康熙時，因《孝經》可出的題目不多，故間用宋儒性理學。雍正元年定鄉試、會試二場論題，仍用《孝經》，清世宗諭旨說：《孝經》一書，與《五經》並重，蓋孝為百行之首，我聖祖仁皇帝欽定《孝經衍義》以闡發至德要道，誠化民成俗之本也。鄉、會二試向以《孝經》為論題，後（康熙二十九年）改用《太極圖說》、《通書》、《西銘》、《正蒙》。夫宋儒之書，雖足羽翼經傳，豈若聖言之廣大悉備。
今自雍正元年會試為始，二場論題，定仍用《孝經》，庶士子鹹知誦習，而民間亦敦本勵行，即移孝作忠之道，胥由於此。但以《孝經》與《五經》並重，曆科出題，確因它分量不大，可出的題不多，士子容易猜中。所以乾隆二十一年又對鄉試三場考試內容重新作了變動，規定第一場，隻試《四書》文三篇；第二場經文四篇；第三場策五道。其論、表、判概行刪省。從此取消《孝經》命題。乾隆二十二年“詔剔舊習，求實效，移經文於二場，罷論、表、判，增五言八韻律詩。”乾隆二十三年規定：第一場《四書》文三題之後，仍出性理論一題。乾隆四十七年將二律詩一首移置頭場《四書》文之後，性理論一道，移置二場經文以後。乾隆五十二年，“高宗以分經閱卷，易滋弊竇。且士子專治一經，於他經不旁通博涉，非敦崇實學之道。命自明歲戊申鄉試始，鄉、會五科內，分年輪試一經。
畢，再於鄉、會二場廢論題，以《五經》出題並試，永著為令。”這是說，自乾隆五十三年（年）戊申科始，五科的鄉試、會試，依《詩》、《書》、《易》、《禮記》、《春秋》為序輪流命題。考完《五經》，然後將第二場論題裁去，以《五經》各出一題一同考試。光緒二十四年，湖廣總督張之洞有變通科舉的奏疏，同時康有為也有類似的建議，德宗接受他們的建議，下詔改革科舉考試製度，但由於慈禧發動政變，一切新政均被廢除。直至光緒二十七年，才采用張之洞的建議，鄉試首場改試中國政治史事論五篇，二場各國政治藝學策五道，三場《四書》義二篇，《五經》義一篇。其他類型考試也以此為例，這個定例實行至科舉製度廢除為止。整肅場規，嚴防奸弊。清代科場，為防範士子作弊而采取的措施十分嚴格苛細。早在順治二年就對考生入場作了明確的規定：“生儒入場，細加搜檢。如有懷挾片紙隻字者，先於場前枷號一個月，問罪發落。如有請人代試者，請代與受代之人一體枷號問罪。搜檢員役知情容隱者同罪。”康熙五十三年又規定，考生入場，“皆穿拆縫衣服、單層鞋襪，止帶籃筐、小凳、食物、筆硯等項。”
盡管清統治者的禁令苛細，搜檢嚴格，但挾帶等作弊現象仍十分嚴重，《朗潛紀聞二筆》記載順天的一次鄉試最為典型：乾隆甲子科乾隆九年，年前期，上聞士習不端，懷挾擬題之風日甚，思痛懲之。命親王大臣嚴立搜檢之法，得一人者賜軍役一金，士子褫及褻衣，貢院內外，枷相屬。比日晡，受卷入場者寥寥也。時士子多退歸寓舍，將就寢矣，忽傳旨盡放進。比欽命題下，曳白者乃至二千餘人，下詔切責，並裁減各省中額有差。這次順天鄉試，據統計，第一場搜出懷挾人，第二場又搜出挾帶人。此外，因怕被搜查而逃散者達餘人。貢院門外被拋棄在牆角路邊的蠅頭小卷，不計其數。這樣大規模作弊，使乾隆十分惱火，詔令有關大臣重新議定更加周密的防範措施。秋闈鄉試三場在農曆八月。這個季節天氣變化無常，士子所帶衣物又有嚴格的限製，如果碰上天氣驟變，人在闈中，衣被不能增減，便得忍熱或受凍，諸聯《明齋小識》記載乾隆五十四年，己酉科江南鄉試的情況：初八日天氣微涼，人悉兼衣。及明午暴熱，日如火炙，甚於三伏，又旁置紅爐，後疊衣服，遂致兩眼昏懵，氣不能出。至二場，以單衣進。十一夜半，大雨忽來，陡然寒冷，體僵齒戰，左右皆作乃向爐熾炭，更取號”，巾兼”號頂油紙，盡裹於身，四肢猶然顫動。為了防止考生在場中采取其他方式作弊，清廷還製訂了許多條規，以約束應試者和內、外簾官的行動。例如考生經檢查完畢，必須立即按卷號進入號房，不得隨便在號房外停留；在場中樹柵立閘，以阻止考生交通；進場時，若某字號人滿，即將某字號柵欄門關閉上鎖，不許私自開門外出。考官入場後也有規定：例如不許考官私訪學生或與之敘談；不許把分閱的朱卷私帶入房；不許外簾官私閱試卷等等。為了防止考生私通關節，甚至連場中文字的承題、起講等處應用的虛字都有明確的規定。
