陝中和陝北情況怎樣？
鄜州和宜君也發來警報，劉厚基在中部、洛川和甘泉一線阻擊。陝北靖邊失守，保安和安塞吃緊。胡世英駐守延安，招架不住。董福祥占據了北山的董誌原和黃龍山，從洛川進入澄城、韓城、郃陽，遊騎兵抵達朝邑。
左宗棠略一沉吟，說：用兵次序不變，還是先撚後回。楊和貴、周紹濂、周金品聽令：你們渡過渭水，攔住回民軍進入北山之路，不必攻擊。我們先要對付撚軍。張逆企圖將官軍全部引向東邊，尋機西進，渡過涇渭兩河，竄向河南與湖北。傳令山西各部，嚴密扼守黃河東岸，防止張逆偷渡；令劉鬆山、郭寶昌改道，從富平趕赴蒲城，抄到張逆前方；楊和貴等部從三河口返回，扼守華州；劉端冕會同劉典從藍田進軍臨潼；劉效忠轉移到涇水西岸；高連升從藍田進駐鹹陽南岸。各部憑河紮營，將張逆壓迫到涇水與洛河之間，加以殲滅！
前線很快傳來戰報：回民軍從甘泉進攻安塞，在橋扶峪遭到劉厚基所部重創，首領張幅滿溺水陣亡。劉鬆山、郭寶昌在渭河南北岸及新莊擊敗西撚軍。張宗禹趁著官軍各部尚未集結，西攻臨潼和三原，悄悄渡河進入鹹陽。劉郭兩軍追到時，西撚已越過興平，挺進乾州和醴泉，不久回攻興平，奪船渡過渭水。
左宗棠急令黃鼎先從鹹陽開往南鎮攔截，西撚軍又從臨涇東渡。
9月初，左宗棠聽說西撚再次渡過涇水，親率親軍馳駐臨潼，令各部分三路從涇西並進。大雨連下一月，河水暴漲，部隊無法前進，張宗禹也在涇陽駐紮下來，尋機進入三原、富平和高陵各縣境內，奪取糧食。
10月8日，左宗棠趕赴涇西，召集各部將領開會，發布命令：
縮小包圍圈，就地解決張宗禹。黃鼎防守涇河西岸，劉效忠扼守耀州山口，劉典、高連升開往高陵，劉鬆山、郭寶昌開往富平。
會後，左宗棠返回臨潼，調運軍糧。
張宗禹見清軍大舉進逼，心知很難渡河南下。10月24日，風雨大作，張宗禹下令：從蒲城東南北三麵奔赴白水進山。
左宗棠派快馬傳令：回民軍占據了整個北山，劉典、高連升、劉端冕各部必須火速奔赴耀州，防止張宗禹和他們會師，劉厚基則從鄜州南下攔截。
10月29日，張宗禹直闖中部和洛川，被劉厚基挫敗。張宗禹北上鄜州和甘泉，發現這裏一片荒瘠，無法獲得軍糧。張宗禹馬鞭向東南方一指，主力奔赴宜川。派出一支部隊西進耀州，然後折向北麵，襲擊膚施，進入安塞，與回民軍會師，攻打同官，將駐防軍擊潰。
劉厚基回師扼守宜川的甘草坪。高連升追趕西撚抵達洛川，聽說同官有警，於11月10日從洛川出發，急行軍一個晝夜，長驅二百六十裏，與劉典會合，在焦家坪大戰敵軍，斬殺兩千人，將敵軍趕到宜君。高劉兩部分別在耀州和宜君駐紮。
西撚和回民軍被迫北上進山，劉鬆山請高劉兩部在山外紮營，自己率部西進同官和耀州，企圖逼迫敵軍出山，與山外部隊夾擊。
左宗棠接到戰報，立刻說：不可。張逆主力已赴宜川，如果劉鬆山西進，那麼韓城和澄城兵力空虛，張逆必然南下，抄襲老湘營後背。宜川瀕臨黃河西岸，如果冰橋形成，張逆便會趁機進軍山西，逃出我們布下的羅網！傳令：總兵李南華扼守韓城神道嶺，劉鬆山和郭寶昌從宜川、延長、延川沿黃河從北麵攔擊張逆，高連升、劉端冕從鄜州和甘泉向延安與綏德運動，與劉鬆山合力攻擊。
這個命令大致上得到了執行，隻有高連升被同官回民軍所牽製，不得不回駐宜君。
11月14日，劉鬆山和郭寶昌渡過洛河進發，前鋒已抵達洛川。壽春鎮總兵李祥和率一千人繼進，抵達大賢村。同官的回民軍突然掩殺過來，斬殺羅澤南舊部將領李祥和。劉鬆山急忙回師援救，回民軍已撤回鄜州。宜川的張宗禹主力長驅北上，襲擊延長。
慈禧擔心西撚東渡黃河，開進山西，影響直隸，威脅京城。這一次，她以嚴厲的口氣頒發上諭：左宗棠就地殲滅西撚，否則惟你是問！
