堂上擊雲板後，試場立即肅靜。如果考生人數多，則不發給題紙，而將題目粘於木牌上，派差役執題目牌在甬道上往來行走，使考生自看題目。若視力有缺陷的考生，可在原位起立，請教官將題目高聲朗誦二、三遍。在考試過程中，有兵丁嚴密監視，如有移席、換卷、丟紙、說話、顧盼、吟哦等情弊，一經發現，即予查究。每場考試在當日天黑時交卷，不許繼燭。答案及草稿都須楷書端正。巳時（九至十點），二門上擊鼓三聲，許飲茶水、上廁所一次。未時（下午一至二點），大門外擊鼓三聲，堂上巡綽官擊雲板三聲，並高呼：“快謄真！”申時（下午三至四點），大門外再次擊鼓，堂上擊雲板。第一次開門，稱為放頭牌，將第一批交卷的考生放出。隔一段時間，再放二牌、三牌，以至天黑終場。交卷時，考生將卷麵寫有本人姓名的浮簽揭下，記明自己的座號。受卷官每收一卷，發給一牌，出場時，收一牌，放一人。學政閱卷錄取，隻憑座號招覆團案。經兩場覆試後，被錄取的卷子均須鈐蓋學政關防，發交提調官拆出卷後編號，經核對與編號冊姓名相符，然後填榜發案，錄取第一名的，稱為院案首。
院試錄取名額，按各地文風高下，錢糧丁口多寡而不同。清初，將府、州、縣學分為大、中、小三類。順治四年（年）規定：大府名，中州名，小州縣名。順治十五年又規定：大府名，大州、縣名，小州、縣名或名。康熙九年（年再定：大府、州、縣仍照舊額，中州、縣改為名，小州、縣名或名。以後又屢有變動。若遇皇帝巡幸、登基、萬壽（生日）等情況，還會增加名額。清代末期，錄取的名額就越來越多了。院試錄取的新生，每人必須填寫親供，也就是書寫自己的年齡、籍貫、三代履曆，並要注明身材、麵色、有無胡須等，由各屬教官審核並蓋上印鑒後，彙送學政，學政在貢院大堂召見新生，並行簪花禮，最初發給新生每人紅花一朵（指犒賞錢物），後來不發賞物僅點名而已。留縣的稱縣學生員，拔入府學的，稱府學生員。
學政公布的各府、州、縣的新生名單，各府、州、縣官接到學政發下的新生名單後，稱為“紅案”。即通告新生於某日雀頂藍袍，齊集官署大堂，設宴簪花，並由各府、州、縣率領，到文廟拜謁孔子，到學宮明倫堂拜見學官，至此，才算正式入學了。在府、州、縣學的學宮中，都有一個半圓形的水池，稱為泮水，所以也稱府、州、縣學為泮宮，稱入學為“入泮”。因為《詩經魯頒泮水》中有“樂思泮水，薄采其芹”詩句，故又稱入學為“來芹”。清沿明製，稱院試錄取入學的人為生員，又稱為附生，俗稱秀才。清沿明製，生員入學以後，國家即給予許多優厚的待遇。據《大清全典事例》卷《禮部學校》“訓士規條”所載，順治九年年各地學宮所立的臥碑文就這樣說：“朝廷建立學校，選取生員，免其丁糧，厚以廩膳，設學院、學道、學官以教之，各衙門官以禮相待，全要養成賢才，以供朝廷之用。”這段話的意思說，生員可以享受食廩，可以免除丁糧，而且地方官員對他們要以禮相待。若是家庭貧苦的生員，還可以從本學學田的租賦中，支取一些膏火費的補助。童生一旦進了學，成了生員，其身份就不同於庶民百姓。但是，清代對生員也有一係列的限製，順治九年年的臥碑列其要求條款八項：其一，生員之家，父母賢智者，子當受教於父母。若父母愚魯者，或有為非者，子既讀書明理，當再三懇告，使父母不陷於危亡；其二，生員立誌，當學為忠臣清官，書記所載忠清事跡，務須互相講究。凡利國愛民之事，更宜留心；其三，生員居心忠厚，正直讀書，方有實用，出仕必作良吏。若心術邪刻，讀書必無成就，為官必取禍患，行害人之事，往往自殺其身，常當思省；其四，生員不可幹求官長，交結勢要，希圖進身。若果心善德全，上天知之，必加以福；其五，生員當愛身忍性，凡有司衙門不可輕入。即有切己之事，隻許家人代告，不許幹預他人詞訟，他人亦不許牽連生員作證；其六，為學當尊敬先生，若講說皆須誠心聽受。
