嘉靖三十八年（1559年）五月，徐階晉升為吏部尚書，次年又由少傅晉升為太子太師。張居正亦由翰林院編修晉升為右春坊右中允，兼國子監司業，高拱為國子監祭酒。這時嚴嵩與徐階的矛盾日益激化。由於嚴嵩年事漸高，工作中常常出現漏洞，世宗皇帝頗為不滿，嚴嵩逐漸漸失去寵信。一次，皇上問方士蘭道行：“誰是朝中的奸臣？”蘭道行說：“嚴嵩是最大的奸臣，留待皇上正法。”之後當禦史鄒應龍上書揭發嚴嵩父子罪行時，世宗帝便毫不留情地把嚴嵩罷職。
嚴嵩垮台以後，徐階繼任為內閣首輔，張居正欣喜若狂，笑逐顏開，為一個新時代的到來而激動不已。因為徐階是張居正任庶吉士時翰林院掌院學士，在翰林院的名分上，徐階是張居正的老師。徐階對張居正的為人處事和聰明才智也很讚賞，他對張居正寄予很大的期望，把其視為國家的棟梁之才。張居正也竭盡全力輔助徐階工作，二人真是相得益彰。嘉靖四十五年（1566年），明世宗逝世後，徐階和張居正又以世宗遺詔的名義，革除弊政，平反冤獄，頗得人心。
明世宗逝世後，隆慶帝即位。次年二月，張居正晉升為吏部左侍郎兼東閣大學士，入閣參與機要政務。這時高拱因為與徐階不和而離開內閣，所以朝廷大事總體上均由徐階和張居正管理。張居正如魚得水，使自己的聰明才智得以盡情發揮，他的才智讓朝中官員不得不另眼相看。
隆慶二年（1568年）七月，徐階在舉籌失措中被迫歸田，高拱再次入閣兼掌吏部事，執掌了內閣大權。高拱這個人是非兼半，他有他值得稱讚的一麵，也有令人憎惡的一麵。高拱最大的優點是非常重視發現和培養起用人才，尤其是善用德才兼備的年輕人。他考核官員，唯以政績為準，從不問出身和資曆，而且在選派官員時特別注意年齡和健康。他規定凡五十歲以上者，均不得為州縣之長，不稱職者立即除去。他當政時起用了一批優秀人才，張居正就是其中之一。盡管張居正和徐階關係曖昧，而徐階又是高拱的對頭。
但是，高拱為人傲慢，剛愎自用，又很不善於聽取下級的意見。因此，張居正雖然有幸在內閣任職，但有高拱在他之上，他想施盡才華，大幹一場，又是一件非常困難的事情。
但高拱萬萬沒有想到，與他作對的並不是張居正，而是大太監馮保。張居正也不曾意識到，自己竟漁翁得利。這一切均發生在隆慶帝駕崩之後。
隆慶帝逝世後，十歲的太子即將成為新的皇上，馮保可謂揚眉吐氣，他要好好整治高拱。
原來，馮保本來在內宮仕途上一帆風順，很快被嘉靖帝提升為秉筆太監。後來，掌印太監出缺，馮保自信該由自己頂補這一最高職務，想不到首輔大學士高拱偏偏在皇上麵前舉薦了平日他最瞧不起的陳洪，後又舉薦了孟衝，馮保氣得要死，他認定這是高拱故意給他難看，好在皇上短命，他因相伴太子，與皇後、李貴妃過從甚密，因而隨著太子的登基，他也一下子從幕後走到了台前。
於是，馮保開始發揮自己的聰明才智和雄辯的口才，與高拱展開了一場暗中較量。他向皇後及貴妃推薦張居正，貶低高拱；又千方百計地為自己升為掌印太監鋪平道路，討得了皇後及李貴妃的歡心，她們對他也真可謂是言聽計從。
太子朱翊鈞繼承皇位後，改年號為萬曆。在馮保的左右下，張居正不斷得到提拔，而高拱明顯地預感到內宮對他不信任，於是他決定和馮保決一死戰。
馮保順利地當上了掌印太監，又兼東廠督主，可謂宮內宮外大權在握，因此他把高拱根本不放在眼裏。張居正目睹馮高二人的爭取奪利，預感到朝廷又要有一場暴風雨來臨了。張居正心如火焚，坐臥不安，滿懷一腔憤怒之情，無處發泄，對內宮太監們一貫陰險狠毒之性，他是深惡痛絕的。可是外延臣僚之間的爾虞我詐之性；他又何嚐心安理得？從他入朝起，便見到夏言的被殺，嚴嵩的坍台，徐階的離去，高拱的複出……他本想興利除弊，扶正祛邪，有一番作為，以酬青雲之誌，卻又遇到高拱剛愎自用，不容他人。隆慶帝剛剛駕崩，又要有一場爾虞吾詐的爭鬥展開了……他知道他不能對這些加以左右，於是他決定不去參與，順其自然，以靜製動。