左宗棠毫不掩飾地回奏：西撚進入山西，是非常可能發生的事情。張逆進山以後，官軍正在進攻，但軍糧已經斷了供應，兵力不夠，鞭長莫及。山西的防禦非常重要，我也不想把張逆趕到山西啊，但是黃河東岸漫長的防禦線，沒有兵力處處設防，而張逆隻要突破一點，便可揮師東進，我們打的是無把握之仗！
左宗棠身在陝西，無法掌控東西兩邊的局勢。甘肅東部的回民軍，時時在聲援張宗禹。甘肅現在是穆圖善的地盤，他在那裏大唱安撫的調子。他剛剛上任陝甘總督，便推行自己的主張。西寧辦事大臣玉通更是無能，受到回民軍的挾製。楊嶽斌曾派兵攻打貴德廳，玉通說用兵有礙於安撫的局麵，上奏請求撤兵。慈禧表明了態度，指責玉通喪失了官方的立場。但是，穆圖善與玉通仍然我行我素，使左宗棠幾麵受敵。
穆圖善的安撫沒能阻止回民軍的進軍。在甘肅東部與陝西交界各處，各路回民軍都在分兵東進。
左宗棠一次又一次致函穆圖善，勸他軍威與安撫並用。
穆總督，回民軍確實是願意接受安撫的，我也知道，這是他們的本意。但是，如果官軍不能展示足夠的實力，他們就不會全心全意地接受安撫。官府一味地表示籠絡之意，他們也就虛聲應付，還是解決不了問題啊。
西寧總兵黃武賢給左宗棠寫信：回民軍已經控製了西寧城，漢人官吏無法履行職責。左宗棠將此事上奏。慈禧將此信下發給穆圖善。
穆圖善無意於在甘肅整頓軍備，卻跟左宗棠爭奪軍餉。甘肅省的軍需糧台以前設在西安。後來軍需負責人林壽圖為了轉運的方便，把糧台改設在漢中。穆圖善多次請求慈禧幹預，要左宗棠從陝西的軍餉中分給他一杯羹，又懷疑左宗棠轉移糧台，是為了截留甘肅的軍餉。左宗棠不得不向慈禧解釋：他從來沒有從甘肅的軍餉中克扣一文錢，反而給穆圖善提供了許多援助。
慈禧相信左宗棠不會撒謊，下令維持現狀，隻是要求左宗棠酌量接濟甘肅軍餉。為了統一指揮權，她催促左宗棠盡快肅清陝西境內的撚軍，進入甘肅接受總督職務。
左宗棠見慈禧並非一意回護穆圖善，便開始戳破穆圖善的謊言。
穆圖善說甘肅清軍有一百四十多營，其實很多部隊已經潰散，各營中現存的勇丁人數不到一半。何況這些部隊很少作戰。我勸他開展屯墾，讓部隊養活自己，可他不聽勸告，一心指望外省供應軍餉，所以陷入了窘境。我現在憂心如焚，一心想盡快肅清陝西，早日進入甘肅，接收總督大印，也就不用跟穆圖善扯麻紗了。
但是，張宗禹的快速部隊左衝右突，左宗棠沒有足夠的兵力圍殲，更無力應對回民軍的攻擊。11月17日，張宗禹攻占延川，襲擊清澗和綏德，北奔葭州。11月22日，慶陽的回民軍從延安出兵，攻占綏德。張宗禹回師綏德，與回民軍會合。11月23日，劉厚基攻克延川，劉鬆山和郭寶昌從宜川集結，開到延川會師，然後挺進清澗。
延川和綏德相繼丟失，左宗棠自認失職，請旨下部議罪。不久，裁判結果出來了：革職留任，繼續指揮軍事。
左宗棠令劉鬆山、郭寶昌繞道扼守榆林。
壽卿啊，黃河防線到處都是破綻，你們必須時刻盯緊了！靈州的平民董福祥為了應付戰亂，聚眾結伍，以圖自保，轉戰花馬池和定邊，有可能推進到安塞。張逆奔向寧條梁，就會與董福祥部會合，極可能東渡黃河。我已經命令山西派兵駐防包頭，並推薦代理寧夏將軍金順趕赴邊界設防。其餘各處，就得靠你們機動應變了！
11月24日，回民軍從汧陽進圍鳳翔，擊斃駐軍將領孫立士。第二天，楊和貴等部從扶風趕到鳳翔，在城東大敗圍城敵軍。回民軍撤圍，奔赴岐山和扶風。楊和貴正在追擊，鳳翔城派人來報：甘肅河州與狄州的回民軍三萬人大舉進攻汧陽和隴州。
楊和貴說：甘肅的部隊幹什麼吃的？放出來一股又股，我們這點兵力，怎麼應付得了啊？前麵的不能追了，趕快回師鳳翔！
楊和貴在鳳翔這邊部署抵禦，正寧的回民軍又進襲邠州，而北山的造反武裝往來於洛川、中部與宜君，勢力大振，時常出兵向韓城與郃陽推進，頓時威脅到清軍的渭河防禦。