如有未明，從容再問，毋妄行辨難。為師者亦當盡心教誨，毋致怠惰；其七，軍民一切利病，不許生員上書陳言。如有一言建白，以違製論，黜革治罪；其八，生員不許糾黨多人，立盟結社，把持官府，武斷鄉曲。所作文字不許妄行刊刻。違者聽提調官治罪。從這八條內容看，清代對生員的箝製是非常嚴格的，幾乎不許他們過問任何政治問題。至康熙九年（年），禮部始題準給予生員一些優恤的政治待遇。據《大清會典事例》卷《禮部學校》“優恤諸生”條載：生員如果犯事情重，地方官先報學政，俟黜革後治以應得之罪。若事訟小事，發學責懲，不得視同齊民，一律補責。由於清朝政府對生員有一些特殊的待遇，所以不惜三令五申，嚴禁娼優隸卒之徒“冒應童試，混蒙入學”，就連他們的子孫都不準捐納監生。由此可見，一個讀書人，從生員開始，就步入統治階層了。但生員若不經鄉試中舉，或出貢捐監，也還是不能入仕的。
三、鄉試
明清時期，須鄉試中試後始可名為“舉人”。這舉人是固定名稱，無論會試取中與否，不必再應鄉試，可以按科繼續應禮部試。鄉試開始於明太祖洪武三年，自此以後，每三年考一次，五年考兩次，科為正科如唐之常科。除正科之外，若遇皇帝萬壽、登極或各種慶典而加科的，稱為恩科。若慶典適逢正科之年，則以正科為恩科，而正科或於前一年預試，或於後一年補試。清代萬壽恩科始於康熙五十二年公元年。康熙五十一年，各省士予以聖壽六十指皇帝六十歲壽誕，請開恩科，事下禮部。部臣以為沒有先例而難以決定。太倉王尚書曰：“以萬年之聖主，當六旬之大慶，此豈有成例可援乎若以糜費為嫌，則民間家長生日，子孫僮仆尚不惜出所有以宴飲娛樂，矧富有四海，而區區計及於此乎”以後士子一再上疏請求，得旨舉行。登極恩科，始於雍正元年年，自此以後，各朝相沿不改。清代因裁南京國子監為江寧府學，所以鄉試就無南、北闈之分。但順天府鄉試習慣上仍稱為北闈。乾隆元年應試貢生、監生於闈中編為皿字號，分北皿、南皿和中皿，以奉天、直隸、山東、山西、河南、陝西、甘肅籍者為北皿；江蘇、安徽、浙江、江西、福建、湖南、廣東、湖北籍者為南皿，各中額個；以廣東、廣西、四川、雲南、貴州籍者為中皿，取。鄉試的地點在南京、北京及各省省城有的省不設考場，考生要到別省考，如安徽就要到南京考。南京舉行的鄉試稱為“江南鄉試”。清沿明製，考期仍在八月初九至十五日，連考三場，每場三日，因在秋天，故稱“秋闈”。又因《周禮》有三年大比之製，所以也稱鄉試為“大比之年”。
參加考試的，必須是生員或出了貢的生員，沒有考上生員而以其他方式取得監生資格的，也可以參加考試。鄉試錄取名額依各省文風高下、人口多少、丁賦輕重而定。據《清朝文獻通考選舉一》所載，順治二年定各直省鄉試解額：順天名內直隸生員貝字號名，北監生皿字號名，旦字號名，遼東奉天府學夾字號名，江南省名內南監生皿字號名，浙江省名，江西省名，湖廣省名，福建省名，河南省名，山東省名，廣東省名，四川省名，山西省名，陝西省名內包括寧夏丁字號名，甘肅聿字號名、廣西省名、雲南省名、貴州省名。順治八年又奏準滿洲、蒙古、漢軍鄉試，滿洲、漢軍各取名，蒙古名。順治九年加監生中額名。順治十一年順天加名，江南、浙江、江西、福建、湖廣等省各加名，山東、山西、河南、陝西、廣東、四川等省各加名。順治十七年以後，各省鄉試錄取名額屢有增減。鄉試主考官由朝廷選派，順治二年定《題差鄉試主考官日期事例》，每當鄉試之年，禮部將應差直省的鄉試主考，依路途遠近，先後疏名上請。雲南、貴州，四月初一日題；四川、廣東、廣西、福建，五月十二日題；浙江、江西、湖廣，六月十三日題；陝西、江南，六月二十三日題；河南，七月十三日題；山東、山西，七月二十日題；順天，八月初二日題。
