這實在是個無理要求。天津地方官即或同情騷亂的民眾，但並未直接參與。說他們彈壓不力，撤他們的職可以，但若以他們的命來抵被打死的洋人之命，於理於法都說不通。而且，在3月奏報直隸清理積案有功請獎的官員名單中，天津知府張光藻和天津知縣劉傑都名列其中，這說明這兩位官員至少是官場中表現還不壞的人，曾國藩尤其對張光藻印象很好。這真叫曾國藩左右為難。如果順從洋人的要求，則國內清議不容，尤其當時官場號稱“清流”的一派人更不能相容。而曾國藩也認為府縣等“實不應獲此重咎”，他的內心實在不情願順從洋人。但是，如果與洋人強硬對抗，則各列強聯合，中國絕對無力抵禦，鹹豐十年英法聯軍占北京、火燒圓明園的慘禍，即將發生。
7月20日這天晚上，曾國藩與崇厚商量了很久，兩人對座長歎，想不出什麼好辦法來。崇厚走後，曾國藩又與幕僚們商議了很久。最後還是決定退一步，自己不惜一死並不難，但作為大臣，卻要對國家負責。7月21日（六月二十三日），曾國藩上奏，將張光藻和劉傑交刑部治罪；陳國瑞在京，請交總理衙門就近查辦。最讓曾國藩內心衝突的是，他最初出山訓練湘軍與太平天國作戰，就在《討粵匪檄》中指責太平天國“竊外夷之緒，崇天主之教”，他以保衛孔孟聖教為號召，要讀書人“痛天主教之橫行中原，赫然奮怒，以衛吾道”。在一般不明了世界大勢的人看來，曾國藩應該支持鼓勵反教的紳士民眾，將夷人掃除淨盡。可現在曾國藩卻要與信奉並且傳播天主教的夷人妥協，他內心的衝突可想而知。
7月22日（六月二十四日），曾國藩寫信給曾紀澤說：“羅淑亞十九日到津，初見尚屬和平，二十一二日大變初態，以兵船要挾，須將府縣及陳國瑞三人抵命。不得已從地山之計，竟將府縣奏參革職，交部治罪。二人俱無大過，張守尤洽民望。吾此舉內負疚於神明，外得罪於清議，遠近皆將唾罵，而大局仍未必能曲全，日內當再有波瀾。吾目昏頭暈，心膽俱裂，不料老年遘此大難……餘才衰思枯，心力不勁，竟無善策，惟臨難不苟免，此則雖耄不改耳。”
我們看曾國藩當時的信件，可以了解到當時人辦外交多麼難！弱國無外交！這是顛撲不破的真理，這不僅在當時，就是在二戰後的今天，有了聯合國，有國際公認的國際法，但是弱國仍然受欺。國家落後，國人就會被人看不起，國勢衰落，就會被人欺負。所以我們今天改革開放、建設國家、振興中華，是自第一次鴉片戰爭以來的一百六十多年曆史的歸結。 辦外交難還難在當時的人不清楚世界大勢，不了解各國的情況。當時法國和普魯士關係緊張，戰爭一觸即發，曾國藩雖風聞此事，但並不是十分清楚。假如中國清楚這個情況，再拖上一段時間，等到普法戰爭爆發，那法國人再凶也是無可奈何了。 但是，法國人還是要求將府縣官及陳國瑞抵命。而朝廷中意見又頗有分歧。早在7月1日，醇郡王奕上奏，說正好借教案激勵民氣，他還提出四條意見。第一是對天津民眾“宜加意拊循，激其忠義之氣，則藩籬既固，外患無虞”；第二是不要更動地方官；第三是籌海防準備戰爭；第四是密查住京師的夷人，監視他們的一舉一動。曾國藩將天津府縣交刑部的奏折遞上後，7月23日（六月二十五日）朝廷諭旨將張光藻、劉傑革職交刑部，但同時卻又指示曾國藩說：“總之，和局固宜保全，民心尤不可失，曾國藩總當體察人情向背，全局通籌，使民心允服，始能中外相安也。”