後來有了很大的改變，一方麵改革初見成效，危機已經緩解，官僚和貴族們在貪婪的本性役使下，強烈要求衝破改革時期所受的節製，並進而廢棄改革；另一方麵，神宗皇帝逐漸長大，對於“威柄震主”的張居正日益不滿起來，嫌張居正把自己管得太牢，使自己不能自由地行使權力。張居正活著的時候，他不敢怎麼樣，現在張居正死了，他就誰也不怕了。
在張居正死後，司禮太監張誠、張鯨在神宗麵前死命攻擊張居正的主要支持者大太監馮保，隨即馮保被逮捕，家產被查抄。馮保的失勢，必然導致對張居正的不利，於是一場反馮運動同時也拉開了彈劾張居正的序幕。
正如曾被張居正逐出朝門的原兵部侍部汪道昆所歸納的：“張公之禍是在所難免的。這個中緣由，乃因為張公欲有所作為，必攬大權在手。而這大權非是別人，乃當今天子之權！張公當權便是天子的失位，效忠國家意味著蔑視皇上！功高震主，權重遭忌，此即張公無法逃脫的必由之路。”
明神宗態度的變化，在反對改革的官僚和貴族中引起強烈反應。那些受過張居正斥責的人，乘機告狀，原來巴結張居正的人也都反咬一口。明神宗聽了朝中這些人的話，下令把被張居正改革過的舊東西都恢複起來。張居正創行的考成法被取消，官員不得任意使用驛站的驛遞新規被廢弛，張居正重用的官員被罷黜，好多被裁處的官員，一個個又官複原職，重新被起用。
明神宗在張居中死後說過，要照顧好他的子孫的，可是在張居正死後不久，其家裏人便死的死，判刑的判刑。一個為國家的富強建立了功勳的人，反倒成了罪人！這個結局，張居正生前萬萬不會料到的。就連張居正生前所重用之人，如張學顏、方逢時、梁夢龍等輩，也均遭遣還籍。
張居正實施的改革是順應曆史潮流的。他所建立的業績並沒有因為改革的廢止全部付諸流水。例如，封貢通市，改善蒙漢關係，並沒有因為張居正改革的廢止而消失。恰恰相反，在張居正死後，蒙漢兩族的友好好往來依然如初，並不斷向前發展。清代魏源在追述蒙漢關係的改善時說：“高拱、張居正、王崇古，張弛駕馭，因勢推移，不獨明塞息五十年之烽燧，且為本朝開二百年之太平。”又如，改革賦役製度，推行一條鞭法，在張居正死後，仍一直向前發展。這種情況證明，明神宗雖然可以憑借至高無上的皇權廢止張居正改革，查抄封掉張居正的家產，但卻改變不了“天下不得不條鞭之勢”的曆史流傳於世。
無情的曆史，對於張居正死後，他的改革被廢止了，明神宗如小鳥出籠，無拘無束，他嗜酒、貪色、戀財，滿足私欲，大肆發作。他橫征暴斂，揮金如土。朝廷上下荒淫天度，糜爛不堪，各種社會矛盾急劇激化起來，一發而不可收拾。再也無能力挽狂瀾了。
從此政治的腐敗，使明王朝開始走上覆滅的道路，致使張居正的改革設想沒能繼續堅持下去。但是從天啟、崇禎皇帝對張居正及其改革的肯定，可以說明張居正忠心耿耿輔助小皇帝，為革除積弊，創建新政，嘔心瀝血，鞠躬盡瘁，他的功績是永不磨滅的。“恩怨盡時方論定，封疆危日見才雄”，後人在江陵張居正故宅題詩抒懷，堪稱對張居正身後功過是非的真實寫照。張居正也真的不愧是明代最傑出的政治家、改革家，也是曆史上的一位不小人物。