三藩們如獨立王國，但又消耗著國家的大量財賦，並對清王朝構成嚴重的威脅。康熙帝親政以後，以三藩及河務、漕運為三大事，書寫在宮廷的柱子上，夙夜廑念，不敢忘懷，三藩，成為他的心頭之患。
1673年，三藩中的尚可喜上疏請求回遼東養老，並要求讓他的兒子尚之信繼承王位，仍留鎮廣東。清政府同意了尚可喜告老還鄉的要求，但不允許尚之信留鎮廣東而決定撤藩。消息傳出，吳三桂和耿精忠為了試探康熙帝對他們的態度。也先後上疏請求撤藩，暗地裏卻加緊準備叛亂。對是否撤藩問題，在朝廷引起了激烈的爭論，多數大臣擔心撤藩會若出大禍。最後，康熙帝果斷地裁定：三藩已成尾大不掉之勢，對國家形成了威脅，尤其是吳三桂久有異誌，“撤亦反，不撤亦反，不若先發製之”，堅決撤藩，於是，詔令吳、耿同時撤藩。吳三桂在接到撤藩詔書之後，便於當年口月率先發動叛亂，他自稱“天下都招討兵馬大元帥”，打著“複明”的幌子，發布討清檄文，殺害清朝派駐雲南的重要官員，率師大舉北上。隨後，耿精忠和尚之信也相繼起兵叛亂，與吳三桂遙相呼應，一時間數省陷落，叛軍氣焰十分囂張。如何處置這件事，對於年輕的康熙帝來說，無疑是一次嚴峻的考驗。
當吳三桂叛亂的消息十萬火急地傳到北京時，滿朝文武中隻有少數人堅決主張平叛，大多數人反對動武，有的人甚至提，出將原先提議撤藩的大臣殺死以使吳三桂息兵的主張。―西藏達賴喇嘛五世，更是向康熙帝提出了“裂土罷兵”，即分裂中國，使吳三桂等叛亂勢力合法化的荒謬建議。麵對複雜的形勢’康熙帝保持著清醒的頭腦，他力斥妥協的論調，毅然決定以武力平叛，並下令處死吳三桂在京的子孫，以示決不與吳三桂妥協的決心。然後，康熙帝親自指揮了平息叛亂的軍事行動。戰爭初期，叛軍在軍事上取得了一些勝利，由雲南、貴州推進到四川、湖南，並進窺陝西、江西，企圖從兩翼迂回北進。康熙帝審時度勢，確定擒賊先擒王的方略，下令停撤閩粵二藩以穩住耿精忠和尚之信，集中兵力痛擊吳三桂。康熙帝出兵川、陝、贛、鄂進行反攻，積極爭取了叛臣陝西提督王輔臣的重新歸附，控製了西北的局勢。又從江西直取長沙，乘吳三桂全力固守長沙、其方麵守備空虛之際，揮師自荊州渡江，吳軍漬敗。耿精忠和尚之信分別於1666年和1667年向清政府投降，吳三桂的日子愈來愈不好過，為鼓舞士氣，吳三桂於1678年3月在衡州稱帝，國號“大周”，改元“昭武”，但幾個月之後，他就在病憂之中死去。他的孫子吳世墦繼位後，更是每況愈下，幾年之中，清軍盡複失地。1681年，清朝三路大軍在雲#會師，圍攻昆明，10月城破，吳世墦服毒自殺。於是，一場曆時8年、波及10省的武裝叛亂終於得到平息。
“三藩之亂”的平定，顯示出康熙帝傑出的政治、軍事才能，極大地提高了他的威望。但他並沒有陶醉在這一勝利之中，而是乘勢著手解決統一台灣的問題。
台灣自古以來就是中國領土，明末動亂，荷蘭殖民者乘機侵占了寶島台灣，1661年，民族英雄鄭成功率軍從金門渡海收複台灣，於第二年趕走了盤蹈台灣38年之久的荷蘭殖民者。但不久，鄭成功因病逝世，他的長子鄭經繼位，政治上開始走下坡路。三藩之亂時，鄭經遣軍入廈門，取同安，又與耿精忠合攻廣東。1680年，清軍收複廈門，鄭經退保澎湖。
