在此期間，吳勇還收到朋友於某的來信，於某講自己作偽證係因張軍用刀威逼所致。一天張軍找到於某家說有事找他，於是於某隨張來到張家，進屋後張軍就把門反鎖上，然後拿出兩把刀威逼他在一張寫好的紙上簽名按手印，於某對當時的行為也表示懺悔。
◆兩次減刑8年零10個月後被釋放
由於表現積極，1997年吳勇被減刑一年零兩個月。也就是在這一年，為了更好地改造爭取更多的減刑機會，吳勇放棄了在獄中的申訴，而是由父親吳耀榮攬過申訴的責任。自此，55歲的吳老漢騎著自行車的身影就頻繁地出現在人們的視野中。他常說的話就是：“我兒子冤枉啊，他沒有那事，我得給他找個地方說一說，他這一輩子太冤枉了！”
2000年4月15日，吳耀榮、王淑琴來看兒子，吳勇萬萬沒有想到，此次相見竟然是自己與父親的訣別。那次的見麵吳勇一輩子也不會忘記。他已經4個月未見到父親了，一進監室，父親水腫的臉泛著青光在陰沉的監舍內分外刺眼，父親一把把兒子攬在懷裏，話語早已哽咽：“好懸見不到你了。”話畢，掀開衣服，腹部一條二三十厘米長的傷疤赫然可見，原來吳耀榮剛剛因淋巴癌動過一次大手術。吳勇早已泣不成聲，吳耀榮拍了拍兒子厚實的肩膀，堅定地說：“別怕，爸爸死不了，爸爸一定要等到我兒子冤情昭雪的那一天。”
然而一個多月後的2000年6月，58歲的吳耀榮睜著眼睛離開了人世。他因惟一的兒子不在身邊，因惟一的兒子蒙受著不白之冤而不能瞑目啊！在家人為老人換衣服的時候，在他的內衣兜裏發現了一個筆記本，筆記本是空白的，裏麵夾著兩張照片，一張是他自己的，一張是兒子的。
2001年1月12日，吳勇再次被減刑一年，也就是說他馬上就要出獄了。而在宣讀減刑令時，他卻無法興奮起來，就在1月11日晚上，一個同村的服刑人員無意中說出了他父親去世的消息，這不亞於在耳畔響起了晴天霹靂。他終於明白了為什麼半年來再也沒看到父親的身影，每每問及探視他的姐姐時，姐姐均閃爍其詞。那天晚上，他再也控製不住自己，幾個也有摯愛親人去世的服刑人員與他抱頭痛哭。一連四天四宿他都是睜著眼睛過來的，隻要一閉上眼，父親浮腫的臉、疲憊的身軀、痛苦的表情就浮現在眼前，他自責如果不是因為自己，父親不會走得這樣早。在無盡的悔恨與煎熬中，吳勇度過了8年零10個月刑期的最後4天。
2001年1月16日，吳勇被釋放。開始了新生活的吳勇從未放棄申訴，他盼望著自己的冤情能夠得到昭雪。
2003年4月初，吳勇到吉林市豐滿區檢察院控告申訴科，對原吉林市郊區人民法院（1992）第102號刑事判決書認定的自己犯有****幼女罪不服，向檢察機關申訴，並附有吉林市中級人民法院的刑事裁定書及多份申訴書。在申訴書中，吳勇除提供自己沒有實施強奸的證據外，還提供證據證明張軍有對被害人秀秀（當年未滿14周歲）實施強奸的犯罪嫌疑。控申部門對此案十分重視，從吳勇提供的證據材料及刑事判決書中，他們發現原審判決認定吳勇強奸的證據材料不充分，被告人的供詞與被害人的證言之間存在嚴重差異，且經過調查，張軍早年曾因強奸知青被判處過有期徒刑7年，有強奸犯罪的前科。經向有關領導請示，控申科將案件移交到偵查監督科，偵查監督科遂與控申科組成聯合辦案組，開始了對該案的偵查工作。
由於此案發生在10多年前，被害人秀秀早已成家，對幼年被****的事實諱莫如深，且原審判決中的證人也不知去向，使本案的調查工作十分艱難。對此，聯合辦案組製定了周密的計劃和措施，分工負責、分頭行動。偵查監督科的幹警多次下到二道鄉河東村尋找當年的知情證人，查找張軍強奸犯罪證據。同時控申科通過對被害人秀秀的耐心說服，同時拿出了吳勇在服刑期間秀秀寫給吳勇的懺悔信，終於使被害人秀秀講述了幼年時被繼父張軍****，並被逼誣陷是吳勇所為的犯罪事實。
4月23日，張軍及秀秀分別被帶到豐滿區檢察院。