從股東角度來講，中小股東的利益難以保障。我國公司立法采取資本多數原則，在公司清算製度中也並沒有表現出對中小股東加以保護的思想，這一階段仍存在大股東侵害中小股東利益的現象。對於清算程序的啟動，清算結果的確認等重大決定，都實行資本多數原則，即使中小股東持有異議，但其意願往往因為股權比例過低而得不到采納，這實際上把中小股東排擠在清算程序之外，使其很難維護自身利益。
從社會利益角度來看，並不能很好地維護社會公共利益。公司清算相關利益方中職工作為弱勢群體，在受到侵害時缺乏有效的司法救濟手段。與公司股東及債權人相比，雖然法律規定了要先償付職工工資，但是於職工而言在清算中他們是徹底的局外人，也沒有人代表他們的利益參與其中，所以，法律應當為其提供相應的救濟手段。此外，代表公眾利益的國家機關的作用在公司清算製度中未能發揮充分作用。盡管國家幹預經濟的理念在強製清算中展示得很充分，但是我國現行立法對於在強製清算中國家機關的地位、職權等規定十分粗糙，使得國家機關很難發揮對清算的監督職能。而且，過於寬泛的規定有可能造成權力的濫用，進而違背了國家幹預經濟的初衷。
（二）關於清算的基本製度未建立
1.特別清算製度的立法空缺
特別清算程序是各國公司清算製度中的重要組成部分。公司解散時，如果經營狀況良好，進行普通清算即可；如果資不抵債，應當直接走破產清算程序。但是，如果公司利害關係人人數眾多，債權債務關係複雜，公司自主清算比較困難，或者對公司負債是否超過資產有嫌疑，就需要進入特別清算程序。特別清算程序沒有破產清算那麼嚴格，給關係人留有很大的自主空間。在特別清算程序中，債權人能夠參加進來，並就清算人提交的公司賬冊等資料進行審議，債權人會議可以監督清算人實施清算職能，在必要時，法院又可以幹預或監督清算程序的進行。這一製度不僅充分體現了對債權人利益進行保護的觀念，對於維護正常交易秩序也具有重要意義。目前，我國《公司法》中沒有關於特別清算製度的規定，隻在《外商投資企業清算辦法》中用9個條文規定了外商企業的特別清算程度，但是也存在著相當大的問題，從整個清算製度體係上可以說是一種欠缺。
2.清算登記製度立法單薄
我國《公司法》上有關清算登記製度的立法是十分不到位的。我國關於公司清算的登記製度僅有注銷登記一種。而其他國家的立法中對於公司清算中的三大登記製度：解散登記、清算人登記和注銷登記基本都作出了立法上的強行規定。而且清算人登記中還包括了清算人選任時的登記和清算人解任時的登記。清算登記製度的建立有利於使公司清算程序處於良好的監督之下，也更利於督促清算人積極履行義務，以實現清算目的。
3.有關法律責任承擔的規定覆蓋麵不夠
我國目前有關公司清算中法律責任承擔方麵的規定很少，尤其是有關承擔民事賠償責任的規定僅有《公司法》第190條第三款一個條文，而公司清算屬於私法領域，雖然在清算階段基於債權人、股東和社會利益的考慮，需要司法機關和行政機關對其進行一定的監督，但是清算人或股東所要承擔的責任仍然主要是民事的賠償責任，僅有一個條文對此進行規範顯然是不夠的。相對而言，有關清算人所要承擔的行政責任，則《公司法》的規定比較詳細，主要體現在第205、206、207條三個條文上，考察這三個條文可以發現，有關清算中的行政責任的承擔主要集中在對公司的罰款上，而清算人的行政責任承擔仍然隻有第207條第二款一個條文涉及，而有關刑事責任則主要是《刑法》第162條有關妨礙公司、企業清算罪的規定，根本無法覆蓋到整個清算活動中所有可能需要承擔責任的違法行為。