就是說，又要保證不失民心，又要保證中外相安，不致發生大的問題尤其是戰爭，哪一樣辦不好，責任都會推在曾國藩身上。 在近代中國外交史上，清廷經常玩弄這樣的手法，一有問題就把責任推給直接經辦的官員，反正作為天子的大皇帝永遠是正確的。曾國藩接到諭旨後又奏報說：“臣查此次天津之案，事端宏大，未能輕易消弭。中國目前之力，斷難遽啟兵端，惟有委屈求全之一法。”他還說：“道光庚子（1840年）以後，辦理夷務，失在朝和夕戰，無一定之至計，遂至外患漸深，不可收拾。皇上登極以來，外國強盛如故，惟賴守定和議，絕無更改，用能中外相安，十年無事，此已事之成效……倘即從此動兵，則今年即能幸勝，明年彼必複來，天津即可支持，沿海勢難盡備……雖李鴻章兵力稍強，然以視外國之窮年累世專講戰事者，尚屬不逮。以後仍當堅持一心，曲全鄰好，惟萬不得已而設備，乃所以善全和局。兵端決不可自我而開，以為保民之道，時時設備，以為立國之本，二者不可偏廢。”他還表白說：“臣自鹹豐三年帶兵，早矢效命疆場之誌。今茲事雖急，病雖深，而此誌堅定，毫無顧畏。”他試圖以此說服清廷讓步。
以後，法國方麵一再要求將陳國瑞等抵命，並仍然威脅將興兵交戰。 但是，曾國藩後來對法、普即將開戰的事情也有了風聞，再加上國內輿論的壓力，態度也強硬起來。府、縣既已革職問罪，但他始終堅持不能讓府、縣等官員抵命。從法律的角度說，天津的官員就算彈壓不力，但實在並未參與打教堂殺洋人的行動，他們受到行政處分可以，但抵命之說太過分。另一方麵，在曾國藩的心目中，府縣是國家官員，讓他們抵命，有損國家的體製（實即尊嚴的代用語），所以無論如何不能答應。他給曾紀澤的信幾次說，這一步他絕對不能再讓，“如再要挾不已，餘惟守死持之，斷不再軟一步”（六月二十九日）。
雖說拿定主意避免戰爭，但也要有個萬一的準備。曾國藩命駐紮山東張秋的劉銘傳部淮軍赴直隸滄州，又致函在山西與造反的回民軍作戰的李鴻章率軍來直隸。清廷也命沿海沿江各省督撫暗中準備。 清廷及曾國藩不肯將府縣和陳國瑞抵命，後來聽說法國與普魯士開戰，法國不利，曾國藩更不肯再讓步，法國方麵也不肯放鬆，兩方麵陷入僵局。曾國藩遂在捕拿直接毆斃外國人的凶手方麵下工夫。
兩個多月過去了，曾國藩對將府縣交刑部的事越想越後悔。9月32日，他奏陳說，對於府縣送刑部，他“負疚實深”，當時隻想和議早成，免遭戰禍，現在非常悔恨。地方官就算失職，最重也不過革職而已。請從輕發落這兩位地方官。但是，如何處分兩位官員，清廷卻隻是讓曾國藩背黑鍋，而由不得他作主。10月5日（九月十一日），清廷命將張光藻、劉傑從重發往黑龍江“效力贖罪”。曾國藩覺得非常對不起這兩位官員，他先是讓幕僚彙銀三千兩給兩人，作為他們的獄中之資。當兩人被押送京師時，曾國藩又派人直送至天津西北的西沽。等到兩人被判發送黑龍江後，曾國藩又與左右設法籌集白銀一萬兩，贈送兩人。曾國藩這樣做來減輕他內心的負疚，但張光藻和劉傑對他也並無抱怨。曾國藩後來調兩江總督入都陛見時，兩人還於十月初三日去看望過他，據曾國藩日記記述，他與兩人談了很久，大概談話讓他非常感慨，所以這天上午他沒有辦別的事。到了兩江總督任以後的第二年，曾國藩又試圖讓李鴻章設法運動朝廷，能夠釋回張光藻，但沒有成功。至於陳國瑞，查明與教案並無關係，也就未予處分。