各省主考官題請後，待朝命下達，限期起行。主考官赴任時，不許攜帶家眷，不許辭客，不許攜帶過多的用人，以免騷擾沿途驛遞，滋生奸弊。凡考官所經過的州縣，所在地必須負責安全保衛，供應馬食宿，停留時不許遊山玩水，不許接見故人，不許與外界交際，進入主考省境，即有巡捕官迎候，以監臨封條封轎門，送入省城駐館，再封住館門，以防弊端。若考官在途中暗通關節，則要受到嚴厲的查處。主考官的身份，清初尚無定製，“順治間，鄉試正副主考，指定某衙門官差往某省，如順天、江南正副主考，浙江、江西、湖北、福建正主考，派翰林官八員，他省以給事中、光祿寺少卿、六部司官、中書、行人、評事差往，皆有一定。”康熙初年，順天鄉試的正考官，多以前一科一甲一名充之。例如壬子科則以庚戌狀元蔡啟”，主考，乙卯科則以癸醜科狀元韓主考，丁巳科則以丙辰科狀元彭定求主考，辛酉科則以己未科狀元歸允肅主考。這樣，主考官可預先推知，易通關節，而生弊端。至雍正三年頒布《考試典試官之令》，才限定須翰林及進士出身的部院官，始得充任鄉試主考官。
此後，順天鄉試主考則用一、二品大員；各直省鄉試主考官，大省用侍郎，中省用內閣學士，小省用翰林或少詹事等官。外簾的監臨官，按例由各省的最高行政長官巡撫擔任。外簾還有外提調、外監試、外收掌、受卷、密封、謄錄、對讀等官。鄉試房考官，舊例皆用現任知縣入闈，雍正五年，世宗感到知縣為基層官員，地方政務繁多，入闈前後須經數月，諸事或至遲誤，便對舊製作了更改，決定除了順天鄉試仍按舊例外，其他各省鄉試飭令所屬地方官，將在籍進士、舉人，選擇文行素優者，送督撫衙門驗看，以備鄰省調取，接界三百裏內者不得谘送。大省房，取用名；中省房，取用名；小省房，取用名，或房，取用名。取用谘文到日，所屬地方必須派官伴送，每人給路費白銀兩。乾隆元年丙辰科，停止調取鄰省進士、舉人例，仍用本省官。外簾之收掌、受卷、彌封、謄錄、對讀等官，仍於本省府、州、縣佐貳等官內委用。這些官員在本地任用，也有許多情弊，例如謄錄試卷，凡接受儒生賄賂囑托者，則書寫精工，否則潦草，甚至舛錯，致誤佳文。
為此，雍正二年上諭，著知貢舉及監臨禦史，嚴行申飭，若謄寫不夠工整者，必須重加懲處，令其重寫，並令對讀官員嚴飭各生，悉心校對，勿使字畫錯誤。若是外簾官失於查察，日後發覺，該管官一並嚴加議處。乾隆五十二年，為防止謄寫中舞弊，又作了嚴格規定，責成知貢舉、監臨隨時查訪。但這一切規定，很少付諸實行，所有規條均成空文，後來謄寫作弊愈演愈烈。至道光年間，科場專門負責安排謄寫的官員，常在考前接受賄賂。考生在入場之前，若給銀多的，就選擇書寫精工的給予謄寫。否則，就潦草塞責，稱為“草謄”，考生文字雖佳，也不免受謄寫人所誤。但試卷是彌封的，謄寫生如何辨認試卷呢這些人想出一種辦法，叫做“用襻”。襻的意思是隨便舉兩字，約定在卷中第幾行使用，並指定上文的第幾格必須用某字，下麵的第幾格必須用某字，這就像衣服之有襻紐相聯接，因此稱為“襻”。所以必須用兩字，若僅用一字，恐其偶同。這種“襻”字，皆由謄錄生或安排謄寫員的官員先擬定好而在入場前交給考生，名為“送襻”。