1681年鄭經死，其子鄭克塽為部將馮錫範等擁立，實為傀儡，政治更加腐敗。這時，平定“三藩之亂”的戰爭已基本取得勝利，康熙帝認為統一台灣的時機已成熟。於是，任命施琅為福建水師提督，讓他擔負起攻取澎湖和.台灣的重任。1683年，施琅率戰船300艘、水師2萬，進攻澎湖，經過7天激戰，擊潰了鄭氏集團的主力部隊，於6月22日攻占了澎湖，打開了通向台灣的門戶。鄭氏集團見大勢已去，不得不向清軍請降，1683年8月，清軍進入台灣，分裂多年的中國又重新獲得了統一。
收複台灣之後，康熙帝否決了某些官員提出的放棄台灣主權的荒謬主張，采納了施琅的建議，在台灣設置一府三縣，隸屬於福建省。並在台灣設巡道1員、總兵官1員、駐軍8000；在澎湖設副將1員，駐兵2000。這些措施的實行，對於加強台灣與大陸的聯係、促進台灣的開發，具有非常重要的曆史意義，表現出康熙帝的遠大眼光。
3.發展經濟愛好科學
經過明末清初幾十年的戰爭，全國出現“地土荒蕪”、“人丁稀少”、經濟殘破的局麵。為了鞏固清王朝的統治，康熙帝采取了一些有利於恢複和發展經濟的措施。
經濟以農為本，農業又以土地為根本，康熙帝非常重視土地問題。他在親政後不久的1669年，鑒於清初入關後推行的圈地令使農業遭到破壞，並加劇了各種社會矛盾，斷然決定，永遠停止圈地，並下令將當年所圈之地，如數歸還農民耕種。為擴大耕地麵積，康熙帝獎勵吏民開墾荒地，他規定，地方鄉紳墾荒業績突出的可授予官職，官吏組織墾荒有功的可獲晉升，荒地一經開墾，開墾者即為業主，並可免稅年。康熙帝還下令將部分明代藩王的莊田改為“更名田”，歸墾種之人所有，這就使一些過去的佃農，成為占有土地的自耕農，大大地提高了勞動者的生產熱情。
康熙帝還十分重視水利工程，因為興修水利對於農業生產以及漕運糧食、預防水災等方麵都具有重要意義，他曾把河務、漕運與三藩並列為三件大事。1677年，當平定三藩的戰爭還在激烈地進行時，康熙帝便任命水利專家靳輔為河道總中國曆史知識全書~“~重要人物督，在另一名水利專家陳潢的協助下，開始了大規模的治河工程。每年投入300多萬兩白銀的經費，經過10餘年的努力，終於修複了黃、淮故道，許多長期被洪水淹沒的土地重新變為良田，黃淮一帶的農業生產在此後較長的一段時間內，免除了水患的威脅，漕運也得以暢通。康熙帝還親自抓了渾河的修建工程，開挖了一條200多裏長的新河道，使渾河不再泛濫成災，並由此增加了許多的膏腴之田，工程竣工，康熙帝將渾河改名為“永定河”。
康熙帝注意減輕人民的負擔。他提倡節約行政開支，並取得成效，明代時，理藩院一年用銀80萬兩，康熙時隻用8萬兩；明朝光祿寺一年用銀100萬兩，康熙時一年隻用10萬兩，有時還更少。他宣稱，宮中36年總費用，還不及明朝宮中一年的開支，大體符合事實。康熙帝還實行減免錢糧的措施，在他統治期間，先後在全國各省共免錢糧545次，從康熙五十年0711年）開始，還在3年內進行了一次全國性的大蠲免，康熙帝幾十年中蠲免錢糧的總數，超過1萬萬兩銀。康熙五十一年〈1712年），他宣布，全國的賦稅額以上年的為準，以後增加人口，額外添丁，不再多征，叫作“盛世滋丁，永不加賦”。這些措施在一定程度上使人民負擔有所減輕，有利於提高生產者的積極性。