這個信號，既然馮保可以攻倒，張居正有何不可！於是彈劾張居正的奏疏紛至遝來，善於窺伺的陝西禦史楊四知彈劾張居正十四大罪，正中神宗下懷。既然已經新操政柄，不把威權震主達十年之久的張居正的威權打掉，何以樹立自己的威權！楊四知的奏收寫得空洞無物，卻提供了一個極佳口實，神宗立即在奏疏上批示，把多年來鬱結心中的怨恨發泄出來，對他的張先生的評價與先前判若兩人：“居正騰虛心委任，寵待甚隆，不思盡忠報國，顧乃怙寵行私，殊負恩眷。念係皇考付托，待朕衝齡，有十年輔佐之功，今已歿，姑貸不究，以全始終。”其實所謂“姑貸不究”雲不過是官樣文章，並非真的“不究”隻不過是在等待言官們彈劾的逐步升級。
果然，雲南道禦史羊可立的彈劾奏疏把調子提高了許多，無中生有地說：“已故人大學士張居正隱古廢遼府第田土，乞嚴行查勘。”
所謂“廢遼”是指早已被罷廢的遼王，說張居正霸占遼王府第的財產，是可以導致抄家的罪行，用心是十分險惡的。此論一出，久欲伺機翻案的遼王家屬以為時機已到，已故遼王的次妃王氏向神宗呈進《大奸巨惡叢計謀陷親王強占欽賜祈祖霸奪產業勢侵全室疏》，胡說什麼“金寶萬計，悉入居正府”？素有斂財癖好的神宗以為抓住了對張居正抄家的把柄，這無異於對張居正在政治上徹底否定，他的罪狀就不再是他不久前所說的“怙寵行私”這麼簡單了。都察院等衙門遵旨呈上給張居正定罪的奏疏，神宗親筆寫下了這樣的結論：
“張居正誣蔑親藩，侵占王墳府第，鉗製言官，蔽塞朕聰……專權亂政，罔上負恩，謀國不忠，本當斷棺戮屍，念效勞有年，姑免盡法追論：伊屬張居易、張嗣修、張順、張書都著永戍煙瘴地麵，永遠充軍。你都察院還將張居正罪狀榜示各省直地方知道。”在神宗眼裏，原先締造新政的功臣，一下子變成“專權亂政”之徒，沒有斷棺戮屍已經算是從寬發落了，他的兄弟兒子等人卻必須以永遠充軍來抵償。張居正生前雖然意識到騎虎難下，也許會中道翻車，可是他無論如何也不會料到會有這樣的下場結果。
張誠和丘主持的抄家，把皇帝的翻臉不認人的冷酷無情實施到了極致；他們還沒有趕到江陵，就命令地方官登錄張府人口，封閉房門，一些老弱婦孺來不及退出，門已封閉，餓死十餘人。查抄家產更是錙銖必究，共計抄山黃金2400兩，白銀107700兩，金器3710兩，金首飾900兩，銀器5200兩，銀首飾10000兩等。這與他們原先的估計相去甚遠。於是丘便大加拷問，窮迫硬索。張居正的二子懋修經不起拷掠，屈打成招。長子張敬修（原任禮部主事）實在受不了如此折磨自縊身亡。他臨終前留下一紙絕命書，真實的記錄了張府遭受抄家浩劫的慘狀：“……至五月初五日，丘侍郎到府，初七日提敬修麵審，其當事遝之形，與吏卒咆哮之景，皆平生所未經受者，而況體關三木，在敬修鬧不足惜，獨是屈坐先公以二百萬銀數。不知先公自曆官以來，清介之聲傳播海內，不唯變戶竭資不能完，即粉身碎骨亦難充者。又要誣扳曾確庵（省吾）等寄銀十五萬，王少方（篆）寄銀十萬，傅大川（作舟）寄銀五萬。雲：‘從則已，不從則奉天命行事！’恐嚇之言令人落膽……丘侍郎。任撫按，活閻王！你也有父母妻子之念，奉天命而來，如得其情，則哀矜勿喜可也，何忍陷入如此酷烈……”讀來令人心顫、唏噓不已。
明神宗為了打壓“威權震主”的張居正，製造了一場大冤案，留給他的子孫去平反。天啟二年，明熹宗給張居正恢複原官，給予祭葬禮儀，張府房產沒有變賣的一並發還。崇禎二年明思宗給還張居正後人官蔭與誥命。時人評論道：“當人明王朝行將衰亡之時，皇帝“撫髀思江陵，而後知，得庸相百，不若得救時相一也”。有感於此的人們，就在江陵張居正故宅題詩抒懷，其中有兩句這樣寫道：
“恩怨盡時方論定，封疆危日見才難。”
祖先是安徽鳳陽定遠人的張居正，是朱元璋部下的兵士。曾隨大將軍徐達平定江南，立功浙江、福建、廣東，授歸州長寧所世襲千戶。其後，張居正的曾祖父張誠由歸州遷到江陵，張居正的祖父張鎮為江陵遼王府護衛。張居正的父親張文明曾先後七次參加鄉試，但均落榜。
嘉靖四年（1525年）五月初三，張居正降臨在江陵。其時，曾祖、祖父、父親均健在。剛尋出世的張居正，即被全家視為掌上明珠，愛護備至。無論是生活和啟蒙學習方麵；張居正都得到特殊的關照。他五歲時，即被送到學校念書。由於張居正天資聰慧，學習用功，所以還不到十歲的他就懂得經書的大義，詩詞歌賦是出口成章，信手拈來。