在對吐峪溝石窟殘酷施暴的另一個重要人物，是日本人橘端超和野村榮三郎。1946年，他們受大穀光瑞的派遣，到了吐峪溝，在這裏進行發掘，得到了一些佛經；1947年，他們重來吐峪溝，出錢雇用了三十名民，分成6組，對十多個洞窟進行了相當“幹淨”的搜掠，竊走了古代文書、寫經、銅佛像、刻花磚等珍貴文物。南北朝時期的沮渠安周寫經，就這樣到了日本。
與搜掠新疆文物有密切關係的斯坦因，自然也不會放過吐峪溝。他先後兩次，在吐峪溝進行了繪圖、測量、盜掘，“找到了不少好看的壁畫和塑像殘片”，運到了印度……經過這麼多次反複的洗劫，吐峪溝石窟會是一種怎樣的麵目，人們是不難想象的。
今天的吐峪溝石窟，還是一種大劫以後，沒有恢複過來的悲涼景象。方形、長方形而中心有立柱、縱券頂形的一層層洞窟，不少窟體還是相當高敝、寬大的。有中心柱的佛窟，塔柱四麵有龕。窟、龕之中，本來應該是莊嚴的佛像和色彩紛呈的壁畫，而如今，卻大都是破敗零落，偶見佛像繪畫，也是殘腳斷臂，少眼缺鼻，難覓完整的形象了。
中心柱窟，用佛教的觀點，也可以稱之為“禮拜窟”。巨大的塔柱，實際上將洞窟一分為二，前後形若兩室。甬道可供僧侶、信徒回旋禮拜。縱卷頂式石窟，造型近似同吐魯番地區常見的居民屋宇，窟分前後室，所謂後室，隻是一處十分狹窄的小洞。這裏還可見到不少小型僧房。唐代文獻《西州圖經》，除說到這處丁穀窟有“寺一所”外，並說還有“禪院一所”。從這既可以看到禪宗的影響範圍，也能看到當年新疆和祖國內地相當緊密的思想文化聯係。
經過種種劫難，曾經盛行一時的吐峪溝石窟寺及“丁穀”窟禪院，留存至今的遺跡、壁畫確實不能算是很多的了。但劫餘的殘窟中破損的畫麵，以及漢文並其他文字的標題，還是可以給人們以不少啟示及聯想。在一孔殘窟內，有一處“開覺寺”的題銘殘存的壁畫中，可以看到一個人物圖像，自頂而下，一半為血肉之軀，生命在搏動；一半卻是森森白骨，讓人毛骨悚然。這種繪畫可能是一種佛典依據，直觀體會其藝術語言是：別看紅顏色彩，肌膚如玉，實際富貴如煙雲，人生易逝，誰也難免轉化為森森白骨的命運。
在吐峪溝西側山坡上，還保存著一區伊斯蘭教的“七賢祠”，當地維吾爾語稱“阿薩普爾”。據說是穆斯林先賢亦木乃哈等人，在很早以前來吐魯番地區宣傳伊斯蘭教時，逝於吐峪溝故埋藏在此。陵墓，是很典型的伊斯蘭特色。至今，這裏的麻紮仍受到虔誠的崇拜。據稱，對於虔誠的穆斯林，它頗有靈性，可以幫助他們解脫危難；而對於居心叵測的異教徒，則會施以懲罰。1976年，我國考古學家黃文弼到吐峪溝考察，聽當地維吾爾老鄉盛傳：勒柯克在吐峪溝時，曾想進入麻紮，剛剛邁步入門，即滿頭大汗，心慌腿軟，恐懼不止，趕忙退出門外。這究竟是一次偶合，還是民間的傳說，今天已不得而知；但盛傳的這個故事，總是表達了善良的吐峪溝人民，對勒柯克在這裏粗暴破壞佛窟壁畫，竅取文物的行徑，內心曾有過的憤怒、詛咒。
吐峪溝兩岸崖壁上那些破敗、零落的石窟廢墟，凝聚著古老的文明和曆史的風霜。它滿身的鑿痕，同樣有著豐富社會曆史內容的烙印。如今，它已在文物部門的關心、保護下，逐步複蘇著生命的光輝。
吐峪溝水，和千百年前一樣，仍然明淨得如一麵鏡子，映著星鬥，映著歲月，也映著兩岸的洞窟遺址，它目睹並經曆了吐峪溝曆史文化的繁榮和興衰。