對天津官員的處分如此，對打教堂殺洋人的民眾的處理又談何容易。原因是當時民眾是一擁而上，過後又一哄而散，很難找到真正的凶手。曾國藩隻好變通辦理，他在奏報中說：
此案事起倉猝，本無預先糾集之正凶，而洋人多已傷亡，又無當堂質對之苦主。各屍初入水火，旋就掩埋，並未驗傷填格，絕無形跡可為物色凶手之資。用是漏網之犯難於掩捕，已獲之犯不肯認供。 常例群毆斃命，以最後下手傷重者當其重罪。此案則當時眾忿齊發，聚如雲屯，去如鳥散，事後追究，斷不能辨其孰先孰後，孰致命，孰不致命，但求確係下手真凶，不複究其毆傷何處。 常例斷獄決囚，必以本犯畫供為定，其或本犯供詞狡展則有眾證確鑿，即同獄成之例。此案則各犯恃無屍親，堅不吐實，旁人又不肯輕易指質，眾證亦殊難得。臣等議定本犯無供，但得旁證二人、三人指實，取具且結，亦即據以定案。
按照這兩種變通辦法，前後共捕獲八十餘人。曾國藩於9月18日（八月二十三日）第一批奏報，可判死刑的有馮瘸子等十五人，其中十一人是訊定供、證均確實的，四人是無口供但有按上述辦法的“確證”的。另外判較輕罪的有二十一名。在曾國藩的心目中，以為外國人既然死了二十個，那麼為之抵命的也應該是二十個，所以10月7日，（九月十三日），曾國藩又續奏應外死刑的劉二等五人，其他罪名四人。這樣總共死刑二十人，判其他刑的二十五人。但是這樣的辦法，難保沒有人冤枉，至少可能有不該判死刑的卻判了死刑的事情。在第一批奏報之後，曾國藩就又奏報說，第一批判死刑中有一名穆巴係誤判，但有抓獲範永一犯，自承殺人，將範永替下穆巴，數字仍同原來一樣。這兩次奏報都是與李鴻章聯名遞上的，但李鴻章到天津時教案的處理已近尾聲，作決定的還是曾國藩。後來殺俄國人的田二等四人，經俄國公使同意，取消了死刑，所以實際處死的共十六人。這些人在10月19日在天津被處死。曾國藩也知道這樣的辦法會有冤枉，所以每名被處死的，又給其家銀五百兩。
天津教案的處置，除處置張光藻、劉傑兩位官員及動手殺人的凶犯外，還分別賠償損毀房屋財產及撫恤被害人家屬，共銀五十萬兩多；另外又專派崇厚赴法國道歉。當然這兩項是總理衙門議定的，不是出自曾國藩的提議。
四、眾矢之的，謗議叢積
前麵說過，選擇活比選擇死還要難。
選擇活，不但要受內心矛盾衝突的折磨，這在前麵已經說過，還要備受輿論的攻擊，這比內心的衝突更令人難堪。
當曾國藩指揮湘軍平滅太平天國的時候，他的聲望是極高的。因為他不僅訓練湘軍打敗太平天國，還培養、提拔了一大批人才，這批人才在所謂的“同治中興”中起了重大的作用，而且他又以忠誠樸實相號召，自己不貪財、不好色，過著極為儉樸的幾乎是苦行僧式的生活。這幾樣在當時官場中都是少見的，而且堅持一年兩年容易，堅持一生實在難以做到，隻有曾國藩做到了。在曾國藩是希望做一個表率，轉移天下的風氣，以使社會狀況和清朝的統治都能夠有所改觀。但這樣做的同時也使他獲得了巨大的聲望。剿撚失敗，雖然使他受了挫折，但聲望並沒有減少多少。因為即使曾國藩不在前線，完成與撚軍作戰任務的還是他提拔起來的李鴻章。但是這次處理天津教案，不僅是他的內心備受折磨，輿論上，他也幾乎成了眾矢之的。
