多年來，為配合福田區的發展，福田區委黨校先後開設的主體班次包括處級幹部培訓班、黨員教育理論骨幹培訓班、黨政中青年後備幹部培訓班、科級幹部任職資格培訓班、基層幹部和後備幹部培訓班、公務員初任培訓班、國有企業領導幹部、後備幹部和管理人員培訓班、婦女幹部培訓班、黨外幹部培訓班及各類黨政幹部業務技能培訓班等。圍繞當前形勢要求和黨委政府的中心工作，深入開展培訓需求調研，增強課程設置的科學性和針對性，努力完善黨校主體班教學新布局，強化班級管理力度，大力加強黨性鍛煉，著重培養黨員幹部的政治素質、理論素養、黨性修養和業務工作技能，大大提高了福田區黨員領導幹部和公務員隊伍的素質水平，為促進福田區經濟以及精神文明建設與發展打下了堅實的基礎。
作為深圳市重點開發和建設的中心區，福田區將成為深圳這個未來的國際化大都市的行政、文化、信息、國際展覽和商務中心。1998年自福田區委、區政府將原人事局、財政局、勞動局、教育局屬下的培訓中心合並，成立了福田區培訓中心，福田區黨校就初步形成了黨校、行政學校、電大和培訓中心“三校一中心”新體係。而為適應中心區的建設需要，陳自元在上級領的支持之下又前瞻性地站推動了福田區委黨校發展的新格局：投入800萬元改善教學條件，使黨校的“三校一中心”體係更為成熟，動作更為流暢，使其不僅成為公務員們的“充電”的培訓基地，而且也成為深圳人進修的好去處和培養建設中心區的高素質人才的“孵化器”。
為改善黨校教學條件，黨校將整合資源，重新進行優化配置，並將投入800多萬元進行校舍改造和校園網建設。如今，該黨校已擁有教學場地1萬多平方米，多媒體教室6個，新的教學校已立項報批。同時，學校還擁有很強的師資力量，目前有專兼職教師69名，其中高級職稱36人。此外，學校還從廣州、武漢等地高校聘請知名老師來授課。作為福田區公務員們的一個大“充電器”，學校設置了貼近實際的近20個培訓課程。自2004年以來，已為2700多人提供了CEPA知識培訓，417人接受英語強化培訓，甚至還開設了體育特長的培訓科目。同時，學校還成為深圳人、外地人充電的好去處。截至目前，該中心6年來共培訓各類人才48779人。而在學校眾多培訓項目中，會計師培訓已成為深圳會計培訓市場的品牌之一。為保證教學質量，除聘請外地高校知名會計老師授課外，還請到應試精華財會網的主編、新華會計網老師前來授課。同時，陳自元更首創了在會計考前培訓強化班實行“簽約式培訓”，即與授課老師和學員雙向簽約，向學員承諾，保證以最優質的培訓質量進行教學，二年內未全部通過考試的學員予以退費；對授課老師承諾，學員及格率在保持往年水平基礎上，每提高10個百分點，獎金就上一個台階。這種辦班極大地調動了老師和學員們的積極性，從而也更提高了黨校的教學質量！