張宗禹從南向北縱擊一千多裏，回民軍從西向東橫掃一千多裏，陝西清軍和外省援陝部隊，具有作戰能力的不到五萬人。左宗棠接到鳳翔的急報，隻得從渭河防線中抽調兵力西進，扼守鳳翔。
11月27日，黃鼎所部繞過靈台，前往鳳翔，接到警報：汧陽告急！黃鼎不能見死不救，急忙率部進戰，參將徐占彪所部陷入敵陣，遭到重創，折損三千人，敗退扶風。回民軍乘勝進攻岐山，未能得手，於12月1日全軍奔赴鳳翔。楊和貴正在城東鏖戰，大批回民軍從扶風與岐山殺來，直抄楊和貴後背。楊和貴想起左宗棠的陣法，急忙下令：炮車結為圓陣，四麵都給我頂住！他親率精騎衝突敵軍中堅。大戰一天，斬殺兩千多人。戰到黃昏，黃鼎所部趕到，兩下夾擊，回民軍從東北川口撤進山內。
鳳翔大戰時，譚玉龍在邠州與三水接連取勝，迫使回民軍回師正寧。邠州和鳳翔稍稍平靜。劉典與高連升在北山屢有斬獲。但是，回民軍剛剛撤走，又回頭殺來，形成車輪大戰，未有了局。哪裏沒有官軍，回民軍就向哪裏推進。他們派出一萬人，乘虛窺視耀州，劉端冕馳達楊家店阻擊，將回民軍擊退。接著窮追三天，斬殺兩千多人。高連升所部繼續追擊，中部一戰，再挫回民軍。
從洛川以北直達鄜州和延川，回民軍勢成燎原，清軍無法抵禦。12月5日，劉鬆山、郭寶昌會合劉厚基攻打綏德，攻克縣城。回民軍突圍而出，奔赴米脂。劉鬆山等人剛得喘息，忽聞西撚分路南下。三人對視一眼，搖頭歎息，立刻分工。劉厚基重新上馬，向東北出兵，追趕回民軍去了。劉鬆山與郭寶昌回師延川、延長和宜川一線，沿黃河西岸攔截西撚。
12月17日，劉鬆山抵達宜川，不料回民軍從交口大舉出兵攔截。劉鬆山留下部隊大戰一天，攻破回民軍營壘。張宗禹得到回民軍掩護，趁機抄小路南下，抵達黃河岸邊。此地叫做龍王辿，是宜川的一個渡口。這裏河水尚未結冰，陳湜並未在此設防。他把山西清軍的河防各部調向了北麵，左宗棠為他請求增募的部隊，尚在途中，沒有到位。
天有不測之風雲。張宗禹運氣很好。後麵追兵未到，前麵無兵阻擋。隻要奇跡發生，他就得以挺進山西。他向上天祈禱，到了晚上，果然南風驟起，冰橋已經形成。
12月18日，劉鬆山與郭寶昌趕到河邊，西撚已經不見蹤影。找來老鄉詢問，才知張宗禹已在前一天踏冰東過黃河，抵達山西的吉州與鄉寧。
西撚驟然殺到山西，猶如從天而降。山西官府慌作一團。巡撫趙長齡和按察使陳湜河防不力，都被清廷治罪。
左宗棠知道自己責無旁貸，急調喜昌率騎兵取道孟津渡東奔澤潞，令河南清軍馬德昭所部從潼關防禦解州和運城，保護鹽庫，自請進入山西督戰。
外交決策
左宗棠駐節陝西期間，接到總理各國事務衙門的一份公函。清廷與西洋各國簽署的條約，明年就要到期，必須重新訂約。外交部門希望得到他的指點，請他闡明各種利害關係。
清廷的外交，令大臣們頗為頭痛的問題，大致有六大麻煩。
第一是外交禮節的問題。中國人見了皇帝都得下跪，外國使臣覲見大清皇帝，要不要他們下跪呢？若是要他們下跪，他們卻堅決不肯，應該如何處理？
左宗棠回答：《禮記》曰：“禮從宜，使從俗。”古人都這樣說了，那就尊重人家的禮俗，采用權宜之策吧。
在西洋各國，君臣之間行禮，本來極為簡略。我曾在無意中得知，英國人覲見國王的禮節，確實沒有拜跪之禮。現在他們一定要來覲見，攔都攔不住，強迫他們的使臣行拜跪之禮，人家未必答應。他們覲見我國皇帝，堅持按照覲見本國國王的禮節，隻是為了爭一個中外平等，不願我國將他們視為附屬國，並沒有其他的意思。所以不妨同意他們的請求。
不過，呈遞國書的儀節，就得講究一些。可以由外國使臣當麵遞交禦前大臣，由該大臣代為呈進。他們的國書，必須先翻譯成中文，才能允許上呈。除了呈遞國書以外，就不要讓使臣覲見皇帝了。他們一定要見，我們就刁難一下，堅持要按中國的規定行拜跪禮，這樣他們就會知難而退。這樣不就省去了很多麻煩嗎？