當教案發生時，朝中多數人主張強硬對待，天津地方官不能處分，燒教堂殺洋人的民眾是“義民”，絕對不能捕捉。有的人甚至主張應趁此機會，將所有外國人一舉趕出國門。當時朝中已漸形成所謂“清流”，這些人以軍機大臣李鴻藻為首，這些人實權不算大，但對輿論的影響不小。他們多數昧於世界大勢，希望恢複第一次鴉片戰爭以前的那種閉關鎖國狀態，關起國門做“天朝上國”。上述主張，便大多出自這些人。
曾國藩7月21日（六月二十三日）上奏，談教案的五個疑點，旨在說明天津民眾的誤解。清廷在將奏折發抄官員閱讀時故意刪去曾國藩說的五個疑點，卻將結論和請將天津府縣交刑部的內容發出。這種做法，實在是有意把所謂“清議”的矛頭引向曾國藩。曾國藩又要賠修教堂，撫恤被殺教士，捕捉肇事民眾。一時輿論大嘩，矛頭都指向曾國藩。有的人甚至直呼其為賣國賊。北京又有湖南人批評曾國藩的公開信，甚至將曾國藩所書北京湖廣會館匾額摘下燒毀。還有人直接奏參曾國藩。
清廷最高統治核心圈中，也分成兩種意見。恭親王奕及寶等基本支持曾國藩，而奕的兩個兄弟醇郡王奕及親王奕、軍機大臣李鴻藻以及大學士倭仁，都反對曾國藩的做法。所以諭旨中也就常出現模棱兩可及推卸責任的說法。 六月二十六日以後，曾國藩病情轉重，甚至當崇厚來議事時嘔吐不止，清廷又加派工部尚書毛昶熙、江蘇巡撫丁日昌前來會辦，但最後拿主意的還是曾國藩。所以，所謂“清議”的矛頭仍然指向曾國藩。曾國藩也為此非常苦惱。他再到兩江總督任後寫給從前的幕僚李榕的信中還說：“辦理即多棘手，措施未盡合宜，內疚神明，外慚清議。”
1949年以後，人們更為此事指責曾國藩，說他“經過這次屈辱外交，曾國藩的漢奸麵目太暴露了，全國朝野呼為賣國賊，人人欲得而誅”。 平心而論，豐大業被打死，民眾還有一點防衛過當的成分，然而打教堂、毀仁慈堂、殺修女，並且傷及俄、英等國人，就於理於法都說不過去了。這事係與列強之一的法國衝突，曾國藩及清政府被迫讓步。但如果發生在一個無力對中國發動進攻的歐洲較小的國家身上，如比利時、荷蘭、瑞士等，就可以置之不理嗎？如果那樣，國家怎麼成為國家，如何立足於世界？曾國藩的錯誤，用我們今天的眼光來看，不在於要人抵命。殺人償命，直到今天，除了少數廢止了死刑的國家，都是法律、情理之中的事。曾國藩的錯誤，在於並不是百分之百找到了正凶，而為了息事寧人，便以外國人死二十人，也便殺二十個犯人了事，這些被償命的人，很可能有冤枉的。至於被處分的官員，今年流放，以後還可以釋回，這在清末是常事。 除了上麵所說的法律和情理外，此事還有一層反抗侵略的“理”和“勢”。曾國藩經過較長一段的思索後，在兩江總督任上寫給李元度的信中說：
六月初力疾赴津，辦理此案，眾議分歧，論理者謂宜趁機與之決戰，上雪先皇之恥，下快萬姓之心，天主教亦宜趁此驅除。論勢者則謂中國兵疲將寡，沿江沿海略無預備，西洋各國，窮年累世，但講戰事，其合從之勢，狼狽之情，牢不可破，邂逅不如意，恐致震驚輦轂。鄙人偏信論勢者之言，翼以消弭釁端，辦理過柔，以致謗議叢積，神明內疚，至今耿耿。