謄錄生所承攬的不止一個。每一場考卷萬餘，而謄錄生隻有數十人，各有各的襻，互相合作，所以尋找也很容易，這是謄錄生額外發財的一種辦法。用襻之法發明後，除謄錄生外，房官作弊之事也隨之發生，皆可因襻而得其卷。但房官的作弊比謄錄生困難，因為他們所選中推薦給主考的考卷，主考未必能取。於是，房官又想出一個辦法，叫做“抬”。就是把想要錄取的試卷放在劣卷之中，並在此卷的下麵多放一些劣卷。主考閱一卷，覺得很差，便被淘汰，連閱數卷，均棄置不用。閱至此卷，似乎較好，便暫時放在一旁；再閱下麵，又是劣卷，主考不會把房官所薦的試卷一概不取，因此，這一試卷就有錄取的希望，這叫做“抬轎子”。若是主考想作弊而又不能保證房官之必薦，也有一種辦法，叫做“搜”。
就是主考借口房官所棄置之卷可能有遺珠，便把所有的落卷一一加以搜尋，把他想要錄取的卷子尋找出來。謄寫員除了送襻議定暗號外，還有私帶筆墨，代考生修改詩文的，這種作弊更是明目張膽。鑒於謄寫生作弊嚴重，花樣翻新，道光十五年又再次諭旨，責成知貢舉、監臨對各所謄寫官員加意查核，若發現攜帶黑墨，代改文字諸情弊，立即“嚴拿究辦”。清代規定，考官於考試之年的八月初六日入闈，先舉行入簾上馬宴，所有內外簾官均同時赴宴。宴畢，內簾官進入後堂內簾之處所，監臨封門。此後，內外簾官斷絕往來。內簾官除批閱試卷外，其他諸考試事務，均不得過問。進場三次，每次封門以後，就有許多號軍巡行呼喊，催促考生歸號，隨後將號門之柵欄封鎖，考生便不可自由出入了。晚餮以後，都得滅燭就寢。至後半夜，號軍得到題目紙後，分送給各考生，呼叫：“相公，題目紙來了。”考生聞聲，立即起身接題，秉燭構思。次日上午，又有多人啟鎖開柵，查號蓋戳畢再鎖上。（）三場試藝。清代鄉試，共分三場。順治二年頒布《科場條例》，規定首場試《四書》三題，《五經》各四題，考生可任選一經。《四書》據朱熹《集注本》，《易》據程頤《傳》、朱熹《本義》，《書》據蔡沈《傳》，《詩》據朱子《集傳》，《春秋》據胡安國《傳》，《禮記》據陳皓《集說》。後來，《春秋》不用胡安國《傳》，而采用《左傳》，並參用《公羊》、《轂梁》。若不按規定的傳注，就算離經叛道。二場試論一篇，判五道，詔、誥、表選作一道。三場試經史時務策五道。首場《四書》文與《五經》文用八股體，稱製藝，也稱時文。聖祖繼位初年，索尼、鱉拜等輔政，曾一度停止八股文取士。康熙二年詔曰：八股文章，實於政事無涉，自今之後，將浮飾八股文章永行停止，惟於為國為民之策論中出題考試。禮部遵旨議覆，從甲辰科（康熙三年，年）始，“鄉、會試停止八股文，改用策、論、表、判”。但是，清初的廢八股，改試策、論、表、判，隻行於甲辰、丁未（康熙六年）兩科。康熙四年禮部侍郎黃機上疏言：製科向係三場，先用經書，使闡發聖賢之微旨，以觀其心術。次用策論，使通達古今之事變，以察其才猷。今止用策論，減去一場，似太簡單。且不用經書為文，人將置聖賢之學於不講，請複三場舊製。這個建議被康熙采納，七年再恢複舊製，仍用八股文，分三場，考《四書》、《五經》。當時士子大都不作詔、誥，而文、論、表、判、策大多雷同剿襲，所以名為三場，實際上以第一場為最重要的。第一場中又以《四書》論為主要。康熙二十六年刪去詔、誥。清朝立國，教育士子第一條為“孝”，第二條為“忠”。順治十六年（年），廣頒《孝經》於天下學宮，命考官於鄉試、會試兩場，間出《孝經》，“以勵士尚”。