據《清史稿選舉三》說：“先是康熙五十六年，從詹事王奕清言，場中七藝，破、承、開講，虛字概不謄寫，以防關節。”乾隆四十七年詔令考官預先擬好破、承、開講所用的虛字，連同題紙發給考生遵用，這個條規行至嘉慶四年廢止。三場試題，除順天頭場由皇帝欽命外，其他兩場試題和各直省試題一樣，由各主考官自行擬定。清初考官擬題時，“多取《四書》、《五經》冠冕吉祥語，致多宿構幸獲。”康熙五十二年諭，今後考官擬題不必拘於忌諱。考題須於考試前一日刻印完畢，分別在初九、十二、十五三天即正場日子散發，從房巷口柵欄門縫隙中送入，考生人各一份。三場字數也有一定限製。清初規定，初場每篇限字，康熙二十年增加字。乾隆四十三年定鄉試、會試每篇以字為限，違反規定，不予錄取。此後遵行不改。乾隆五十一年定三場答策不得少於字，違者以紕繆例罰停科。考生繕寫試卷，必須按規定的格式，不得違反。如果“試卷字題錯落，真草不全，越幅中間留空頁、曳白空白卷、塗抹汙染太甚，及首場七藝起訖虛字相同，二場表失年號，三場策題訛寫，及行交不避廟諱、禦名、至聖諱，以違式論、貼出。”考官把所查出的違者截角，寫明違反緣由，並用藍榜公布於貢院外牆。
凡是在前一場違格被貼出的考生，就不能繼續參加下一場的考試，自然也就不能被錄取了。考生書寫試卷均須用墨，稱為墨卷。每場第三日，考生交卷出場，有若幹人完卷才開放一次柵欄門。放出後，即重新關閉加鎖，已出號舍的考生，不得再進入。交卷的地點在至公堂，受卷官每收一卷，發給一簽，務令簽數與人數相符。集千百人時，開龍門及貢院大門一次，驗簽放人，每收一簽放一個，稱為“放牌”，全部放出後，即行關門。按規定，午前放第一牌，午後放第二牌，傍晚放第三牌，以後即不再關閉，戌時晚上七至八點清場，打掃號舍。考生無論完卷與否，均須出場。
三場考完，遠道考生大都歸家。這時，隻有號軍最為繁忙。號軍在場中，對於所承值伺候的考生，均將其姓名、居住地址打聽詳細並認真記住，出場後，便到其家中索取犒費。若是中式的考生，便再次找上門，索取喜包，這是號軍額外的一宗收入。（）試卷評閱。順天府及各直屬省鄉試，除正、副主考官外，還有同考官。同考官的職責是分房閱卷，故又稱“房官”或稱“房師”。考生把答卷交受卷官後，要經過彌封、糊名、謄錄、對讀、朱墨卷分開等手續。受卷官收回每場試卷後，在卷麵上蓋上刻有自己銜名的戳記，每十卷為一封，彙送彌封所。彌封官將試卷卷麵折疊，彌封糊名，將所備謄錄空卷連同考生試卷用《千字文》編列紅號，每卷編一字號。使用時，將次序攪亂，二、三場與頭場同用一號。彌封官親自鈐印，送交謄錄所。謄錄官將考生試卷用朱筆照謄一遍，稱為“朱卷”。
每名譽錄官每天定額謄寫三份試卷。所以各直省謄錄官的多少，取決於考生的多少。謄錄完畢，送對讀所。對讀所的任務，是校對朱卷與墨卷是否一致，若有差錯，即於改正。對讀人員，依例由歲試和科試中考列四、五等的生員充任，如本人年老多病，不能應差，可以交納罰金自贖。四等交銀兩，五等交銀兩。若對讀生不敷使用，可以調撥文理明通的謄錄書手補充，或雇用家境清貧的士子。謄錄、對讀官在貢院中都建有號舍，作為他們工作和住宿的場所。彌封、謄錄、對讀等官，都要在朱卷卷麵上戳印自己的銜名。謄錄、對讀官員還要在墨卷的卷尾寫上自己的姓名和籍貫。對讀完畢，將朱卷、墨卷套在一起，送外收掌所。外收掌所的官員核對朱墨卷紅號無誤，再將朱墨卷分開，墨卷存外簾，由外收掌保管；朱卷則分包分批送提調堂掛批，由監臨逐包蓋印，陸續裝箱送內簾，交內收掌。第一場試卷送入內簾後，就開始評閱，同考官評閱試卷的地方是在聚奎堂。
這個評閱場所各省所用名稱不盡一致，江南、湖南、福建、貴州等省稱“衡鑒堂”，河南稱“文明堂”，也有的省稱“搶才堂”。評卷一開始，先由內監試請主考官升堂分卷，所有內簾官均須參加。內收掌按房官人數將試卷分為若幹束，正主考抽房簽，副主考抽第幾束簽。房官根據抽簽的結果，決定分在第幾房，看第幾束試卷。順治二年規定：“主考與各房官同坐一堂，隨分隨閱，隨取隨呈。”但是，主考、同考同堂閱卷有些拘束，後來又改為同堂隻共閱一、二卷，各房官便回到自己的住所，分頭校閱。但對試卷的“去取權衡，專在主考”。房官的職責是向主考推薦優秀的試卷。房官在評閱時，將自己選中的試卷加圈加批，呈薦主考，稱為“薦卷”。但順天府的薦卷一向不許夾有批語，至道光壬午（道光二年，年）九月，宣宗接受禦史王鬆年的建議，諭令此後考官薦卷，不論何府，一律加批，凡第一場已薦，二、三場試卷加批續薦。
正、副主考校閱各房薦卷時，先閱頭場，再閱二，三場。實際上考官隻以頭場的優劣定去取。因此，往往有頭場平通，而二、三場辭理博雅的佳卷被遺落。同時，房官在很短的時間內也很難從數百卷中評出真正的佳卷。林則徐在江蘇巡撫任內，就敏銳地看出鄉試房官閱卷存在的問題。他在《請定鄉試考官校閱章程並防士子剿襲諸弊疏》中說：