從我們今天的觀念看，民眾反對列強侵略是可以理解的，但反對侵略要講究方式方法，要明白中國被侵略和不平等的究竟是在哪些方麵。如果一味蠻幹，隻能給自己帶來更大的犧牲，甚至給國家帶來更大的損失。
天津教案之後八年，即1878年（光緒四年），曾國藩之子曾紀澤奉派為出使英國法國大臣，接替備受保守派攻擊的郭嵩燾（後來曾紀澤又負責與沙俄進行收回被沙俄所占新疆伊犁地區的談判）。曾紀澤臨出國之前陛見時，與慈禧太後有一段耐人尋味的對話。為了讓讀者更多了解當時的情況，這裏稍微多引錄一些：
（慈禧太後）旨：“辦洋務甚不容易。聞福建又有焚毀教堂房屋之案，將來必又淘氣。”
（曾紀澤）對：“辦洋務難處，在外國人不講理，中國人不明事勢。中國臣民當恨洋人，不消說了。但須徐圖自強，乃能有濟，斷非毀一教堂殺一洋人，便算報仇雪恥。現在中國人多不明此理……”
旨：“可不是麼，我們此仇何能一日忘記，但要慢慢自強起來。你方才的話說得很明白，斷非殺一人、燒一屋就算報了仇的。”
對：“是。”
旨：“這些人明白這理的少。你替國家辦這等事，將來這些人必有罵你的時候，你卻要任勞任怨。”
對：“臣從前讀書讀到‘事君能致其身’一語，以為人臣忠則盡命，是到了極處了。近觀近來時勢，見得中外交涉事件，有時須看得性命尚在第二層，竟須拚得將聲名看得不要緊，方能替國家保全大局。即如天津一案，臣的父親先臣曾國藩，在保定動身，正是臥病之時，即寫了遺囑，分付家裏人，安排將性命不要了。及至到了天津，又見事務重大，非一死所能了事，於是委曲求全，以保和局。其時京城士大夫罵者頗多，臣父親引咎自責，寄朋友的信常寫‘外慚清議，內疚神明’八字，正是拚卻聲名以顧大局。其實當時事勢，舍曾國藩之所辦，更無辦法。”
旨：“曾國藩真是公忠體國之人。”（免冠碰頭，未對）
旨：“也是國家運氣不好，曾國藩就去世了。現在各處大吏總是瞻徇的多。”
對：“李鴻章、沈葆楨、丁寶楨、左宗棠均係忠貞之臣。”
旨：“他們都是好的，但都是老班子，新的都趕不上。”
對：“郭嵩燾總是正直之人，隻是不甚知人，又性情褊急，是其短處。此次亦是拚卻聲名替國家辦事，將來仍求太後、皇上恩典，始終保全。” 旨：“上頭也深知道郭嵩燾是個好人。其出使之後，所辦之事不少。但他挨這些人的罵也挨夠了。”
對：“郭嵩燾恨不得中國即刻自強起來，常常與人爭論，所以挨罵，總之係一個忠臣。好在太後、皇上知道他，他就拚了聲名也還值得。”（曾紀澤：《出使英法俄國日記》，嶽麓書社1985年出版）
顯然，曾紀澤說出了當年他父親想要說而沒有完全說出來的話，也可以為我們今天了解天津教案的處理作一個參考。 天津教案還沒有結果，忽然傳來接替曾國藩任兩江總督的馬新貽被刺的消息，清廷於是命曾國藩還任兩江總督，命李鴻章任直隸總督。這樣的安排，一是老病交加、精力不濟的曾國藩不宜再任直隸總督和辦理教案，李鴻章年紀較輕、精力充沛，與外國人交往比曾國藩多，經驗也稍多一些，辦外交比曾國藩更合適；二是從馬新貽被刺的事情看，雖然太平天國和撚軍都已平定，看來江南還是需要有威望的大員鎮撫，曾國藩雖然身體不濟，但他隻要住在兩江總督府中，就比資望太淺的馬新貽強。李鴻章甚至把馬新貽的被刺，歸咎於兩年前清廷人事調動的失誤。