小說以“女媧補天”的故事為開頭，實際上闡述了具有一定深度的小說主題。作為“三皇五帝”中的三皇之一的女媧被視為中華民族的先祖之一，在遠古洪荒時代先民們陷入災難之時，女媧氏挺身而出煉石補天，保護先民度過滅頂之災。女媧精神融入到了中華民族的血液中，這種精神具體表現為危難關頭為了民族大義挺身而出的大無畏精神。小說引用女媧補天的故事原型正是為媧皇廟和尚，或是從大處講是對中國人抗戰的行為所做的注解。“洪荒年代，女媧氏煉五色石補住了一個破碎的天。如今，中國共產黨和她的八路軍，也在煉五色石，補救這個塌了的天”，表明小說的主題是在借女媧精神表現抗戰精神，或者說中華民族從來就不缺反抗精神。《媧魂》從文化根源上對和尚做出這種舉動的背景進行了分析，說明中國文化中一直都有這種精神的存在，女媧精神處在源頭位置，“她滲透了中國人民與大自然的搏鬥史和懲惡揚善的文明史，滲透了中國人的靈魂，她是中國人頭腦中第一根文化支撐”。
嶽恒壽在《媧魂》中架構了一個情節並不複雜的簡單的故事結構，試圖從文化的角度對驅使卷進戰爭中的人物的動機尋找解釋。他從文化尤其是本土文化中去分析抗戰背景下不同的人做出相同舉動背後的動因，在小說的敘事中，儒家思想、佛教文化、女媧精神都有所涉及，並努力地去從中尋找共通的成分。《媧魂》的敘事語言質樸平實，但卻是精心營構的，堪稱為他的代表作。