在兩淮，自從夏貴投敵後，兩淮人民奮起抵抗。鎮巢軍人民不堪元朝鎮戍軍的荼毒，在鎮巢守將、家童出身的洪福領導下，盡殺戍兵，起義反抗。終因元軍和叛將夏貴的鎮壓而告失敗。至元十四年（1277）四月，淮人張德興等起兵反元，收複黃州、壽昌軍，勢力波及湖北，並打死了鎮壓起義的叛將鄭鼎。趙義一直堅持封九月才失敗。
四川軍民從1234年蒙古入境，到至元十五年（1278）合州失守，進行了四十多年的艱苦鬥爭。1259年，蒙古合諸道兵攻要塞合州，被擊退。中統四年至至元元年（1263年至1264年），合州守將張玨組織了多次反攻，痛擊敵人。至元四年（1267），蒙古軍數萬人進攻合州，也為守軍擊退。以後又長期牽製了一部分蒙古軍隊，支援了襄陽的保衛戰。到至元十二年之後，元軍在擊敗了南宋主力之後開始大舉進兵四川，並包圍重慶，張玨等率兵支援，並重創敵軍。到至元十四年後，四川許多州郡在頑強抵抗之後，相繼失陷。至元十五年，元軍攻陷重慶，張玨率軍巷戰，不支，以小舟走涪州，不幸被捕，在解送元京途中自縊殉職。
臨安投降前夕，益王趙昰、廣王趙昺逃到溫州。至元十三年五月，趙昰在福州即位，是為端宗。這年夏，文天祥在被元軍押送至真州途中脫逃，經商郵航海至溫州，旋即趕赴福州，被趙昰任命為右丞相，與張世傑、陸秀夫等抗元將領會合在一起。當時，元軍已占領廣州，李庭芝等所固守的兩淮地區已經淪陷，四川張玨等所固守的重慶地區也陷入重圍，元軍對南宋的包圍圈越來越小，但文天祥仍抱著“但今身未死，隨力保乾坤”的決心，竭盡全力以圖收複失地。
這年冬，文天祥率軍入贛，相繼收複寧都（今江西寧都）、雩都（今江西於都），江西許多地方起兵響應，一時軍心大振。但是浙江與福建方麵的戰事卻十分不利。十一月，趙昰由海道走泉州，又走潮州。宋福建招捕使王積翁叛於福州，招撫使蒲壽庚叛於泉州。
至元十四年（1277），文天祥、張世傑等在江西、廣東等地與元軍激戰。
廣東、湖南、江西、福建等地人民紛紛起兵配合。特別是福建的農民起義領袖陳吊眼、許夫人等，率領漢、佘各族人民，也投入了反元鬥爭，使南宋的兵勢稍有振作，給元軍以不小的打擊。許多抗元軍民，繼續寫下了壯烈的詩篇。福建興化（今福建莆田）的軍民在守吏陳文龍率領下，拒絕向元軍招降，斥責勸降的叛徒，發動兵民固守小城，城破被捕，不食而死。他的兒子陳瓚又召集義兵五百人響應張世傑，攻複興化，堅持了七個月之久，在重創來犯的敵人之後，又進行了巷戰，最後壯烈犧牲。是年底，趙昰逃至香山（今廣東中山），又逃至謝女峽。
至元十五年（1278）初，趙昰逃至廣州，又逃至硐州（今廣東硐洲島）。四月，趙昰死，趙昺即位，及至五月，改年號為祥興元年。六月，移駐廣東新會海中壓山，元遣張弘範率水陸之師二萬南下，沿海漳、湖、惠、潭、廣、瓊諸州相繼被陷。十二月，文天祥被捕於五坡嶺（今廣東海豐），張弘範等人千方百計要挾文天祥投降，均遭文天祥嚴詞拒絕，並在招降書上留下了不朽的詩篇——《過零丁洋》。
後來張弘範不得不把他押送至大都，至元二十年（1283）正月，文天祥被殺，死時年僅四十七歲。他在臨刑前作讚詞一首：“孔日成仁，孟日取義，唯其義盡，所以仁至。讀聖賢書，所學何事，而今而後，庶幾無愧！”
至元十六年（1279）正月，張弘範率元軍抵壓山，張世傑聯結戰船千餘作水砦，為死守計。元軍封鎖海口，宋軍被困，士兵舀海水解渴，紛紛嘔吐。元軍用火攻，被宋軍擊退。二月六日，元軍發起總攻，突破宋軍陣腳，宋軍大敗。陸秀夫見不可逃脫，抱衛王趙昺投海死。宋將士家屬紛紛投海殉難。張世傑擁楊妃衝出重圍，準備召集舊部，尋找趙氏後裔，再圖恢複。不幸遇台風，戰船覆滅，溺死在平章山下，南宋的殘餘部隊最後被元軍消滅。都與察合台後王在河中等地爭鬥之機，命那木罕率領嶺北諸王之軍進駐阿力麻裏，不斷增給軍馬、器甲，後又遣右丞相安童以行中書省、樞密院事前往輔佐那木罕，監督諸軍，加強對海都的進攻。至元十三年（1276）冬，從軍諸王昔裏吉、脫脫木兒（拖雷庶子歲哥都之子）、明裏帖木兒（阿裏不哥之子）等叛。昔裏吉等人本來都是阿裏不哥的擁戴者，對忽必烈奪取汗位一直怨恨在心；忽必烈又使他們聽命於那木罕，還要受安童的鉗製，於是更加憤憤不平。這時在脫黑帖木兒策劃下起兵反叛。叛軍擁戴昔裏吉為主，乘夜襲擊那木罕營，抓住那木罕、闊闊出和安童，將那木罕兄弟送到術赤兀魯思忙哥帖木兒汗處囚禁，將安童送到海都處，並回師嶺北，攻掠和林地區，取祖宗大帳，嶺北諸王包括東道斡赤斤後裔多卷入這場叛亂，或暗中支持。忽必烈急遣伯顏丞相統領蒙古、漢軍北征，打退昔裏吉等叛王的進攻，隨即以侍衛諸軍戍守和林、稱海等地，屯田實邊。至元十八年（1281），皇太子真金和伯顏再次奉命巡撫諸軍。