矛盾狀態，遠不隻見於名節有虧之輩，尤應注意那些“清正之士”，內心也往往陷於自相牴牾。例如黃宗羲，自集義軍，堅持抗清，隻要一線希望尚在，就不停止戰鬥；即便戰鬥無望，也拒不仕清，終身保持遺民身份，其於明朝似可謂忠矣。然與行為相反，讀其論述，每每覺得黃宗羲根本不是傳統意義上的忠君者，他對君權、家天下的批判，是到那時為止中國最徹底的。以此揣之，他投身複明運動，並非為明朝而戰，至少不是為某個君主而戰，而是為他的國家、民族、文化認同而戰。然而，他的行為客觀上實際又是在保衛、挽救他已經感到嚴重抵觸和質疑的皇權，以及注定被這權力敗壞的那個人。這與其說是黃宗羲個人的矛盾，不如說是時代的矛盾。
在明末，這種情緒其實已是非常普遍的存在，並非隻有黃宗羲那樣的大精英、大名士所獨有。細讀《明季南略》，可於字裏行間察覺作者計六奇對於明王朝不得不忠、實頗疑之的心曲。書中，到弘光元年四月止，對朱由崧一律稱“上”，而從五月開始，亦即自清兵渡江、朱由崧出奔起，徑稱“弘光”，不複稱“上”。古人撰史，講究“書法”，字詞之易，辭義所在。以“弘光”易“上”，是心中已將視朱由崧為君的義務放下——假如真的抱定忠君之念，計六奇對朱由崧本該一日為君、終生是君，但他一俟後者失國便不再以“上”相稱。這是一種態度或評價。朱由崧在位時，作為子民計六奇自該尊他一個“上”字，然而，這絕不表示朱由崧配得上；《南略》不少地方，都流露出對朱由崧的微辭以至不屑。這是明末很多正直知識分子所共有的隱痛：雖然對君上、國事諸多不滿甚至悲懣，但大義所係，國不得不愛，君不得不尊，統不得不奉，於萬般無奈中眼睜睜看著社稷一點點壞下去，終至國亡。
雖然所有王朝的末年都不免朽爛，但明末似乎尤以朽爛著稱。我們不曾去具體比較，明末的朽爛較之前朝，是否真的“於斯為盛”，但在筆者看來，明末朽爛所以令人印象至深，並不在於朽爛程度，而在於這種朽爛散發出一種特別的氣息。
簡單說，那是一種末世的氣息。過去，任何一個朝代大放其朽爛氣息時，我們隻是知道，它快要死了——但並非真死，在它死後，馬上會有一個新朝，換副皮囊，複活重生。明末卻不同，它所散發出來的朽爛，不僅僅屬於某個政權、某個朝代，而是來源於曆史整體，是這曆史整體的行將就木、難以為繼。你仿佛感到，有一條路走到了頭，或者，一隻密閉的罐子空氣已經耗盡。這次的死亡，真正無解。所謂末世，就是無解；以往的辦法全部失靈，人們眼中浮現出絕望，並在各種行為上表現出來。
這是明末獨有的氣質，及時行樂、極端利己、貪欲無度、瘋狂攫取……種種表現，帶著絕望之下所特有的恐慌和茫然，諸多人與事，已無法以理性來解釋。以弘光朝為例，在它存世一年間，這朝廷簡直沒有做成一件事，上上下下，人人像無頭的蒼蠅在空中飛來撞去，卻完全不知自己在做什麼。皇帝朱由崧成天耽溺酒樂，直到出奔之前仍“集梨園子弟雜坐酣飲”[5]；首輔馬士英明知勢如累卵，朝不保夕，卻不可理喻地要將天下錢財斂於懷中；那些坐擁重兵的將軍，倉皇南下，無所事事，為了誰能暫據揚州睚眥相向……他們貌似欲望強烈，其實卻並不知所要究竟係何，隻是胡亂抓些東西填補空虛。一言以蔽之：每個人所體驗的，都是枯坐等死的無聊。
