帝師不僅在元廷享有極高的地位，而且作為全國佛教的最高領袖備受尊崇。
忽必烈曾把西藏十三萬戶封給第一任帝師八思巴作為供養地，使之成為西藏地區最高統治者。帝師往來於京城西藏，百官均隆重迎送。其在世時接受大量的布施、贈賞，死後賜金亦十分優厚。帝師的子弟、門徒也大多受封官號，享有極大的特權。元朝做佛事之頻繁、規模之大、用度之巨都是十分罕見的。
但是，由於受到帝師八思巴的影響，在元朝佛教各派中，吐蕃佛教在元廷中的地位最高，而就全國而言，最為流行的則是禪宗。同時，從佛教派生的白雲宗，即“白蓮教”，在南方也擁有了越來越多的徒眾，到元末竟成了農民起義軍最初的主要力量。
道教在元代比較盛行。元朝時期，在北方活動的道教，主要是太一、大道、全真三派及渾元教。在這些教派中以全真對蒙古統治者的影響最深。
全真教由道士王重陽創建，教義主旨在於宣揚儒、釋、道三家合一，兼而修之，故號全真。因在金末元初，全真派掌教丘處機西行覲見成吉思汗的關係，全真教在蒙古帝國時期前期的三四十年內，成為北方道教的主要勢力，形成了一門獨尊的勢頭。後來在蒙哥在位時期，佛教與道教為誰是正宗的問題發生爭論，全真教在兩次佛道辯論中都失敗，結果使道教的地位降至佛教之下，而且也改變了全真教在北方道教諸派中一門獨尊的局麵。但貫穿元朝始終，南方主要是太一、大道這些自宋以來就進行傳播的宗教，而北方道教依舊是全真為尊。
伊斯蘭教早在唐代就已經傳入我國。元代一般稱伊斯蘭教徒為回回人。“回回”一名則是“回紇”的諧音。元朝境內的回回人主要來源於蒙古西征時從中亞、波斯和大食俘掠來的人口或當時投降依附蒙古的官員將領，當然也有相當部分的商人。回回構成了色目人中的絕大部分，政治上很受蒙古統治者信任，不少人在中央衙門或地方官府擔任要職。如元朝的著名能臣賽典赤就是回回。
基督教（主要指聶思脫裏教）也是唐代傳入我國的，當時被稱為“波斯經教”，又稱為景教或大秦景教。9世紀中期，由於唐政府的取締，基督教在內地趨於滅絕。但在遼金時期，景教在中國西北民族中廣泛傳播。蒙古草原上的克烈部、乃蠻部都信奉基督教。這些部落被成吉思汗滅亡後，基督教也隨著被征服的部眾重新傳入內地。因為基督教是從西北地區重新進入內地的，所以元代西北地區仍是基督教教徒比較集中的地區，此外因商業原因，大都乃至江南沿海各地也有許多信徒。
摩尼教是唐代傳入中國的又一教派，是唐代漠北的回鶻汗國所信奉的宗教。因為回鶻人幫助唐朝平定“安史之亂”有功，所以摩尼教在唐代受到保護。840年回鶻人西遷以後，把摩尼教帶入了吐魯番地區。而內地的摩尼教雖遭唐政府禁限，但並未滅絕，在東南沿海一帶的民間仍然被信奉。因為摩尼教崇拜光明，因此也稱“明教”。到了元代，元朝人像對待其他宗教一樣對待明教，並不進行幹預，將其和基督教一樣看待，不加區分。當時明教在泉州、溫州地區十分流行，並建有寺院。
在元朝，天主教也傳入了中國。因為蒙古大軍的西征，使羅馬教廷為之震動，因此法國國王和教廷都曾遣使者到達過中國。蒙古人擄回的戰俘中也有東正教徒和天主教徒，後來他們定居在蒙古本土和漢地，所信仰的宗教也隨之東來。
但影響遠不及基督教。
相較於東正教徒和天主教徒，猶太教進入中國的時間就要早得多了。宋代時，就有相當數量的猶太人定居在了開封。他們是來自波斯或中亞落籍不歸的西域商旅的後裔。在開封，這部分猶太人有自己的社區，保存了自己的宗教。金代，1163年，開封的猶太人還在俺都喇的組織下開始修建了“祝虎院”，即猶太教教堂。元代，猶太人被稱為術忽，或主吾，有的時候也被稱為術忽回回。蒙古人並不注意區分伊斯蘭教徒和猶太教徒，把他們都視為一類人。總之，隻要他們的宗教信仰不損害蒙古統治的尊嚴，蒙古人對回回人和猶太人則采取放任態度，不予幹涉。