擺脫了權臣的控製。百官臣僚再次懇請高麗王出太子於蒙古，救國活民，高麗王認可了這一辦法，但提出了蒙古必須先撤兵的要求。
高麗應允以太子入質蒙古，滿足了蒙古統治者的要求。蒙哥也同意了高麗的請求，蒙古軍隊開始陸續撤退。1259年年初，高麗王始令各州縣守令率避亂民眾出陸耕種，恢複家園。四月，高麗如約遣太子王供奉表到蒙古。因當時高麗國庫枯竭，高麗王令“文武四品以上各出白金一斤，五品以下出布有差，以充其費”。與此同時，蒙古派使者去江華島監督毀城之事。高麗朝廷移都抗戰的二十多年曆史，隨著江華島內外都城的拆毀而告結束。是年六月，高麗王去世。七月，蒙哥亦去世。在此之後，無論蒙古或高麗，還是蒙古與高麗之間的關係，都進入了一個新的發展階段。
中統元年（1260）王供死，忽必烈送王供回國，嗣為高麗國王，並宣布不追究以前舉兵反抗者。同時，為了進一步籠絡高麗王室，忽必烈將女兒嫁給王倎之子王椹。至元十一年王憔襲位。至元十七年（1280），元朝在高麗開始設置驛站。元貞元年（1295），王椹之子王源也娶元朝公主為妃。有元一代，高麗名義上臣屬於元朝，在一段時期，元朝曾派達魯花赤駐在王京，但不直接管理或幹預高麗政事，隻負責監視，有事則向朝廷報告。為了利用高麗的地理條件和人力、物力去攻打日本，至元年間元朝政府還在高麗設置了征東行省。但征東行省與國內的行省不同，行省丞相由高麗國王擔任，且得自辟官屬，高麗原有的政權機構和各項製度都不變。所以，盡管元朝統治者不時粗暴地幹涉高麗內政，甚至應高麗國王之邀派兵前去鎮壓高麗人民的起義，但總的說來高麗基本上保持了獨立的地位。從忽必烈開始，高麗和中國傳統的經濟上和文化上的交往逐漸恢複，並得到進一步發展。
名家回眸
918年，高麗王朝逐步實現了朝鮮半島的統一。13世紀初，成吉思汗建立了大蒙古國。蒙古政權在對金戰爭中節節勝利，遼東地區很快便落入它的控製之下。從1218年成吉思汗派兵入高麗討伐契丹開 始，到1259年高麗以太子出降蒙古的四十餘年中，蒙古為了征服高麗，發動了一次又一次的侵略戰爭。在這次曠日持久的征服戰爭中，高麗王國雖然遭到了空前的洗劫和蹂躪，但高麗軍民在抗擊蒙古的侵略戰爭中所表現出來的頑強意誌和取得的勝利，卻在世界曆史的畫卷中留下了為人矚目的一頁。
一代天驕的臨終遺言
鐵馬奔馳，鼓聲陣陣，就在成吉思汗大舉西征的時候，發生了兩件大事，迫使成吉思汗立即踏上了東歸的道路。