然而，這時代的深刻性，不隻在於舊有事物的無可救藥。我們從萬古不廢的自然界可知，生命機體腐壞，也意味著以微生物的方式轉化為養料和能量，從而滋生新的生命。明末那種不可挽回的圮毀，在將終末感和苦悶植入人心的同時，也刺激、誘發了真正具有反叛性的思想。
前麵說到明代精神的兩麵性。的確，以理學、八股為特征，明代思想狀態有其僵死、保守的一麵，就像遺存至今、森然林立的貞節牌坊所演述的那樣。但是，對於明代精神的另一麵——懷疑、苦悶與叛逆，談得卻很不夠；對於明代知識分子的獨立意識、批判性以至戰鬥性，談得就更不夠。
很顯然，曆朝曆代，明代知識分子的上述表現應該說是最強的。從方孝孺到海瑞，這種類型的士大夫，其他朝代很少見到。如果說明中期以前多是作為個人氣節表現出來，那麼從萬曆末期起，就越來越顯著地演進到群體的精神認同。著名的“三大案”，看似宮廷事件，實際是中國古代政治史一個分水嶺；以此為導火索，知識分子集團與傳統皇權的分歧終於表麵化，從而觸發黨爭和黨禍。從天啟年間閹黨排傾、錮殺東林，到崇禎定逆案，再到弘光時馬、阮當道——確言之，從1615年“梃擊案”發，到1645年弘光覆滅——整整三十年，明季曆史均為黨爭所主導。這一現象，表麵看是權力爭攘，深究則將發現根植於知識分子批判性的強勁提升和由此而來的新型政治訴求。在此過程中，知識分子集團不光表現出政治獨立性，也明確追求這種獨立性。他們矛頭所向，是企圖不受約束的皇權，以及所有依附於這種權力的個人或利益集團（皇族、外戚、太監、倖臣等）。
這是一個重大曆史跡象。雖然黨銅、黨爭在漢宋兩代也曾發生，但此番卻不可同日而語。明末黨爭不是簡單的派係之爭，事實上，它是以知識分子批判性、獨立性為內涵，在君主專製受質疑基礎上，所形成的帶有重新切割社會權力和政黨政治指向的萌芽。若曰不然，試看：
豈天地之大，於兆人萬姓之中，獨私其一人一姓乎？[6]
這是黃宗羲《原君》中的一句。如果我們意識到闡述了這一認識的人，正是在天啟黨禍中遭迫害致死的一位東林黨人的後代（黃宗羲之父、禦史黃尊素，天啟六年死於獄中），或許能夠從中更清楚地看到明末的精神思想脈絡。
在歐洲，資產階級的崛起，使君權、教權之外出現第三等級，最後導致民主共和。我們無意將明末的情形與之生搬硬套，卻也不必因而否認，黃宗羲在中國明確提出了對君權的批判，而且是從社會權利分配不合理的全新意義和高度提出的。我們不必牽強地認為明末發生了所謂“資本主義”（它是一個如此“西方”的語詞）萌芽，但我們依然認定，這種思想連同它的表述，在帝製以來的中國具有革命性。
末世，未必不是曆史舊循環係統的終結，未必不是已到突破瓶頸的關口。盡管我們明知，對曆史的任何假設都近乎於譫妄，但關於明末，我們還是禁不住誘惑，去設想它可能蘊藏的趨勢。這種誘惑，來自那個時代獨特而強烈的氣息，來自其思想、道德、社會、經濟上諸多異樣的跡象，來自我們對中國曆史的了解與判斷，最後，顯然也從中西曆史比較那裏接受了暗示……總之，我們靠嗅覺和推測就明末中國展開某種想象，私下裏，我們普遍感到這樣的想象理由充足，唯一的問題是無法將其作為事實來談論。