追溯吐魯番葡萄的曆史是個很辛苦的事，從導遊那裏得到的隻是些支離破碎的簡單的定義，查了大量的資料方才弄清它的來曆。葡萄大約產於5000年前的地中海國家，3000年前傳到了新疆，吐魯番盆地開始大麵積種植葡萄是在2000多年前。關於吐魯番葡萄的記載太多了。
《史記·大宛列傳》和《漢書·西域傳》記載，兩千多年前張騫出使西域時，就發現了吐魯番的葡萄。阿斯塔那古墓中出土的任命管理澆葡萄地官吏的文書，就是例證。《北史·高昌傳》和《梁書·高昌傳》中有吐魯番“多五果”、“多葡萄”的記載，而吐魯番出土的麴氏高昌王朝時的《高昌勘合高長史等葡萄園畝數賬》和《高昌延長六年呂阿子求買桑葡萄園辭》，這兩件有關葡萄園租種賬籍和買賣葡萄園的契約說明，當時種植葡萄已很普遍，其葡萄栽種技術已廣泛傳人中原地區。到了明代，無核白葡萄在吐魯番盆地誕生並廣泛種植。《農政全書》中說：“西番之綠葡萄，名兔睹，味勝刺蜜。無核，則異品也。”
到了清代，關於吐魯番葡萄的記載更多了，特別是文人的謳歌，給吐魯番的葡萄增添了不少詩意。清代著名詩人肖雄在《果瓜》詩中寫道：“蒼藤蔓架覆簷前，滿綴明珠絡索圓。賽過荔枝三百顆，大宛風味漢家煙。”詩中的“絡索”即是葡萄串。
近期在吐魯番阿斯塔那古墓發現了一幅“莊園主生活圖”壁畫，在壁畫的下角畫有一塊葡萄地，畫麵上再現了葡萄釀酒從榨汁到蒸餾等生產的全過程，展現了1700年前葡萄種植及釀酒業的概貌，表明那時葡萄種植及釀酒業已經成為吐魯番地區農莊生活的主要部分。
吐魯番葡萄酒的曆史也很久遠，張騫曾向朝廷帶去了西域種植葡萄和釀造葡萄酒的信息。《北史·高昌傳》最早記載了高昌“多蒲桃酒”。《太平廣記》中記載，南朝梁國大同年間，高昌國遣使邊金陵(今南京)貢獻葡萄酒。《冊府元龜》中記載，唐初“葡萄酒西域有之，前代或有貢獻，人皆不識。及破高昌，收馬乳葡萄實，於苑中種之，並得其酒法。太宗自損益，造酒成，凡有八色，芳辛酷烈，味兼緹益，既頒賜群臣，京師始得其味。”說明唐以前新疆葡萄酒已進入皇宮，其後又由唐太宗親自倡導，學習吐魯番葡萄酒的釀製技法。可見唐代時吐魯番已向中原輸出馬奶子葡萄和葡萄酒釀造法了。
從“葡萄美酒夜光杯，欲飲琵琶馬上催”。“胡姬美如花，當壚笑春風”。“五陵少年金市東，銀勒白馬度春風。落花踏進遊何處，笑人胡姬酒肆中。”這些唐詩名句，說明唐朝長安非常盛行西域的葡萄酒。還是那個清代著名詩人肖雄，曾做客於吐魯番居民家中，看到當地豪飲葡萄酒的盛況，便在《飲食》詩中寫道：“新釀葡萄甕始開，全家高會敬擎杯。還看馬乳融成未，吩咐央歌再娶來。”詩人說，吐魯番“男女皆好飲而多量。酒有數種，最上之品莫如葡萄所釀，初釀成時，色綠味醇。若再蒸再釀，則色白而猛烈矣，性甚熱。飲之可除寒積之症”。
由此得出，吐魯番的葡萄極具醫藥價值，李時珍在《本草綱目拾遺》中詳細論述了產自吐魯番的瑣瑣葡萄的藥用價值，說它大若五味子，形如胡椒，小兒食之，能解痘毒。時至今日，瑣瑣葡萄仍是吐魯番人用來治療小兒麻疹的首選良藥。